[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
13 февраля 2017

Кратко:
Какие белки наиболее вероятно взаимодействуют с другими белками и каким образом эти взаимодействия влияют на болезнь и на саму жизнь? Результаты данных, вычисленных World Community Grid используются, чтобы помочь создать индекс социабельности белков, который мог бы помочь в будущих достижениях в области биологии и медицины.

Доктор Алессандра Карбоне, главный исследователь проекта Help Cure Muscular Dystrophy (помогите вылечить мышечную дистрофию) , в настоящее время стала соавтором статьи, которая обращается к одному из фундаментальных вопросов о взаимодействии белок-белок. Используя данные из проекта, который проводился в два этапа на World Community Grid, исследователи разработали метод, чтобы определить, какие белки, скорее всего, будут взаимодействовать с другими белками. Доктор Карбоне говорит: "Идею можно суммировать как: скажите мне, что белок социабелен и я скажу вам, кто его друзья."

Приведенные выше рисунки представляют собой стыковочные протоколы белок-белок, которые обсуждаются в статье. Индекс социабельности белка был показан, чтобы применить к простым и сложным белковым стыковочными протоколам.

Как различные белки взаимодействуют друг с другом имеет важное значение для понимания хода развития жизни и болезни. Первые шаги идентификации белковых взаимодействий включают вычислительный поиск комплементарных поверхностей среди коллекции белков, потому что они с большей долей вероятности взаимодействуют между собой, как это было сделано с помощью World Community Grid для проекта Help Cure Muscular Dystrophy.

Тем не менее, некоторые белки как правило оценивают как прилипшие ко многим белкам, скрывая свои истинные взаимодействия. Доктор Карбоне и ее коллеги исследователи обнаружили алгоритм для повышения точности определения истинных взаимодействий белков с использованием коэффициента социабельности, чтобы компенсировать очевидную "липкость" некоторых белков.

Концепция социабельности вместе с правильными предсказаниями белковых участков связывания и соответствующей количественной оценки энергии взаимодействия, оказывается одним из важнейших компонентов для опознания партнеров белка. Доказано, что социабельность лучше опознает партнеров белка, чем геометрические формы взаимодействующих поверхностей. Эта работа приводит к свету новые направления исследований о принципах взаимодействия белков, которые могли бы стать основой для решения этой трудной вычислительной проблемы, представляющую наибольший интерес для биологии и медицины.

Спасибо всем волонтерам World Community Grid, которые внесли вклад в проект Help Cure Muscular Dystrophy!

Техническая аннотация:

Клетки представляют собой интерактивные живые системы, где движение белков, взаимодействие и регулирование являются по существу свободными от централизованного управления. Как физико-химические и геометрические свойства белка определяют что с чем взаимодействует остается далеким от полного понимания.

Мы показали, что охарактеризование поведения белка со многими потенциальными взаимодействователями в полном перекрестном стыковочном исследовании приводит к отточенной идентификации его клеточных/истинных/родных (партнеров). Определяем индекс социабельности, или S-индекс, отражающий нравится ли белку или нет спариваться с другими белками. Формально, мы предлагаем подходящую функцию нормализации, которая учитывает социабельность белка и комбинирует его с помощью простого интерфейса на основе (ранжирования) балла, чтобы опознать невзаимодействующих партнеров.

Мы показали, что социальность является важным фактором и что нормализация позволяет достичь значительно большей мощности опознания, чем тождество форм стыковочных баллов. Социальный эффект наблюдается также с более сложными алгоритмами стыковки. Стыковочные конформации оцениваются с использованием экспериментальных участков связывания. Эти последние приближения наилучшим образом связывают предсказанные участки, что достигло высокой точности в последние годы. Это делает наш анализ полезным для понимания глобальной идентификации партнера и предлагая опознавательные стратегии. Эти результаты противоречат ранее полученные данным, утверждающим, что проблемы определения партнера решаема через геометрическую стыковку.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа Smash Childhood Cancer
29 января 2017

Кратко:
Проект Help Fight Childhood Cancer сделал крупное открытие, когда они обнаружили несколько потенциальных кандидатов препарата для борьбы с нейробластомы. Сегодня мы вновь с гордостью сообщаем, что ведущий ученый проекта собрал международную команду, чтобы бороться с еще большим числом раковых заболеваний у детей.


Базовая проблематика

Ежегодно около 300 000 у детей обнаруживают рак и около 80-ти тысяч умирают от рака. В 2009 году World Community Grid вступил в бой, чтобы улучшить эти мрачные статистические данные, поддержав Help Fight Childhood Cancer (помогите бороться с детским раком). С помощью более 200000 добровольцев, которые пожертвовали вычислительное время своих устройств, проект помог ученым обнаружить несколько потенциальных кандидатов лекарства, которые могут привести к лечению нейробластомы, одного из наиболее распространенных видов рака у младенцев и детей младшего возраста.

Теперь, доктор Акира Накагавара, ведущий ученый из Help Fight Childhood Cancer, создал международную команду исследователей, чтобы искать лекарственные кандидаты для дополнительных видов раковых заболеваний у детей с помощью проекта Smash Childhood Cancer. И еще раз команда просит добровольцев со всего мира пожертвовать их неиспользованное время вычислений для исследования.

Жизнь, посвященная борьбе с раком

Решение доктора Накагавара бороться с раком возникло, когда он был еще ребенком. Его нежно любимому отцу, который был дантистом, был поставлен диагноз рака в то время как доктор Накагавара был в начальной школе. Он говорит: «Став свидетелем болезни моего отца, и в конечном счете его смерти, я решил посвятить свою жизнь борьбе с раком."

В медицинской школе, доктор Накагавара выбрал специализацию раковых заболеваний у детей. "Я чувствовал, что если бы я мог продвинуть исследования в области искоренения раковых заболеваний у детей, результаты также смогут быть применены к раковых заболеваниям у взрослых", объясняет он. В процессе своей карьеры он стал всемирно известным и уважаемым детским онкологом. Он путешествует по всему миру, чтобы работать с коллегами из многих стран, а также принимает активное участие в исследованиях и разработке новых методов лечения рака. В частности, он является авторитетом по нейробластоме, детскому раку, который формируется в определенных типах нервной ткани.

Борьба с детским раком с помощью добровольных вычислений

Работая с другими исследователями, д-р Накагавара определил несколько ключевых белков, которые связаны с нейробластомой. Но как только были идентифицированы эти ключевые белки, он знал, что нужно искать через библиотеку миллионов потенциальных медикаментов, чтобы найти любые, которые потенциально могут отключить эти белки и разрушить клетки нейробластомы.

Так, в 2009 году он обратился к добровольцам World Community Grid, которые жертвуют свое неиспользованное время вычислений для гуманистической науки и проект Help Childhood Cancer был создан. "Мы были взволнованы идеей такой массивной вычислительной мощности для нашего исследования," говорит д-р Nakagawara. "Нам также понравился аспект сообщества - то, что World Community Grid для всех, и каждый, кто с компьютером и доступом в Интернет, может участвовать."

Более 200000 человек со всего мира поддержали проект, загрузив программное обеспечение World Community Grid, которое позволяет части мощности своих компьютеров использоваться для выполнения виртуальных экспериментов от имени д-ра Накагавары. А в 2014 году исследователи объявили о крупном открытии семи потенциальных кандидатов лекарств, которые уничтожили клетки нейробластомы у мышей, а самое главное, сделали это, не вызывая каких-либо видимых побочных эффектов.

Расширение поиска

В то время пока он продолжает исследования перспективных лекарственных кандидатов, найденных в его первом проекте World Community Grid, д-р Накагавара и большая международная команда исследователей начинают новое исследование. Помимо дальнейшего исследования потенциальных методов лечения нейробластомы, новый проект Smash Childhood Cancer будет также искать новые методы лечения для:


  • опухолей головного мозга
  • опухоли Вильмса - злокачественной опухоли почки
  • гепатобластомы - рака печени
  • эмбрионально-клеточной опухоли - незрелых клеток, которые могут появиться в репродуктивной и центральной нервной системе у детей
  • остеосаркомы - рака кости
В будущем, Smash Childhood Cancer может расшириться, чтобы включить дополнительные виды детского рака.

