[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа Mapping Cancer Markers
17 октября 2016

Кратко:
Исследователи Mapping рака Маркеры анализируют результаты исследовательских задач рака легких, работащих на World Community Grid, а также первые наборы данных рака яичников. Эта свежая новость дает детальный взгляд на инструменты и процессы, которые они используют для этого анализа, а также список своих последних публикаций и событий в их лаборатории.

Целью проекта Mapping Cancer Markers является выявление химических маркеров, связанных с различными типами рака. Это поможет исследователям обнаружить рак раньше и разработать более персонализированное лечение рака. Ниже исследовательская группа описывает, как они анализируют данные рака легких из научно-исследовательских задач, которые были выполнены на World Community Grid, а также первые наборы данных рака яичников. Они также обновить нас на событиях в своей лаборатории, а также предоставлять информацию о своих последних публикаций.

Новости лаборатории

Доктор Анн-Кристин Hauschild недавно присоединилась к нашей лаборатории в качестве постдокторского научного сотрудника и будет участвовать в проекте Mapping Cancer Markers путем применения интеллектуального анализа данных и алгоритмов машинного обучения, чтобы расставить приоритеты сигнатур и охарактеризовывания вовлеченных генов.

Наша работа была признана в третий раз подряд Thomson Reuters, который включил нас в список часто цитируемых исследователей из 127 в области компьютерных наук и 3,266 во всем мире в 21 областях науки.

Переход к набору данных яичников

Наша предыдущая новость описывает запланированный переход к набору данных яичников рака от анализа рака легких. Из-за сроков на испытания набора данных яичников и их запуска на World Community Grid, у нас было несколько дополнительных, незапланированных дней анализа рака легких. Мы использовали эти дополнительные дни, чтобы исследовать сигнатуры рака легких (30-100 маркеров). Предыдущие блоки работы исследовали меньше сигнатур (5-25 маркеров). Все результаты от рака легких, которые были собраны, наряду с первыми несколькими результатами рака яичников. Мы усердно работали, анализируя завершенные легкие и предварительные результаты яичников.

Как мы обрабатываем результаты

В рамках этой работы, мы переработали то, как мы обрабатываем и обрабатали результаты, которые мы получаем от World Community Grid. В частности, мы изменили нашу систему Extract-Transform-Load (ETL), который принимает необработанные, упакованные исследовательские задачи, полученные от World Community Grid, и распаковывает, сопоставляет, реорганизует и перекодирует результаты в эффективный и простой в нагрузке формат для последующего анализа. Наша предыдущая система ETL была встроена в наш IBM InfoSphere Streams. Отделение этапа ETL от анализа дало несколько преимуществ проекту. Это позволяет более эффективно хранить данные, это упрощает наш главный конвейер анализа потоков, и самое главное, это позволяет осуществлять прямой анализ результатов MCM с другими инструментами и платформами (например, интеллектуальный анализ данных и анализ данных инструментов, таких как R и scikit-Learn ).

Сведение к минимуму потенциальной систематической ошибки в наборе данных яичников рака

Набор данных рака яичников Mapping Cancer Markers объединяет данные из нескольких независимых исследований рака. Эти исследования не следуют идентичным протоколам отбора пациентов, сбору ткани образцов или подготовки, или записи клинических ковариатов. Объединение данных из нескольких источников одновременно требует тщательной нормализации (процесс реорганизации данных). Поиски успешных сигнатур в таком наборе данных облегчается, если набор данных минимизирует смещение. Мы будем продолжать изучать вопрос о нормализации данных в наборе данных яичников рака и можем обновлять набор данных в будущем, если мы обнаруживаем улучшения, или если анализ результатов показывает отклонения.

порталы интеграции данных

Наша команда разработала два портала интеграции данных, чтобы помочь нам интерпретировать и проверять результаты, которые мы получаем от Mapping Cancer Markers. Функции этих двух порталов, называемые mirDIP и pathDIP, подробно описаны ниже.