Используя те же исследовательские инструменты и методы, которые привели к перспективным выводам в ходе проекта Help Childhood Cancer, подход Smash Childhood Cancer является поиском лигандов (химические соединения или молекулы), которые связываются с конкретными целевыми белками, участвующими в детских раковых заболеваниях, перечисленных выше. Под руководством доктора Накагавара расширенная исследовательская группа включает в себя следующие институты и ученых:


  • Медицинский центр Сага KOSEIKAN - Хидеки Izumi, PhD; Yuanyuan Ли,PhD; Ацуши Нагатомо
  • Chiba университет - Tyuji Хосино, PhD
  • Университет Гонконга - Годфри Чи-Фун Чан, доктор медицинских наук, МДД, MSc
  • Коннектикутский детский медицинский центр,Лаборатория геномной медицины Джексона и Школа медицины университета штата Коннектикут - Ching C. Lau, MD, PhD, FAAP
  • Университет Киото - Ясухиро Ямада, PhD
Ваша помощь имеет решающее значение

Сами по себе доктор Накагавара и его исследовательская группа имели бы огромные трудности скрининга миллионов химических соединений. К счастью, именно там World Community Grid может помочь - позволяя исследователям использовать методы виртуального скрининга для оценки этих соединений против специфических белков, связанных с раковыми заболеваниями у детей. Этот процесс виртуального скрининга позволяет исследователям прогнозировать эффективность многих препаратов в качестве потенциальных методов лечения рака.

Доктор Накагавара и его команда взволнованы и оптимистичны, начав новый проект, который имеет большой потенциал для многих детей и семей, страдающих каждый год от рака. Он говорит: "Мы надеемся, что все будут подписываться, внося свой вклад в этот проект, и также, расскажут своим друзьям. Чем больше волонтеров жертвует нам неиспользованное время вычислений, тем быстрее мы сможем громить детский рак... вместе ".

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Д-р Хэл Вассерман
Научно-исследовательский институт Скриппса
26 января 2017

Кратко:
Исследовательская группа Outsmart Ebola Together провела огромное количество экспериментов виртуальных стыковок и они теперь готовы выйти на новый этап своего исследования.


Вирус Эбола унес жизни многих тысяч людей в 2014 году во время крупнейшей вспышки заболевания, с тех пор, как он был впервые обнаружен в 1976 г. Важно отметить, что исследования показали, что длительный период инкубации вируса и наш чрезвычайно соединенный современный мир может позволить вирусу распространиться на новые географические регионы и через океаны. В настоящее время нет никаких утвержденного лечения или вакцины для этой смертельной болезни и поиск эффективного противовирусного препарата для лечения заболевания является высокоприоритетным.

Перехитрим Эболу вместе в настоящее время приближается к завершению своего первого этапа, проведя сотни тысяч стыковочных вычислений. На этом этапе мы смоделировали связывание потенциальных лекарственных препаратов малых молекул против атомных структур белков семейства filovirus. Мы, в частности, направлены на участок связывания с рецептором (RBS) вируса Эбола гликопротеина (GP), который играет ключевую роль в проникновении вируса в клетку в клетках человека.

Чтобы Эбола инфицировал клетки человека, RBS должен связаться с рецептором клеточной мембраны, тем самым пропитывая GP в одной из внутренних клеточных частях, известных как эндосомы. Оказавшись внутри эндосомы, присутствие ферментов и кислой среды трансформирует молекулярную структуру GP, что позволяет ему сливаться с эндосомной стенкой и таким образом получить доступ к цитоплазме.

Наше исследование в настоящее время расширяется, чтобы рассмотреть несколько этапов в динамических молекулярных превращений GP и других белков Эбола. Эти преобразования имеют важное значение для жизненного цикла вируса, и следовательно, представляют собой идеальную мишень для разработки эффективных противовирусных препаратов.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
19 января 2017

Кратко:
Роль этого техасца с World Community Grid сфокусирована на помощи организации исследовательского рабочего процесса и он точно так же сосредоточен вне работы. Познакомьтесь с Джонатаном!

Джонатан в Остине, штат Техас, офис компании IBM

Первоначально родом из района Сан-Антонио, Джонатан Армстронг непреходящий техасец. Он получил степень бакалавра в области компьютерной техники в Техасском университете и интернирован в IBM в течение его выпускного года. Сразу после окончания школы, он был нанят на работу в Остине, в офисе компании IBM в подразделении услуг.

"Наше внимание было сосредоточено на прорывных технологиях," говорит он. "В 2001-м году, когда я начал работать в IBM, эти технологии включали виртуализацию, автоматизацию и сетевые вычисления." В течение нескольких лет, Джонатан был вовлечен в доказательство концепции и привлечения клиентов работы по этим технологиям, помогая определить, каким образом они могут получить лучшие приложения реального мира для различных рынков IBM. Он также курировал студента колледжа по имени Кит Uplinger, который впоследствии стал одним из его товарищей по команде World Community Grid.

Накопленный опыт Джонатана в конкретной прорывной технологии - распределенных вычислениях - был снова применен с 2006 года, когда он присоединился к World Community Grid. С самого начала его внимание было сосредоточено на исследовательских приложений, используемых учеными, чьи проекты работают на World Community Grid. Большая часть его работы заключается в интеграции программных приложений, выбранных нашими партнерами по научным исследованиям в платформу World Community Grid. Он также участвует в BOINC, платформе с открытым исходным кодом, используемой World Community Grid, а также рядом других проектов добровольных вычислений, а также оказывает помощь в управлении рабочими юнитами. "Это очень маленькая команда, но очень продуктивная", говорит он.

Первый проект World Community Grid над которым Джонатан работал был Help Defeat Cancer<, которая запускался в 2006 и 2007 годах Несколько лет спустя, у отца Джонатана был диагностирован рак. "Вы или кто-то кого вы знаете, собирается быть диагностированным одним из заболеваний, с которыми World Community Grid работает, чтобы победить," говорит он. "Быть связанным с фундаментальными исследованиями, где на самом деле начинается работа, является содержательным способом быть частью решений." К счастью, отец Джонатана теперь без рака.

Джонатан проверяет свой новый беспилотный Quadcopter

Вид Джонатана с дрона

Джонатан и его жена были женаты в течение 19 лет. У них трое маленьких детей, которые являются основным фокусом внимания их времени и энергии вне пределами работы. Когда он находит время он любит слушать живую музыку вокруг Остине. Джонатан также любит быть на открытом воздухе и тратит время, пилотируя его новый кваддрон.

Как и все члены команды World Community Grid, Джонатан благодарен людям, которые помогают сделать работу возможной. Он говорит: "Большое спасибо добровольцам. Без вас и ресурсов, которые вы жертвуете, мы не могли делать то, что мы делаем".

отсюда
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Wim Degrave, Ph.D.
Лаборатория Института функциональной геномики и биоинформатики Освальдо Круза - Фиокруз
15 декабря 2016

Кратко:
Роль World Community Grid в проекте Uncovering Genome Mysteries закончилась, но работа исследовательской группы продолжается, поскольку они анализируют результаты расчетов и готовятся применить данные к медицине, сельскому хозяйству и другим практическим применениям.

Ныряльщик собирает образцы от seawood у берегов Австралии. Uncovering Genome Mysteries проанализировали белковые последовательности из широкого разнообразия форм жизни во многих средах, таких, как океан.

Вводная информация

Проект Uncovering Genome Mysteries начался на World Community Grid в ноябре 2014 года с целью анализа белковых последовательностей, чтобы помочь понять как организмы функционируют и взаимодействуют друг с другом и окружающей средой. Проект начался со 120-ти миллионов предсказанных белковых последовательностей из примерно 150,000 организмов. Эти белковые последовательности и организмы представляют собой разнообразие известных или неописанных форм жизни в нашей биосфере. Они пришли из организмов в пробах, взятых из различных сред, в том числе воды и почвы, а также снаружи и изнутри растений и животных. Дополнительно были добавлены 70 миллионов последовательностей, полученных из анализа предполагаемой генетической информации от микробных морских экосистем из Австралии с целью добавить к идентификации возможных функциональных возможностей этих последовательностей. В июле 2015 года мы добавили еще 20 миллионов новых предсказанных последовательностей белков.

Благодаря полным энтузиазма вкладам более чем 76000 добровольцев World Community Grid все эти белковые последовательности были проанализированы приблизительно за 24 месяца.

Uncovering Genome Mysteries был сложным и амбициозным проектом. Анализируя все предсказанные ферменты и другие белки, кодируемые в генетической информации, известной до сих пор из всех организмов и форм жизни от нашей биосферы является большой задачей. В связи с развитием новых технологий секвенирования для быстрого и дешевого определения генетического кода, дополнительная базовая информация становится доступной все возрастающими темпами, что делает более трудным выполнение такого полного сравнительного анализа в будущем.

Наша сложная задача выполнения приблизительно 100 квадриллионов сравнений в настоящее время завершена. Получены данные, объемом более 30 терабайт сжатой информации (более 150 терабайт несжатых), хотя каждое сравнение приводило лишь к одной строке чисел только для последовательностей белка с очень высокой вероятностью сходства.

Результаты на сегодняшний день и планы на будущее

И что дальше? Исследовательская группа Fiocruz провела в прошлый год разрабатывая и тестируя новые алгоритмы для преобразования вывода из сравнения с расчетами расстояния между геномами включенных организмов. В научной литературе приводятся много различных способов сделать это, в зависимости от целей анализа и мнений по эволюционной биологии.