Использование mirDIP для интерпретации результатов картирования рака Маркеры

Одним из проектов, над которыми наша группа работает над в течение последних нескольких месяцев является портал интеграции данных микроРНК (mirDIP). Этот веб-ресурс позволяет пользователям запрашивать микроРНК (миРНК) и исследовать их взаимодействия с РНК (мРНК) целями. МикроРНК это короткие и некодирующие молекулы РНК, наблюдаемые у растений, животных и вирусов (1). По большей части, эти короткие молекулы связываются с мРНК, чтобы контролировать количество производимого белка. Например, в том случае, когда кто-то может получить травму и кровотечение, если тело определяет, что существует непосредственная потребность в большем количестве крови, микроРНК могут связываться с их целями и прибавлять производство белка гемоглобина. Эти молекулы играют важную роль в изучении рака, так как, в частности, они контролируют, когда все должно быть включено или выключено. МикроРНК известны цели более одного гена, поэтому понимание их взаимоотношения с генами является важным шагом в понимании того, как гены и белки функционируют.

Один из способов, которые мы планируем использовать mirDIP в тандеме с нашим проектом картирования рака маркеров, является более внимательный взгляд на общие гены, идентифицированныы двумя методами. Ниже мы используем пример того, как это делается. Если мы возьмем одну из многих публикаций, чтобы начать (2), мы можем идентифицировать микроРНК, которые, как известно, связаны с раком яичников. Как видно на рисунке из публикации, мы можем определить некоторыъ из ключевых участвующих игроков. Такие сети, как эта предоставляют ценную информацию, но отнюдь не полностью характеризуют окружающую среду.

Рисунок 1. Онкогенный и супрессоры опухолей микроРНК при раке яичников. На основе их функции, микроРНК может быть использована для диагностики и терапии. Некоторые микроРНК, такие как семейства микроРНК-200, let-7 семьи, MIR-21, MIR-214 и MIR-100 имеют сильный диагностический/прогностический потенциал при раке яичников. Рисунок и надпись из статьи с Заман и др. (2), под лицензией CC BY 2.0.

Мы можем использовать mirDIP для выявления других основных и второстепенных генов, которые могут быть вовлечены в эти процессы. Если создадим последовательность с использованием 8-ми примеров микроРНК и ограничим результаты для тех, что ссылаются, на по крайней мере, 5 баз данных, мы можем быстро сузить список интересующих генов. Здесь мы покажем, анализ с помощью разработанного нами программного пакета для визуализации и анализа сетей белок-белковых взаимодействий (NAViGaTOR 3.0) из 8-ми микроРНК и связанных с ними генов, где по крайней мере 2 микроРНК являются генами-мишенями.

Рисунок 2. Сеть НАВИГАТОР 3.0 рака яичников ассоциированных с микроРНК и генами. Бирюзовые узлы указывают микроРНК и серые ячейки указывают на связанные гены, предсказанные нашим порталом mirDIP. Два из микроРНК HSA-MIR-34A-5p и-Mir-34c-5P связаны друг с другом и, таким образом, имеют высокий процент перекрытия генов, которые они регулируют. HSA-Mir-100-5p не имеет взаимодействующих генов; Тем не менее, эта сеть показывает только взаимодействие, подтвержденное более чем 5-ю независимыми базами данных. HSA-MIR-100-5p взаимодействия могут быть идентифицированы с использованием значительно меньшего количества источников.

В свою очередь, эти гены могут указывать на критические пути (некоторые из которых, определенные на рис.1), или новые пути, которые могут быть скомпрометированы. Если мы сравним результаты нашего анализа mirDIP с нашим набравшим наибольшее количество баллов сигнатур Mapping Cancer Markers, мы можем дополнительно идентифицировать конкретные гены, представляющие интерес. Понимание того, какие игроки (пути, гены, белки, микроРНК и т.д.) участвуют и прогнозирование возможного механизма приведет к сосредоточению дальнейших исследований, и может привести к выявлению целенаправленного лечения для конкретных подгрупп пациентов - цели точной медицины.

Систематический и всесторонний анализ пути с использованием pathDIP

Это подводит нас к другому ресурсу, который мы создали для комплексной характеристики профилей рака: pathDIP. Важно отметить, что этот общественный ресурс объединяет 20 баз данных и позволяет вычислительно прогнозировать затрагивающие пути объединения, необходимый шаг, чтобы полностью понять сигнальные каскады здоровых и болезненных условий. Перекрестная проверка наших прогнозов обеспечивает 71% точность, а также прогнозы обеспечивают новые аннотации для 5732 белков ранее не имеющих, пути характеристики.