Результаты Uncovering Genome Mysteries можно суммировать следующим образом:

1. Более полная и точная информация теперь доступна о структуре и функциях белков, кодируемых живыми организмами в нашей биосфере. Другие белки изучаются, с ними экспериментируют с каждым днем ​​в тысячах лабораторий по всему миру, и используя результаты сравнения, выполненных в рамках проекта, функциональные параллели могут быть проведены для белков, которые показывают структурное сходство между организмами. Это особенно ценно, когда предсказанные фрагменты белка сравнивают с неохарактеризованными организмами, например в окружающей среде и экологии исследований, таких, как возникший из лаборатории соисследователя д-ра Торстена Томаса и его команды из центра по морской биоинновации и школьной биологии, Земли и наук об окружающей среде при университете Нового Южного Уэльса, Сидней, Австралия. Полученная база данных с этими функциональными аннотациями будет обнародована в следующей версии нашей базы сравнения белка, ProteinWorldDB, в ближайшие месяцы.

2. Обнаруженные с помощью сравнения новые функции белка могут иметь медицинские, сельскохозяйственные, технологические или промышленные применения. Они могут быть как новыми биофармацевтическими, биоинсектицидами, биодеградацией отходов или ферментами для производства химических веществ, но особенно, когда часть новых биохимических способов в клетках, которые помогают лабораториям по разработке новой зеленой химии или производству энергии или биосинтезу и трансформации новых препаратов. Это также добавляет к растущим знаниям биотехнологии и синтетической биологии.

3. Группа в Фиокруз разработала новые способы для сравнения геномов разных организмов. Традиционно такие исследования рассматривают то, что сохраняется между геномами в результате вычисления расстояний, которые используются для филогенетических исследований и оценки эволюционных взаимоотношений между организмами. Тем не менее, мы считаем, что это только часть картины и команда ФОК разработала новый алгоритм, который также принимает во внимание различия. Это было связано с новым методом визуализации для таких сравнений, что приводит к значительно более быстрому способу добавления новых данных к изображению. Мы надеемся, что этот метод позволит нам отслеживать данные новых организмов, которые становятся доступными, добавляя результаты к растущей базе данных ProteinWorld DB.

Спасибо всем волонтерам World Community Grid, которые поддержали этот проект и мы планируем поддерживать связь, как у нас есть дальнейшие новости о наших текущих исследованиях.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Недавно была опубликована новая статья о захватывающем открытии нашего поиска радиопульсаров. В "Einstein@Home открытие двойной нейтронной звезды в обзоре PALFA" мы, вместе с международной командой, сообщаем о самой массивной двойной нейтронной звездной системе, из когда-либо наблюдаемых.

Подробнее об этой теме в самой публикации или в нашем пресс-релизе, сопровождающем публикацию.

Приветствую,
Бенджамин.

отсюда
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
6 декабря 2016

Кратко
Технический руководитель World Community Grid не только наслаждается решением всех видов сложных проблем, он любит помогать другим делать то же самое. Знакомьтесь с Китом Аплингером в этой статье.

Будь то тренировка детских спортивных команд собственных детей или помощь ученым в разворачивании нового протокола отбора проб на World Community Grid, Кит Uplinger всегда готов к трудностям, особенно когда это означает помощь другим.

Ранее в этом году Кейт снялся в видео нашей речи на народной премии Webby Awards.

Кит вырос в технически ориентированной семье в Остине, штат Техас, где его отец работал в IBM. Всегда влекомый к математике и технологии, Кит начал программировать еще в начальной школе. После того как его семья установила выделенное подключение к Интернету, он стал еще более целеустремленным. "Я был онлайн почти 24/7, программируя и исследуя компьютерные компоненты," говорит он.

Он получил степень бакалавра в области компьютерных наук в Техническом университете Техаса и начал прохождение стажировки в IBM во время своего второго года обучения. С самого начала его работа была сосредоточена на грид-технологии, которая включает в себя связывание компьютерных ресурсов из нескольких мест для достижения общей цели. После окончания школы он был принят на работу на полный рабочий день для работы в World Community Grid, которая не так давно началась.

С тех пор он имел отношение почти ко всем частям платформы World Community Grid, в том числе разработке скринсейверов проекта, управлению серверами, запуску среды тестирования, разработке веб-сайта, а также работе в тесном сотрудничестве с группой BOINC, чтобы помочь с платформой с открытым исходным кодом, на которой работает World Community Grid. "Я остался с World Community Grid для решения проблем," говорит Кит. "Многие люди работают на одном продукте, но наша сфера шире. Каждые несколько месяцев у нас есть новый проект, который должен выйти к большим группам людей во всем мире."

Кит в настоящее время технический руководитель World Community Grid. Его последний, связанный с работой, вызов - руководство работой World Community Grid по асинхронному обмену репликами, новому протоколу отбора образцов, разрабатываемому исследовательской группой для FightAIDS@Home - Фаза 2. Он объясняет: «Когда World Community Grid получает завершенные рабочие юниты (научно-исследовательские задачи) назад от устройств добровольцев, мы не посылаем результаты исследователей, пока вся партия единиц работы не будет завершена. Это не всегда идеально подходит для исследователей, таких как команда FightAIDS@Home, которым нужно обработать их результаты более быстро. С помощью асинхронного обмена реплик эти исследователи получат свои данные обратно быстрее, что позволит им анализировать свои данные быстрее."

"Мы не делали ничего подобного с нашими рабочими юнитами раньше. Асинхронный обмен точной копией имеет потенциал расширить научные возможности World Community Grid," говорит Кит. "Это не только помогает науке, но также может быть полезным для технологической стороны других проектов."

Когда он не решает сложные задачи для World Community Grid, Кит проводит время в кругу его семьи, который включает жену Эрику и их двух маленьких детей. Он наслаждается, тренируя его детские футбольные, баскетбольные, американско футбольные и бейсбольные команды. При росте 6'4"(193 см) он грозный баскетбольный противник и любит играть, когда он может. Его семья также любит путешествовать в Соединенных Штатах (на машине по возможности) и во всем мире. В последнее время он и его жена участвовали в Baatan Death Memorial March, сложном походе через пустыню Нью-Мексико, который чтит военнослужащих, защищавших Филиппинские острова во время Второй Мировой войны.

Множеству добровольцев, которых он обслуживал в течение многих лет, Кейт говорит: "Спасибо за ваши постоянные усилия, чтобы помочь найти ответы на самые сложные вопросы науки. Я надеюсь, что мы можем вырасти до миллионов добровольцев и когда-нибудь я хотел бы видеть нас вылечивающими рак".

[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: исследовательская группа FightAIDS@Home
1 декабря 2016

Кратко:
Мы рады сообщить, что мы возобновляем первую фазу проекта FightAIDS@Home. В сотрудничестве с World Community Grid и благодаря входящим в их состав добровольцам по всему земному шару, виртуальный скрининг с высокой пропускной способностью будет осуществляться путем воздействия на белок капсида ВИЧ-1 с целью обнаружения новых химических соединений, чтобы победить вирус СПИДа (ВИЧ). Подробнее в этой новости.

История вопроса

Во время созревания вируса ВИЧ, ВИЧ-1 белок капсида (CA) компонуется с тысячами копий к формам ядра капсида ​​[ссылка 1] с характерной конической формой (смотри рисунок 1C). Это ядро ​​охватывает вирусный геном РНК. После входа ВИЧ в клетки-хозяева, ядро ​​капсида высвобождается в цитоплазму и она диссоциирует в связи с обратной транскрипцией не выясненным полностью способом. Это приводит к импорту ДНК вирусного генома в ядра клетки-хозяина, где он встраивается в ДНК хозяина, завершая инфекцию.

Решающая роль белка СА в ранних и поздних стадиях вирусной репликации жизненного цикла привела к недавним усилиям по разработке лекарственных средств, нацеленных на зрелую форму белка. В настоящее время ни одна из этих молекул не используется в клинике, а некоторые сталкиваются с естественным полиморфизмом и устойчивыми мутациями [ссылка 2]. Таким образом, дальнейшее развитие препаратов, ориентированных на белок СА, по-прежнему необходимо.

Различные уровни структуры белка капсида

Белок CA состоит из последовательности 231-х аминокислот, которые складываются в 3 различные области (рис 1А): N-концевой домен (N-тер), компоновщик и домен С-концевой (С-тер). Этот белковая цепь комплексно соединяется с другими цепями для образования гексамеров (рис 1B) или пентамеров; которые компонуются вместе, чтобы сформировать поверхность конуса фуллерена ядра капсида (рис 1C). Есть несколько моделей компоновки ядра, но все они состоят из ~ 200 гексамеров и ровно из 12 пентамеров.

Рисунок 1: Белковая структура капсида ВИЧ-1

Виртуальный скрининг с высокой пропускной способностью

Команда FightAIDS@Home работает с World Community Grid, чтобы найти активные соединения, которые могут прикрепляться к CA белкам и медиируют сборку ядра капсида. Этот вычислительный эксперимент будет осуществлен с использованием программного обеспечения AutoDock Vina [ссылка 3].

Благодаря волонтерам, около 2 миллионов молекул будет отскринено через ~ 50 конформаций белка капсида, и мы надеемся, приведет к уменьшению отбора молекул. Это станет отправной точкой процесса обнаружения лекарств, нацеленных на белок капсида ВИЧ-1.

При поддержке наших сотрудников "Взаимодействия с ВИЧ и вирусной эволюции" (HIVE, экспериментальные биологические анализы и анализы в отношении инфекционности будут проводиться для определения, действительно ли выбранные соединения могут быть оптимизированы в качестве перспективного лекарственного кандидата.

Четыре исследуемых кармана

На основе рентгеновских структур белка CA, модели ядра и компьютерных анализов их гибкости, четыре исследуемых кармана были отобраны на поверхности компоновки гексамера (см рисунок 2).

Рисунок 2: Четыре исследуемых кармана

Эти карманы включают либо один мономер (как карман 2 вдоль домена линкера), на границе раздела двух мономеров (карманы 1 и 4), или шестикратный интерфейс (карман 3).

Мутагенез экспериментов показал, что стабильность ядро ​​точно настроена, чтобы обеспечить упорядоченную декомпоновку во время ранней стадии цикла репликации вируса [ссылка 4]. Именно поэтому выбор соединений будет сделан либо для молекул, которые могли бы стабилизировать или дестабилизировать гексамер; при условии, что оба действия могут оказать влияние на равновесие ядра.

Наша команда из научно-исследовательского института Скриппса в Сан-Диего, включающая в себя д-ра Pierrick Craveur, д-ра Стефано Форли и профессора Артура Олсона, действительно ценит поддержку этот проекта, получаемую от добровольцев World Community Grid по всему земному шару.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: д-р Карлос Мускус Лопес
Координатор молекулярной биологии и вычислительного отдела, PECET Университет Антиокия
14 ноября 2016

Кратко:
Мсследовательская группа Drug Search for Leishmaniasis создала интерактивную базу данных результатов с наивысшей оценкой, полученных в своем исследовании на World Community Grid. Эта база данных поможет ускорить работу других ученых, которые проводят подобные исследования.

Выше приведена иллюстрация того, как лиганды (лекарства) прогнозируются связываться с каждым из белков конформации DHODH, извлеченных из экспериментов смоделированных на World Community Grid. DHODH является одним из основных белков, ассоциированных с выживанием паразита, который вызывает лейшманиоз.

История вопроса

Проект Drug Search for Leishmaniasis был создан с целью выявления потенциальных новых методов лечения лейшманиоза, запущенной тропической болезни, поражающей более двух миллионов человек в 98 странах ежегодно. Существующие медикаментозные методы лечения для лейшманиоза могут вызвать серьезные побочные эффекты, что приводит к острой необходимости новых, безопасных и недорогих лекарственных соединений против лейшманиоза.

С помощью массированной вычислительной мощности, пожертвованной более чем 120000 добровольцами World Community Grid, они определили несколько лекарственных соединений, которые могут стать улучшенными лекарствами для этого заболевания. Команда также создала открытую базу данных результатов c наивысшей оценкой, которая доступна для ученых и общественности.

Новая база данных объединяет белки с соединениями

Исследовательская группа проекта в PECET, Университете Антиокии в Колумбии использовали программное обеспечение AutoDock Vina для поиска по базе данных "Цинк" коммерчески доступных соединений для тех, которые, как представляется лучше связываются с 50-ю выбранными целевыми белками, включенными в лейшманиоз.

Вы можете получить доступ к базе данных, созданной командой Drug Search for Leishmaniasis по адресу:

http://ubmc-pecet.udea.edu.co/index.php/dsfl/

База данных позволяет выбрать любой белок, изученный в виртуальном скрининге, основываясь на его PDB (Protein Data Bank), ID или имени белка. После выбора белка, основная информация о белке появляется вместе со ссылкой PDB и визуализатором для изучения структуры белка, не выходя из базы данных. В разделе под информацией белка, перечислены 20 лучших связывающих соединений для данного белка, со ссылкой на детали каждого соединения и соответствующего балла стыковки VINA. В нижней части списка есть опция для загрузки данных в формате CSV.

При выборе одного из обязательных соединений из списка для данного белка-мишени показывается информация о молекуле (ее физико-химические свойства), картина 2D-структуры, а также ее связь с базой данных ZINC. Перечень других белков со значительным стыковочными баллов с этим соединением предоставляется. Это также можно загрузить в формате CSV.

Исследователи надеются, что эта информация будет ценной для других ученых, расследующих методы лечения этой забытой тропической болезни,. Пожалуйста, свяжитесь с нами для получения информации о соединениях с более низкой оценкой, не перечисленых в базе данных.

Если вы используете информацию из этого хранилища просьба указать: Очоа, Р. и др. "Поиск Препарат для лейшманиоза: подход виртуального скрининга с помощью распределенных вычислений." Журнал Computer-Aided Молекулярный дизайн, 2016, 30 (7): 541-552.

Спасибо всем волонтерам World Community Grid, которые пожертвовали вычислительное время для этого проекта.

новость на англ.

nebula

Nov. 15th, 2016 03:57 pm
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Читайте о Туманности новой и более быстрой серверной СУБД для SETI@Home. Туманность удаляет RFI и находит постоянные сигналы. Ее цель состоит в том, чтобы позволить нам закончить текущий эксперимент SETI@Home.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа OpenZika
3 ноября 2016

Кратко:
Исследователи OpenZika готовы начать лабораторные испытания для пяти химических соединений, которые могут привести к потенциальным лекарствам. В этой новости исследовательская группа обсуждает почему поиски анти-Зика настолько важны, описывает процесс выбора лекарственных соединений для тестирования и обобщает работу, которую они и IBM сделали (пока что), чтобы опубликовать данное исследование.

история проекта

Лидеры OpenZika (слева направо) д-р Каролина Horta Andrade,
Д-р Александр Перриман и д-р Шон Ekins. Алекс одет в рубашку поло OpenZika, доступную для покупки на Zazzle.


Проект OpenZika ищет лекарственные кандидаты для лечения вируса Зика у людей, которые были инфицированы. Проект ориентирован на ключевые белки, которые вирус Зика вероятно, использует чтобы выжить и распространяться в организме. Для того, чтобы разработать анти-Zika препарат, исследователи должны определить, какие из миллионов химических соединений могут быть эффективными при вмешательстве с этими ключевыми белками. Эффективность каждого соединения испытывается в виртуальных экспериментах, называемых "расчитываемая стыковка", выполняющихся на компьютерах добровольцев World Community Grid и устройствах на Android. Эти расчеты помогают исследовательской команде сфокусироваться на наиболее вероятных соединениях, которые могут в конечном итоге привести к противовирусной терапии.

Важность поиска противовирусного препарата

Несмотря на то, что несколько лабораторий делают экраны на основе клеток с лекарствами уже утвержденными агентством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), нет почти никакого шанса у "хитовых" соединений, которые были определены до сих пор, быть одновременно достаточно мощнымии против вируса Зика и также безопасными для беременных женщин. Эти другие лаборатории выполняют "высокопродуктивный скрининг" (HTS) в условиях проведения экспериментов на практике; быстрая природа этих анализов может вызвать много "ложных отрицательных результатов" (то есть, активные соединения могут быть ошибочно приняты за липу).

В некоторых экспериментах мы также стыкуем утвержденные FDA лекарства, но кроме того, мы стыкуем препараты, одобренные в Европейском Союзе и множество "клинических кандидатов "Национального центра исследования здоровья"» (что дает нашему набору данных размер в 7600 перспективных, в отличие от только тестирования около 800 до 1500 утвержденных FDA лекарств). Кроме того, другие наши эксперименты предполагают стыковки с гораздо большим набором 6-ти миллионов различных коммерчески доступных (не так перспективных или оптимизированных) "хитовых и похожих-на-лидеров" соединений, которые могли бы заложить основу для будущих исследований по разработке лекарственных средств.

Наши виртуальные экраны также могут дать ложные отрицательные и ложные положительные результаты, но когда мы идентифицируем небольшое количество соединений-кандидатов для наших сотрудников, чтобы проверить в мокрой лаборатории клеточных анализов, их анализы могут быть выполнены с меньшим количеством материала более точным образом.

Насколько нам известно, все лаборатории все еще на долгом пути от открытия новых лекарств против Зика и все мы должны работать вместе и преследуем различные и взаимодополняющие подходы. Кроме того, основываясь на нашем опыте с тем, как другие вирусы, в конечном итоге, приобретают лекарственную устойчивость, чтобы уклониться от лекарства, миру, вероятно, нужно будет обнаружить несколько различных типов лекарств против Зика, которые могут быть использованы в комбинированной терапии, для того, чтобы замедлить развитие версии "супербактерии".