Принимая результаты из рисунка 2 (36 генов, идентифицированных с помощью mirDIP), портал pathDIP идентифицирует два существенно обогащенных пути (р <0,05): 1) микроРНК при раке, и 2) Центральный метаболизм углерода в раке (база KEGG). Первый путь напрямую подтверждает наши шаги до этого момента, пока последний путь указывает еще один путь для исследования. Действительно, путь центрального метаболизма включает в себя превращение глюкозы в молочную кислоту, процесс, известный как эффект Варбурга, который является общим в яичниках и других видах рака. Этот процесс, как было показано, контролируется оксидом азота (3), а также другими микроРНК (4).

Изучение противораковых свойств брокколи

Тем не менее, возвращаясь к регуляции генов микроРНК - портал mirDIP теперь позволяет нам изучить вопрос о том может ли микроРНК из животных, растений и вирусов регулировать человеческие гены. Этот механизм межвидового регулирования открывает огромный потенциал для понимания увеличения риска и профилактики заболеваний. В качестве первого исследования в этом направлении, мы недавно завершили и опубликовали документ, показывающий, что микроРНК брокколи действительно регулируют человеческие гены, активируемых при раке легкого, обеспечивая тем самым потенциальное объяснение того, почему потребление брокколи было связано с противораковыми свойствами многих эпидемиологических исследований.
...

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Хуан Индо, руководитель программы World Community Grid
15 октября 2016

Кратко:
Более 20000 человек были выдвинуты для участия на South by South Lawn, событие Белого дома, разработанное, чтобы объединить творческие предпринимательские группы, для обсуждения некоторые из самых больших проблем в мире. Менеджер World Community Grid, Хуан Индо, была одной из немногих выбранных для участия в мероприятии. В этой статье она обсуждает, как South by South Lawn вдохновила World Community Grid, чтобы повторно выпустить наш публичный призыв к научно-исследовательским проектам по изменению климата.


3 октября, мне выпала честь присутствовать на South by South Lawn 2016 в Белом доме. Это событие собрало лидеров в данной области техники, технологии, инноваций и социальных изменений, которые помогают двигать страну вперед. Моя номинация на мероприятия сосредоточена на научно-техническом прогрессе, ставшим возможным путем привлечения исследователей и волонтеров World Community Grid вместе, через нашу технологическую платформу. Я считаю, что в приглашении меня представлять всех нас, организаторы признали World Community Grid в качестве важного примера участия общественности в решении наших самых сложных задач.

Тема мероприятия "... фестиваль искусства, идей и действий ..." была очень широкой, так что я не знала точно, чего ожидать. После того, как я прибыла на Южную лужайку, я была взволнована, встретив широкий спектр людей-предпринимателей, активистов, мысле-лидеров и других, которые собрались вместе, чтобы узнать больше об инновационных проектах в социальной справедливости и интеграции, здоровье и экологической устойчивости продуктов питания, наряду с другими областями.

Самая мощной сессия дня была дискуссия по вопросам изменения климата между президентом Обамой, актером/активистом Леонардо Ди Каприо и климатологом доктором Катариной Hayhoe. Их разговор не только сформулировал беспрецедентную актуальность проблемы, но сосредоточен на положительном влиянии изменений политики по таким вопросам, как озоновый слой и исчезающие виды. Вы можете увидеть видео этой сессии ниже.


World Community Grid может быть одной из основных причин проведения дальнейших исследований по проблеме изменения климата. Мы выпустили публичный призыв к исследователям в 2014-м году, предложив им обратиться с любыми проектами по моделированию климата, исследованию воды, жизнестойкостью пищевых продуктов и другим вопросам, связанных с климатом, которые могут извлечь выгоду из массивной вычислительной мощности. Мы повторяем призыв и вновь ищем возможности сделать климатологов, которых мы знаем (а также некоторых, которых не знаем) осведомленными о ресурсах, которые World Community Grid может предложить. Добровольцы, если у вас есть какие-либо личные связи с любыми связанными с климатом организациями или отдельными лицами, пожалуйста, помогите нам, рапространяя нашу статью.

Спасибо добровольцам и исследователям, которые вносят вклад в работу World Community Grid. Вы причина того, что программа признается наградами и приглашениями на мероприятия, такие как South by South Lawn. С вашей помощью мы надеемся найти усилия к исследованиям по изменению климата, которые могут помочь ускорить науку в этом важном вопросе.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: команда Clean Energy Project
Гарвардский университет
12 октября 2016

Кратко:
В этой новости исследовательская группа Гарварда описывает новые исследовательские задачи, новые совместные работы, которые будут основываться на поиске более эффективных солнечных батарей, а также недавнюю награду.

Д-р Стивен Лопес (слева вверху) с несколькими студентами, которые являются членами группы Aspuru-Guzik

Гарвардский проект чистой энергии продолжает работать в направлении поиска новых классов материалов для чистых возобновляемых источников солнечной энергии. Мы сейчас анализируем результаты виртуального скрининга с высокой пропускной способностью фуллерена альтернативных материалов. Эти материалы помогут расширить инструментарий для наших сотрудников, которые изготавливают эти устройства. Мы работаем с несколькими группами в Мексике и Канаде, чтобы начать синтез этих соединений.

Кранчинг данных на World Community Grid в настоящее время приостановлен, в то время как новый тип исследования задачи проверяется перед выпуском для более широкого сообщества добровольцев.

Мы также начали сотрудничать с группой Лу (Princeton University) для другого скрининга проекта с участием дискотических hexabenzocoronene материалов. Эти материалы отличаются высокой степенью прозрачности и наши сотрудники измерили внушительные напряжения разомкнутой цепи в фотогальванических устройствaх. Высокое напряжение этих материалов может быть использовано для нового увлекательного применения, расщепления воды! Высокие напряжения могут быть использованы, чтобы разбить воду на составные элементы, кислород и водород. H2 имеет потенциал для использования в качестве локомотивного топлива, а также имеет дополнительный бонус в виде производства только зеленых побочных продуктов, кислорода и воды.

Д-р Стивен Лопес работает с аспирантом Ханна Шин и посещающим студентом Хулио де Гоэс Соарес, чтобы разработать пользовательскую библиотеку для наших друзей в Принстоне.

Стивен отправился в Лос-Анджелес, чтобы принять премию Нормы Стоддарта за академическое мастерство и выдающееся гражданство, который открыт для всех и недавно закончил обучение студентов и стипендиатов в UCLA кафедры химии и биохимии. Он встретил сэра Фрейзера Стоддарта (Северо-западный университет), известного химика и недавнего лауреата Нобелевской премии, чьи исследования направлены на молекулярное распознавание с помощью супрамолекулярной химии.

Стивен и Alán отправились в Ванкувер, Британская Колумбия, чтобы представить свои исследования в канадском Институте перспективных исследований (CIFAR) во время встречи с другим постдоком Aspuru-Гузика, д-ром Доран Беннеттом.

Мы высоко ценим World Community Grid добровольцев помогающих нам, жертвуя вычислительные мощности!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
6 октября 2016

Кратко
Выдающаяся работа исследователей и щедрость добровольцев World Community Grid были признаны еще раз! Мы рады сообщить, что мы недавно получили D&AD Impact Award, которая выдается компаниям, использующим силу творчества, чтобы стимулировать позитивные изменения.

Признание World Community Grid приходит из самых разных мест! В дополнение к недавней рекламе из новостных источников, таких как Forbes, Mashable, и The Atlantic о проекте OpenZika, мы очень рады получить награду от D&AD Impact.

D&AD Impact Awards были созданы D&AD (глобальная рекламная ассоциация) и "Неделей Рекламы" (глобальная серия профессиональных маркетинговых и рекламных конференций). Награды вышли за пределы рекламного сообщества, чтобы отпраздновать силу творчества, для стимулирования позитивных изменений. Приводя эту награду World Community Grid в категории "Промышленная эволюция", D&AD Impact признали нас за то, что влияние на общество помогает изменить статус-кво.