В настоящее время совершается целый ряд усилий по созданию вакцины против вируса Зика. Тем не менее, вакцины не помогают людям, которые уже имеют инфекцию. Хотя прогресс разработки вакцины был достигнут, это займет несколько лет, прежде чем они окажутся эффективными и безопасными и прежде, чем достаточно доз сможет быть массово произведено и распространено. Даже после того как одобренные вакцины станут доступными и распространены среди общественности, не все люди будут вакцинированы. Следовательно, в настоящее время и в будущем, необходимы лекарства для инфекции Зика.

Прогресс по выбору соединений для лабораторных испытаний

ZIKV NS3 хеликаза с тремя ингибиторами кандидатов, отобранных виртуальным скринингом, показанные как поверхности, способные к растворению, с различными оттенками зеленого цвета. Идентификация этих кандидатов и видео были сделаны д-ром Александром Л. Перриманом.

Мы начали этап анализа проекта, сосредоточив внимание на результатах против хеликазы кристаллической структуры apo NS3 (apo означает, что белок не был связан ни с чем, например, как кофактор, ингибитор или нуклеиновая кислота). Эта хеликаза NS3 является составной частью вируса Зика, что позволяет ему реплицироваться. В первых результатах скрининга, рассмотренных нами, около 7600 соединений в композиционной библиотеке, состоящей из утвержденных препаратов Администрацией пищевых продуктов и медикаментов США + препараты, одобренные в Европейском Союзе + коллекция клинической библиотеки американского Национального института здравоохранения были пристыкованы против этой геликазы. Ниже приведены результаты этого скрининга:

- 150 соединений прошли энергетические и взаимодействия на основе док-фильтров, а также их предсказанные связывающие режимы были осмотрены и измерены в деталях.
- Из соединений, которые были обследованы в деталях, 16 соединения прошли этот этап визуального осмотра своих состыкованных режимов
- Из соединений, прошедших визуальный осмотр, 8 прошли последующию проверку на основе медицинской химии
- 6 из них могут быть заказаны (1 стоимостью свыше $ 100,00 за миллиграмм (и нам обычно требуется по крайней мере 10 миллиграммов для процесса контроля качества и анализов) и 1 было запрещено Агентством США по борьбе с наркотиками)

Впоследствии, пять из шести соединений, приобретенных нами, прошли исследования по контролю качества для проверки их идентичности и чистоты. Эти пять соединений недавно были отправлены в Калифорнийский университет в Сан-Диего для тестирования в пробирке против вируса Зика д-ром Jair L. Сикейра-Нето, одним из исследователей для OpenZika.

Для получения дополнительной информации об этих экспериментах, пожалуйста, посетите наш веб-сайт.

Кроме того, мы в настоящее время визуально инспектируем около 260 дополнительных соединений, которые прошли больший и более разнообразный набор док-фильтров против новой РНК-связанной NS3 хеликазы кристаллической структуры (используя одну и ту же композиционную библиотеку лекарственных средств, утвержденную в США и ЕС + клинические кандидаты Национального Центра Исследования Здоровья ). Дюжина новых кандидатов были определены с тех пор.

Поиск дополнительных сотрудников

Мы ищем новых сотрудников, которые могут предоставить дополнительные навыки. В частности, мы ищем лаборатории, которые могут помочь с различными типами клеточных анализов и, в частности, в основанном на ферментах анализе вирусных белков Зика. Доктор Сикейра-Нето выполняет пару типов анализов на основе клеток, но несколько различных подходов разрабатываются для испытаний соединений против Зика (и каждый тип анализа имеет свои сильные и слабые стороны). Иметь результаты различных типов анализов полезно для оценки наших соединений-кандидатов.

Наша опубликованная в Публичной Научной Библиотеке статья о забытых тропических болезнях: "OpenZika: Проект IBM World Community Grid для ускорения поиска лекарства от вируса Зика", была опубликована 20-го октября и ее уже просматривали более 2100 раз. Другой научный документ, названный "Иллюстрируя и гомологически моделируя белки вируса Зика", как мы надеемся близок к тому, чтобы быть наконец принятым. Возможно, эти статьи помогут привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.

Сбор средств

Недавно мы создали витрину на Zazzle с логотипом OpenZika на многих различных штуковинах, таких как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши и корпуса телефонов. Zazzle определили базовую цену деталей, и мы затем установили 10% от базовой цены, как нашу "прибыль", которая будет вся пожертвована на приобретение и тестирование соединений для проекта OpenZika. В то же время, ношение одежды, имеющую логотип OpenZika логотип помогает распространению. И весело носить искусство ботаников.

Команда OpenZika работает на грантах от Национального Института Здоровья, CNPq (бразильское агенство финансирования), а также других организацияй, чтобы попытаться собрать средства на покупку и тестирование соединений.

Далее идет информация о продвижении проекта и куева туча ссылок на текстовые, аудио и видео новости с упоминанием OpenZika
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа Mapping Cancer Markers
17 октября 2016

Кратко:
Исследователи Mapping рака Маркеры анализируют результаты исследовательских задач рака легких, работащих на World Community Grid, а также первые наборы данных рака яичников. Эта свежая новость дает детальный взгляд на инструменты и процессы, которые они используют для этого анализа, а также список своих последних публикаций и событий в их лаборатории.

Целью проекта Mapping Cancer Markers является выявление химических маркеров, связанных с различными типами рака. Это поможет исследователям обнаружить рак раньше и разработать более персонализированное лечение рака. Ниже исследовательская группа описывает, как они анализируют данные рака легких из научно-исследовательских задач, которые были выполнены на World Community Grid, а также первые наборы данных рака яичников. Они также обновить нас на событиях в своей лаборатории, а также предоставлять информацию о своих последних публикаций.

Новости лаборатории

Доктор Анн-Кристин Hauschild недавно присоединилась к нашей лаборатории в качестве постдокторского научного сотрудника и будет участвовать в проекте Mapping Cancer Markers путем применения интеллектуального анализа данных и алгоритмов машинного обучения, чтобы расставить приоритеты сигнатур и охарактеризовывания вовлеченных генов.

Наша работа была признана в третий раз подряд Thomson Reuters, который включил нас в список часто цитируемых исследователей из 127 в области компьютерных наук и 3,266 во всем мире в 21 областях науки.

Переход к набору данных яичников

Наша предыдущая новость описывает запланированный переход к набору данных яичников рака от анализа рака легких. Из-за сроков на испытания набора данных яичников и их запуска на World Community Grid, у нас было несколько дополнительных, незапланированных дней анализа рака легких. Мы использовали эти дополнительные дни, чтобы исследовать сигнатуры рака легких (30-100 маркеров). Предыдущие блоки работы исследовали меньше сигнатур (5-25 маркеров). Все результаты от рака легких, которые были собраны, наряду с первыми несколькими результатами рака яичников. Мы усердно работали, анализируя завершенные легкие и предварительные результаты яичников.

Как мы обрабатываем результаты

В рамках этой работы, мы переработали то, как мы обрабатываем и обрабатали результаты, которые мы получаем от World Community Grid. В частности, мы изменили нашу систему Extract-Transform-Load (ETL), который принимает необработанные, упакованные исследовательские задачи, полученные от World Community Grid, и распаковывает, сопоставляет, реорганизует и перекодирует результаты в эффективный и простой в нагрузке формат для последующего анализа. Наша предыдущая система ETL была встроена в наш IBM InfoSphere Streams. Отделение этапа ETL от анализа дало несколько преимуществ проекту. Это позволяет более эффективно хранить данные, это упрощает наш главный конвейер анализа потоков, и самое главное, это позволяет осуществлять прямой анализ результатов MCM с другими инструментами и платформами (например, интеллектуальный анализ данных и анализ данных инструментов, таких как R и scikit-Learn ).

Сведение к минимуму потенциальной систематической ошибки в наборе данных яичников рака

Набор данных рака яичников Mapping Cancer Markers объединяет данные из нескольких независимых исследований рака. Эти исследования не следуют идентичным протоколам отбора пациентов, сбору ткани образцов или подготовки, или записи клинических ковариатов. Объединение данных из нескольких источников одновременно требует тщательной нормализации (процесс реорганизации данных). Поиски успешных сигнатур в таком наборе данных облегчается, если набор данных минимизирует смещение. Мы будем продолжать изучать вопрос о нормализации данных в наборе данных яичников рака и можем обновлять набор данных в будущем, если мы обнаруживаем улучшения, или если анализ результатов показывает отклонения.

порталы интеграции данных

Наша команда разработала два портала интеграции данных, чтобы помочь нам интерпретировать и проверять результаты, которые мы получаем от Mapping Cancer Markers. Функции этих двух порталов, называемые mirDIP и pathDIP, подробно описаны ниже.