World Community Grid существует за счёт большого числа добровольцев со всего мира, которые жертвуют свои неиспользованные вычислительные мощности, день за днем, на гуманистические исследования. Спасибо всем, кто вносит свой вклад в эту работу.

на англ
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Оливье Пьер, Crunchers Sans Frontieres
3 октября 2016

Кратко:
Оливье является давним волонтером из Франции, который помогает работать очень успешной команде Crunchers Sans Frontières. В его собственных словах, он объясняет, что привлекло его к World Community Grid.

Оливье Пьер (на фото выше) является давним добровольцем, который помогает управлять Crunchers Sans Frontiers, успешной команде распределенных вычислений с участниками из многих стран мира.

Меня зовут Оливье Пьер и мне 42 года. Я женат и гордый отец троих детей. Я живу на северо-востоке Франции и работаю в электронной безопасности и поручительстве, особенно CCTV. Как хороший маленький гик, я провожу много времени на моем компьютере. Я люблю быть с моей семьей и наслаждаться хорошим виски. :)

Когда я открыл для себя World Community Grid, я был администратором для другой команды на другом онлайн-проекте. Я знал о команде Crunchers Sans Frontieres, прежде чем я открыл для себя World Community Grid. Доступ к команде Crunchers Sans Frontières команды на World Community Grid был зарезервирован только для наиболее активных и лояльных членов и администраторов. Когда я был принят на работу, мне сразу же понравилась атмосфера на форуме и качество того, что я мог читать. И сейчас, более чем через три года, я до сих пор являюсь частью этой замечательной команды наряду с с нашим основателем и другими администраторами команды.

Когда я открыл для себя World Community Grid, его актуальность, качество его публикаций, высокий уровень информации для добровольцев, а также результаты, предоставляемык учеными, не было никаких сомнений: я должен был поставить проект на свою машину и внести свой вклад во все это. И я до сих пор кранчу для World Community Grid сегодня.

Все проекты World Community Grid очень интересны, но я предпочитаю медицинские научно-исследовательские проекты. Если бы мне пришлось выбрать только один, был бы Mapping Cancer Markers.

Одно последнее слово: огромное спасибо всей команде за все, что вы делаете. Я желаю вам прекрасного будущего, и в частности, больше добровольцев. Все члены комнады Crunchers Sans Frontières с гордостью приносят вам наш вклад.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
овании
Автор: исследовательская группа FightAIDS@Home
30 сентября 2016

кратко:
Команда FightAIDS@Home работает с технической командой World Community Grid, чтобы создать новый протокол отбора сэмплов, который будет более тесно прогнозировать силу связывания потенциальных лекарственных препаратов по отношению к их белковым мишеням ВИЧ, как определено в реальных экспериментах. Читайте об этой работе, а также других новостях в этом обширном обновлении.

(Слева направо) руководитель программы World Community Grid Juan Hindo с некоторыми из членов группы Рон Леви в университете Темпл: Рон Леви, Билл Флинн, Junchao Ся, Пэн Он, Nanjie Дэн

Создание нового протокола отбора сэмплов

коротко о сути проблемы

Моделирование, работающее в FightAIDS@Home - Фаза 2 использовало два новых метода моделирования (независимые выборки и лямбда-планирование), что мы специально предназначили для уникальной вычислительной среды World Community Grid. В то время как добровольцы кранчили, мы усердно анализировали результаты возвращающиеся к нам, чтобы определить, являются ли эти новые протоколы достаточными для удовлетворения наших научных целей и эффективного обеспечения добровольцев вычислительными задачами. Результаты для первых 106 партий показывают качественное согласие с предыдущими бенчмарками, запущенными на высокопроизводительных вычислительных кластерах, но некоторые результаты показывают, что новые протоколы моделирования не являются удовлетворительными для всех видов анализа.

При поддержке наших сотрудников в HIV Interaction and Viral Evolution Center (HIVE) (Центр взаимодействия ВИЧ и вирусной эволюции ("Улей") ) и команды World Community Grid, мы тесно сотрудничаем с разработчиками программного обеспечения World Community Grid для реализации более строгой схемы моделирования, которая точно имитирует более алгоритмически эффективное моделирование работы на не-сетевых вычислительных ресурсах. Этот новый протокол выборки называется асинхронным обменом точной копией.