Использование mirDIP для интерпретации результатов картирования рака Маркеры

Одним из проектов, над которыми наша группа работает над в течение последних нескольких месяцев является портал интеграции данных микроРНК (mirDIP). Этот веб-ресурс позволяет пользователям запрашивать микроРНК (миРНК) и исследовать их взаимодействия с РНК (мРНК) целями. МикроРНК это короткие и некодирующие молекулы РНК, наблюдаемые у растений, животных и вирусов (1). По большей части, эти короткие молекулы связываются с мРНК, чтобы контролировать количество производимого белка. Например, в том случае, когда кто-то может получить травму и кровотечение, если тело определяет, что существует непосредственная потребность в большем количестве крови, микроРНК могут связываться с их целями и прибавлять производство белка гемоглобина. Эти молекулы играют важную роль в изучении рака, так как, в частности, они контролируют, когда все должно быть включено или выключено. МикроРНК известны цели более одного гена, поэтому понимание их взаимоотношения с генами является важным шагом в понимании того, как гены и белки функционируют.

Один из способов, которые мы планируем использовать mirDIP в тандеме с нашим проектом картирования рака маркеров, является более внимательный взгляд на общие гены, идентифицированныы двумя методами. Ниже мы используем пример того, как это делается. Если мы возьмем одну из многих публикаций, чтобы начать (2), мы можем идентифицировать микроРНК, которые, как известно, связаны с раком яичников. Как видно на рисунке из публикации, мы можем определить некоторыъ из ключевых участвующих игроков. Такие сети, как эта предоставляют ценную информацию, но отнюдь не полностью характеризуют окружающую среду.

Рисунок 1. Онкогенный и супрессоры опухолей микроРНК при раке яичников. На основе их функции, микроРНК может быть использована для диагностики и терапии. Некоторые микроРНК, такие как семейства микроРНК-200, let-7 семьи, MIR-21, MIR-214 и MIR-100 имеют сильный диагностический/прогностический потенциал при раке яичников. Рисунок и надпись из статьи с Заман и др. (2), под лицензией CC BY 2.0.

Мы можем использовать mirDIP для выявления других основных и второстепенных генов, которые могут быть вовлечены в эти процессы. Если создадим последовательность с использованием 8-ми примеров микроРНК и ограничим результаты для тех, что ссылаются, на по крайней мере, 5 баз данных, мы можем быстро сузить список интересующих генов. Здесь мы покажем, анализ с помощью разработанного нами программного пакета для визуализации и анализа сетей белок-белковых взаимодействий (NAViGaTOR 3.0) из 8-ми микроРНК и связанных с ними генов, где по крайней мере 2 микроРНК являются генами-мишенями.

Рисунок 2. Сеть НАВИГАТОР 3.0 рака яичников ассоциированных с микроРНК и генами. Бирюзовые узлы указывают микроРНК и серые ячейки указывают на связанные гены, предсказанные нашим порталом mirDIP. Два из микроРНК HSA-MIR-34A-5p и-Mir-34c-5P связаны друг с другом и, таким образом, имеют высокий процент перекрытия генов, которые они регулируют. HSA-Mir-100-5p не имеет взаимодействующих генов; Тем не менее, эта сеть показывает только взаимодействие, подтвержденное более чем 5-ю независимыми базами данных. HSA-MIR-100-5p взаимодействия могут быть идентифицированы с использованием значительно меньшего количества источников.

В свою очередь, эти гены могут указывать на критические пути (некоторые из которых, определенные на рис.1), или новые пути, которые могут быть скомпрометированы. Если мы сравним результаты нашего анализа mirDIP с нашим набравшим наибольшее количество баллов сигнатур Mapping Cancer Markers, мы можем дополнительно идентифицировать конкретные гены, представляющие интерес. Понимание того, какие игроки (пути, гены, белки, микроРНК и т.д.) участвуют и прогнозирование возможного механизма приведет к сосредоточению дальнейших исследований, и может привести к выявлению целенаправленного лечения для конкретных подгрупп пациентов - цели точной медицины.

Систематический и всесторонний анализ пути с использованием pathDIP

Это подводит нас к другому ресурсу, который мы создали для комплексной характеристики профилей рака: pathDIP. Важно отметить, что этот общественный ресурс объединяет 20 баз данных и позволяет вычислительно прогнозировать затрагивающие пути объединения, необходимый шаг, чтобы полностью понять сигнальные каскады здоровых и болезненных условий. Перекрестная проверка наших прогнозов обеспечивает 71% точность, а также прогнозы обеспечивают новые аннотации для 5732 белков ранее не имеющих, пути характеристики.

Принимая результаты из рисунка 2 (36 генов, идентифицированных с помощью mirDIP), портал pathDIP идентифицирует два существенно обогащенных пути (р <0,05): 1) микроРНК при раке, и 2) Центральный метаболизм углерода в раке (база KEGG). Первый путь напрямую подтверждает наши шаги до этого момента, пока последний путь указывает еще один путь для исследования. Действительно, путь центрального метаболизма включает в себя превращение глюкозы в молочную кислоту, процесс, известный как эффект Варбурга, который является общим в яичниках и других видах рака. Этот процесс, как было показано, контролируется оксидом азота (3), а также другими микроРНК (4).

Изучение противораковых свойств брокколи

Тем не менее, возвращаясь к регуляции генов микроРНК - портал mirDIP теперь позволяет нам изучить вопрос о том может ли микроРНК из животных, растений и вирусов регулировать человеческие гены. Этот механизм межвидового регулирования открывает огромный потенциал для понимания увеличения риска и профилактики заболеваний. В качестве первого исследования в этом направлении, мы недавно завершили и опубликовали документ, показывающий, что микроРНК брокколи действительно регулируют человеческие гены, активируемых при раке легкого, обеспечивая тем самым потенциальное объяснение того, почему потребление брокколи было связано с противораковыми свойствами многих эпидемиологических исследований.
...

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Хуан Индо, руководитель программы World Community Grid
15 октября 2016

Кратко:
Более 20000 человек были выдвинуты для участия на South by South Lawn, событие Белого дома, разработанное, чтобы объединить творческие предпринимательские группы, для обсуждения некоторые из самых больших проблем в мире. Менеджер World Community Grid, Хуан Индо, была одной из немногих выбранных для участия в мероприятии. В этой статье она обсуждает, как South by South Lawn вдохновила World Community Grid, чтобы повторно выпустить наш публичный призыв к научно-исследовательским проектам по изменению климата.


3 октября, мне выпала честь присутствовать на South by South Lawn 2016 в Белом доме. Это событие собрало лидеров в данной области техники, технологии, инноваций и социальных изменений, которые помогают двигать страну вперед. Моя номинация на мероприятия сосредоточена на научно-техническом прогрессе, ставшим возможным путем привлечения исследователей и волонтеров World Community Grid вместе, через нашу технологическую платформу. Я считаю, что в приглашении меня представлять всех нас, организаторы признали World Community Grid в качестве важного примера участия общественности в решении наших самых сложных задач.

Тема мероприятия "... фестиваль искусства, идей и действий ..." была очень широкой, так что я не знала точно, чего ожидать. После того, как я прибыла на Южную лужайку, я была взволнована, встретив широкий спектр людей-предпринимателей, активистов, мысле-лидеров и других, которые собрались вместе, чтобы узнать больше об инновационных проектах в социальной справедливости и интеграции, здоровье и экологической устойчивости продуктов питания, наряду с другими областями.

Самая мощной сессия дня была дискуссия по вопросам изменения климата между президентом Обамой, актером/активистом Леонардо Ди Каприо и климатологом доктором Катариной Hayhoe. Их разговор не только сформулировал беспрецедентную актуальность проблемы, но сосредоточен на положительном влиянии изменений политики по таким вопросам, как озоновый слой и исчезающие виды. Вы можете увидеть видео этой сессии ниже.


World Community Grid может быть одной из основных причин проведения дальнейших исследований по проблеме изменения климата. Мы выпустили публичный призыв к исследователям в 2014-м году, предложив им обратиться с любыми проектами по моделированию климата, исследованию воды, жизнестойкостью пищевых продуктов и другим вопросам, связанных с климатом, которые могут извлечь выгоду из массивной вычислительной мощности. Мы повторяем призыв и вновь ищем возможности сделать климатологов, которых мы знаем (а также некоторых, которых не знаем) осведомленными о ресурсах, которые World Community Grid может предложить. Добровольцы, если у вас есть какие-либо личные связи с любыми связанными с климатом организациями или отдельными лицами, пожалуйста, помогите нам, рапространяя нашу статью.

Спасибо добровольцам и исследователям, которые вносят вклад в работу World Community Grid. Вы причина того, что программа признается наградами и приглашениями на мероприятия, такие как South by South Lawn. С вашей помощью мы надеемся найти усилия к исследованиям по изменению климата, которые могут помочь ускорить науку в этом важном вопросе.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Wired проинтервьюировало Стива Крофта и Эрика Корпелу из научно-исследовательского центра SETI в Беркли и Сета Шостака из института SETI об одном методе, который мы используем, чтобы выяснить, являются ли заявленные ETI сигналы действующими:

https://www.wired.com/2016/10/aliens-trying-contact-use-handy-scale/
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Почему я всегда должен быть плохим парнем?

Документ был размещен на сайте Arxiv прошлой ночью, под названием "Открытие своеобразных периодических спектральных модуляций в малой доле звезд солнечного типа". В бумажных комментарих вы можете увидеть "Сигналы вероятно от внеземного разума."

Ну вот, снова здорОво! Еще один неподтвержденный сигнал от ET. Еще один автор не следует рекомендованным протоколам о которых ему несомненно известно, в первую очередь, подтверждения перед публикацией. В работе авторы проанализировали 2,5 миллиона архивных спектров из исследования Sloan Digital Sky с помощью дискретного преобразования Фурье. В 234 звездах спектральных классов G, K они обнаружили периодичность которую они приписывают широкой полосе частот пульсаций звездного сигнала, которые имеют (почти во всех источниках) период 1,65 пикосекунд (1 пико = триллионной доле секунды). Импульсы такой короткой длительности должны были бы исходить от всенаправленного передатчика меньше половины миллиметра или они должны быть испускать лучи в нашем направлении. Это, как правило, то, что мы ищем в оптическом SETI, направленные импульсы, а на наносекунды (миллиардные доли секунды), а не пикосекундные временные рамки.

Там много математики и физической интуиции, участвующих в анализе, так что я не буду описывать все это. Авторы описывают почему они думают, что это не может быть инструментальным эффектом или эффектом анализа данных, а затем заключают, что ET является наиболее вероятной причиной. Они пришли к выводу есть 234 планеты излучающие импульсы, такого же периода, как и на Земле. Галактический консорциум.

Чего не хватает из анализа? Подтверждения, конечно. Однометровый телескоп с низким разрешением спектрографа был бы в состоянии подтвердить или опровергнуть это в одну ночь. Эта статья была в процессе пересмотра более чем достаточно времени для подтверждающего наблюдения на другом телескопе. Никто не упоминается.

Во всяком случае, я убежден, что есть 234 звезды, передающие пульсации с той же частотой к Земле. Мое лучшее предположение? Это инструментальное или эффект обработки данных. Подобная норма кажется подозрительной. В списке автор не включает данных ученых исследования Sloan, ни одного подтверждения, поэтому авторы не могли полностью понять канал информации анализа данных для Sloan. Я не эксперт по каналу информации SDSS, но я могу думать о многих шагах, когда пульсационный термин может быть вводим в моду время от времени. Например, если существует полином, прилегающий к шкале длин волн, который ломает шкалу из-за неправильно определенной калибрационной линии. Или плохая CCD-коррекция плоского поля или полином залез на фон или континууму стало плохо. Мы, вероятно, узнаем больше, когда попытки подтверждения будут сделаны с использованием различных инструментов.

Конечно, Breakthrough Listen собирается принять эту стратегию и посмотреть на эти звезды с автоматизированным Planet Finder и получить высокие спектры разрешения. До подтверждения его ставка по шкале Рио 1 (из 10), незначительна. После подтверждения она будет всплывал на 3-5 (от малой до промежуточного). Для того, чтобы получить отметку, заслуживающую внимания (в моей оценке) мы должны делать больше, чтобы исключить неинтеллектуальные явления. Кто знает, может быть, нам повезет.

Джейсон Райт из Penn State (на академический отпуск в университете Беркли в этом семестре) запостил в блоге о шкале Рио и как она используется в сочетании с объявлением о возможных открытий.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: команда Clean Energy Project
Гарвардский университет
12 октября 2016

Кратко:
В этой новости исследовательская группа Гарварда описывает новые исследовательские задачи, новые совместные работы, которые будут основываться на поиске более эффективных солнечных батарей, а также недавнюю награду.

Д-р Стивен Лопес (слева вверху) с несколькими студентами, которые являются членами группы Aspuru-Guzik

Гарвардский проект чистой энергии продолжает работать в направлении поиска новых классов материалов для чистых возобновляемых источников солнечной энергии. Мы сейчас анализируем результаты виртуального скрининга с высокой пропускной способностью фуллерена альтернативных материалов. Эти материалы помогут расширить инструментарий для наших сотрудников, которые изготавливают эти устройства. Мы работаем с несколькими группами в Мексике и Канаде, чтобы начать синтез этих соединений.

Кранчинг данных на World Community Grid в настоящее время приостановлен, в то время как новый тип исследования задачи проверяется перед выпуском для более широкого сообщества добровольцев.

Мы также начали сотрудничать с группой Лу (Princeton University) для другого скрининга проекта с участием дискотических hexabenzocoronene материалов. Эти материалы отличаются высокой степенью прозрачности и наши сотрудники измерили внушительные напряжения разомкнутой цепи в фотогальванических устройствaх. Высокое напряжение этих материалов может быть использовано для нового увлекательного применения, расщепления воды! Высокие напряжения могут быть использованы, чтобы разбить воду на составные элементы, кислород и водород. H2 имеет потенциал для использования в качестве локомотивного топлива, а также имеет дополнительный бонус в виде производства только зеленых побочных продуктов, кислорода и воды.

Д-р Стивен Лопес работает с аспирантом Ханна Шин и посещающим студентом Хулио де Гоэс Соарес, чтобы разработать пользовательскую библиотеку для наших друзей в Принстоне.

Стивен отправился в Лос-Анджелес, чтобы принять премию Нормы Стоддарта за академическое мастерство и выдающееся гражданство, который открыт для всех и недавно закончил обучение студентов и стипендиатов в UCLA кафедры химии и биохимии. Он встретил сэра Фрейзера Стоддарта (Северо-западный университет), известного химика и недавнего лауреата Нобелевской премии, чьи исследования направлены на молекулярное распознавание с помощью супрамолекулярной химии.

Стивен и Alán отправились в Ванкувер, Британская Колумбия, чтобы представить свои исследования в канадском Институте перспективных исследований (CIFAR) во время встречи с другим постдоком Aspuru-Гузика, д-ром Доран Беннеттом.

Мы высоко ценим World Community Grid добровольцев помогающих нам, жертвуя вычислительные мощности!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
6 октября 2016

Кратко
Выдающаяся работа исследователей и щедрость добровольцев World Community Grid были признаны еще раз! Мы рады сообщить, что мы недавно получили D&AD Impact Award, которая выдается компаниям, использующим силу творчества, чтобы стимулировать позитивные изменения.

Признание World Community Grid приходит из самых разных мест! В дополнение к недавней рекламе из новостных источников, таких как Forbes, Mashable, и The Atlantic о проекте OpenZika, мы очень рады получить награду от D&AD Impact.

D&AD Impact Awards были созданы D&AD (глобальная рекламная ассоциация) и "Неделей Рекламы" (глобальная серия профессиональных маркетинговых и рекламных конференций). Награды вышли за пределы рекламного сообщества, чтобы отпраздновать силу творчества, для стимулирования позитивных изменений. Приводя эту награду World Community Grid в категории "Промышленная эволюция", D&AD Impact признали нас за то, что влияние на общество помогает изменить статус-кво.

World Community Grid существует за счёт большого числа добровольцев со всего мира, которые жертвуют свои неиспользованные вычислительные мощности, день за днем, на гуманистические исследования. Спасибо всем, кто вносит свой вклад в эту работу.

на англ
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Дорогое сообщество POEM@HOME,

в первую очередь мы хотим выразить нашу глубокую признательность каждому вкладчику нашего проекта. В прошлом году мы разработали GPU-оптимизированную версию SIMONA, которая используется как часть POEM@HOME, ускоряющую расчеты различных величин. Благодаря этому ускорению, для нас было очень трудно обеспечить достаточно работы, чтобы насытить наш проект BOINC.
Поэтому, после восьми лет гонки, мы имеем столько вычислительной мощности, что не нуждаемся в ваших больших и щедрых взносах, чтобы осуществлять нашу науку. В то же время другие, более мелкие и более крупные проекты требуют больше вычислительной мощности, чем когда-либо.

Алгоритм GPU-ускорения будет открытым исходным кодом, так что другие группы смогут использовать эффективное силовое поле свободно, чтобы проводить исследования кластеров GPU самостоятельно (сроки для этого до Рождества. Код готов к отправке и статья написана , но она должна быть рецензируема ранее).

Мы приносим извинения за небольшие технические заминки в прошлом месяце; нам хотелось бы, быть готовыми к более чистому и лучшему пробегу финальных рабочих юнитов.

Еще раз спасибо за потрясающую поддержку, и мы надеемся, что ваши вклады будут помогать другим проектам BOINC с этого момента. Мы хотим особо поблагодарить Владимира Танковича за его вклад в код GPU.

С наилучшими пожеланиями,
администратор команды POEM@HOME

P.S .: Мы будем держать форумы и веб-сайт открытым в течение некоторого времени и постепенно опорожнять очереди и остановим даемоны сервера примерно через 2 месяца.

на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Оливье Пьер, Crunchers Sans Frontieres
3 октября 2016

Кратко:
Оливье является давним волонтером из Франции, который помогает работать очень успешной команде Crunchers Sans Frontières. В его собственных словах, он объясняет, что привлекло его к World Community Grid.

Оливье Пьер (на фото выше) является давним добровольцем, который помогает управлять Crunchers Sans Frontiers, успешной команде распределенных вычислений с участниками из многих стран мира.

Меня зовут Оливье Пьер и мне 42 года. Я женат и гордый отец троих детей. Я живу на северо-востоке Франции и работаю в электронной безопасности и поручительстве, особенно CCTV. Как хороший маленький гик, я провожу много времени на моем компьютере. Я люблю быть с моей семьей и наслаждаться хорошим виски. :)

Когда я открыл для себя World Community Grid, я был администратором для другой команды на другом онлайн-проекте. Я знал о команде Crunchers Sans Frontieres, прежде чем я открыл для себя World Community Grid. Доступ к команде Crunchers Sans Frontières команды на World Community Grid был зарезервирован только для наиболее активных и лояльных членов и администраторов. Когда я был принят на работу, мне сразу же понравилась атмосфера на форуме и качество того, что я мог читать. И сейчас, более чем через три года, я до сих пор являюсь частью этой замечательной команды наряду с с нашим основателем и другими администраторами команды.

Когда я открыл для себя World Community Grid, его актуальность, качество его публикаций, высокий уровень информации для добровольцев, а также результаты, предоставляемык учеными, не было никаких сомнений: я должен был поставить проект на свою машину и внести свой вклад во все это. И я до сих пор кранчу для World Community Grid сегодня.

Все проекты World Community Grid очень интересны, но я предпочитаю медицинские научно-исследовательские проекты. Если бы мне пришлось выбрать только один, был бы Mapping Cancer Markers.

Одно последнее слово: огромное спасибо всей команде за все, что вы делаете. Я желаю вам прекрасного будущего, и в частности, больше добровольцев. Все члены комнады Crunchers Sans Frontières с гордостью приносят вам наш вклад.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
овании
Автор: исследовательская группа FightAIDS@Home
30 сентября 2016

кратко:
Команда FightAIDS@Home работает с технической командой World Community Grid, чтобы создать новый протокол отбора сэмплов, который будет более тесно прогнозировать силу связывания потенциальных лекарственных препаратов по отношению к их белковым мишеням ВИЧ, как определено в реальных экспериментах. Читайте об этой работе, а также других новостях в этом обширном обновлении.

(Слева направо) руководитель программы World Community Grid Juan Hindo с некоторыми из членов группы Рон Леви в университете Темпл: Рон Леви, Билл Флинн, Junchao Ся, Пэн Он, Nanjie Дэн

Создание нового протокола отбора сэмплов

коротко о сути проблемы

Моделирование, работающее в FightAIDS@Home - Фаза 2 использовало два новых метода моделирования (независимые выборки и лямбда-планирование), что мы специально предназначили для уникальной вычислительной среды World Community Grid. В то время как добровольцы кранчили, мы усердно анализировали результаты возвращающиеся к нам, чтобы определить, являются ли эти новые протоколы достаточными для удовлетворения наших научных целей и эффективного обеспечения добровольцев вычислительными задачами. Результаты для первых 106 партий показывают качественное согласие с предыдущими бенчмарками, запущенными на высокопроизводительных вычислительных кластерах, но некоторые результаты показывают, что новые протоколы моделирования не являются удовлетворительными для всех видов анализа.

При поддержке наших сотрудников в HIV Interaction and Viral Evolution Center (HIVE) (Центр взаимодействия ВИЧ и вирусной эволюции ("Улей") ) и команды World Community Grid, мы тесно сотрудничаем с разработчиками программного обеспечения World Community Grid для реализации более строгой схемы моделирования, которая точно имитирует более алгоритмически эффективное моделирование работы на не-сетевых вычислительных ресурсах. Этот новый протокол выборки называется асинхронным обменом точной копией.

Как работает обмен асинхронными репликами

Наш текущий процесс: в настоящее время несколько копий белок-лиганда (структура, состоящая из потенциального лекарственного соединения состыкованная с рецептором белка) направляются ко многим добровольцам и моделируются без взаимодействия друг с другом. Коллективная информация от всех этих имитаций объединяются во время анализа в самом конце.

Новый процесс: асинхронный обмен репликами позволяет использовать информацию из различных копий совместно и обмениваться среди всех копий динамически после коротких периодов моделирования и этот процесс вырабатывает правильную сбалансированную статистическую физику, необходимую для нашего анализа.

Преимущества нового процесса: обмен репликами резко повышает эффективность вычислений. Это означает, что в дополнение к тому, что данные стали более ценным с точки зрения анализа , (а) будущие рабочие блоки будут иметь более короткое время выполнения, что делает 2-й фазу вычислений доступной для большего числа добровольцев; (б) может быть увеличено число батчей, работающих одновременно; и (в) каждый батч будет иметь более короткое общее время моделирования.

Прототип этого нового метода был впервые разработан, а затем протестирован на нашей локальной BOINC-сетке в Университете Темпл. Теперь разработчики программного обеспечения World Community Grid прилагают все усилия, чтобы реализовать ту же технику на платформе World Community Grid. Эти усилия сделают возможными большие моделирования обмена точной копией (на два порядка) из когда-либо выполненных и мы ожидаем, что тестирование начнется в ближайшие несколько недель. В то же время, мы будем продолжать работать и извлекать ценную информацию из моделирования с использованием наших текущих алгоритмов.

Для получения дополнительной информации об этой работе, смотрите эти две статьи:

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23996/abstract

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465515002556

отсеивание результатов FightAIDS@Home - Phase 1

Мы уходим от бенчмаркинга моделирования и мы работаем в тесном контакте с нашими сотрудниками и давними FightAIDS@Home - Phase 1 исследователями учеными научно-исследовательского института Скриппса, чтобы собрать лучшие хиты от многих виртуальных экранов, выполненных за последнее десятилетие. Мы находимся в процессе подготовки файлов входных данных для топ-кандидатов из более чем 35 миллионов соединений отскриненных в фазе 1 из библиотеки ZINC, свободной базе коммерчески доступных соединений для виртуального скрининга. В течение следующего набора партий, волонтеры могут ожидать увидеть исследовательские задачи, направленные к отсеиванию результатов первой фазы.

Новое исследование по вычислительному моделированию ВИЧ

Рисунок: (слева) ALLINI KF116 (зеленый) свывается на стыке двух основных каталитических доменов (CCD) субъединиц ВИЧ-интегразы. (Справа) ALLINI-2 (зеленый) облегчает взаимодействия между димером CCD и С-концевым доменом (CTD) другой молекулы интегразы ВИЧ. Из-за присутствия ALLINI, взаимодействие между СТД одним димером интегразы и интерфейсом ПЗС-CCD другого димера интегразы стабилизируется; цепи этих меж-субъединичных взаимодействий приводят к агрегации.

Захватывающее исследование относительно компьютерного моделирования ВИЧ пришло из сотрудничества с нашей лаборатории и экспериментаторов в центре "Улей".

ВИЧ-интеграза представляет собой вирусный белок, который играет важную роль в репликации вируса ВИЧ. Класс соединений, называемых аллостерическими ингибиторами интегразы, или ALLINIs, обладают уникальным механизмом ингибирования ВИЧ-интегразы. ALLINIs действуют как клей, который заставляет множество молекул интегразы запутываться вместе и сделать трудным для них выполнение своей нормальной работы, которая должна включать ВИЧ вирусной ДНК в собственную ДНК клетки.

Научный сотрудник Nanjie Дэнг, доцент исследования с участием группы Рона Леви в Университете Темпл, продемонстрировал симуляцию с молекулярной динамикой ВИЧ-интегразы димеров, как этот процесс, который называется мультимеризацией, стимулируется с помощью ALLINIs. Прогнозы Дэна по всей видимости, подтвердятся кристаллической структурой с высокой разрешающей способностью, которая будет доступна позже в этом году. Специализированную публикацию его работы можно найти здесь.

Мы ценим поддержку этого проекта полученную от добровольцев World Community Grid по всему земному шару.

новость на англ.

Profile

Volunteer Computing ( добровольные вычисления )

August 2017

S M T W T F S
  1 2345
6789101112
1314151617 1819
202122 23242526
2728293031  

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Page Summary

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 20th, 2017 05:38 am
Powered by Dreamwidth Studios