Как работает обмен асинхронными репликами

Наш текущий процесс: в настоящее время несколько копий белок-лиганда (структура, состоящая из потенциального лекарственного соединения состыкованная с рецептором белка) направляются ко многим добровольцам и моделируются без взаимодействия друг с другом. Коллективная информация от всех этих имитаций объединяются во время анализа в самом конце.

Новый процесс: асинхронный обмен репликами позволяет использовать информацию из различных копий совместно и обмениваться среди всех копий динамически после коротких периодов моделирования и этот процесс вырабатывает правильную сбалансированную статистическую физику, необходимую для нашего анализа.

Преимущества нового процесса: обмен репликами резко повышает эффективность вычислений. Это означает, что в дополнение к тому, что данные стали более ценным с точки зрения анализа , (а) будущие рабочие блоки будут иметь более короткое время выполнения, что делает 2-й фазу вычислений доступной для большего числа добровольцев; (б) может быть увеличено число батчей, работающих одновременно; и (в) каждый батч будет иметь более короткое общее время моделирования.

Прототип этого нового метода был впервые разработан, а затем протестирован на нашей локальной BOINC-сетке в Университете Темпл. Теперь разработчики программного обеспечения World Community Grid прилагают все усилия, чтобы реализовать ту же технику на платформе World Community Grid. Эти усилия сделают возможными большие моделирования обмена точной копией (на два порядка) из когда-либо выполненных и мы ожидаем, что тестирование начнется в ближайшие несколько недель. В то же время, мы будем продолжать работать и извлекать ценную информацию из моделирования с использованием наших текущих алгоритмов.

Для получения дополнительной информации об этой работе, смотрите эти две статьи:

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23996/abstract

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465515002556

отсеивание результатов FightAIDS@Home - Phase 1

Мы уходим от бенчмаркинга моделирования и мы работаем в тесном контакте с нашими сотрудниками и давними FightAIDS@Home - Phase 1 исследователями учеными научно-исследовательского института Скриппса, чтобы собрать лучшие хиты от многих виртуальных экранов, выполненных за последнее десятилетие. Мы находимся в процессе подготовки файлов входных данных для топ-кандидатов из более чем 35 миллионов соединений отскриненных в фазе 1 из библиотеки ZINC, свободной базе коммерчески доступных соединений для виртуального скрининга. В течение следующего набора партий, волонтеры могут ожидать увидеть исследовательские задачи, направленные к отсеиванию результатов первой фазы.

Новое исследование по вычислительному моделированию ВИЧ

Рисунок: (слева) ALLINI KF116 (зеленый) свывается на стыке двух основных каталитических доменов (CCD) субъединиц ВИЧ-интегразы. (Справа) ALLINI-2 (зеленый) облегчает взаимодействия между димером CCD и С-концевым доменом (CTD) другой молекулы интегразы ВИЧ. Из-за присутствия ALLINI, взаимодействие между СТД одним димером интегразы и интерфейсом ПЗС-CCD другого димера интегразы стабилизируется; цепи этих меж-субъединичных взаимодействий приводят к агрегации.

Захватывающее исследование относительно компьютерного моделирования ВИЧ пришло из сотрудничества с нашей лаборатории и экспериментаторов в центре "Улей".

ВИЧ-интеграза представляет собой вирусный белок, который играет важную роль в репликации вируса ВИЧ. Класс соединений, называемых аллостерическими ингибиторами интегразы, или ALLINIs, обладают уникальным механизмом ингибирования ВИЧ-интегразы. ALLINIs действуют как клей, который заставляет множество молекул интегразы запутываться вместе и сделать трудным для них выполнение своей нормальной работы, которая должна включать ВИЧ вирусной ДНК в собственную ДНК клетки.

Научный сотрудник Nanjie Дэнг, доцент исследования с участием группы Рона Леви в Университете Темпл, продемонстрировал симуляцию с молекулярной динамикой ВИЧ-интегразы димеров, как этот процесс, который называется мультимеризацией, стимулируется с помощью ALLINIs. Прогнозы Дэна по всей видимости, подтвердятся кристаллической структурой с высокой разрешающей способностью, которая будет доступна позже в этом году. Специализированную публикацию его работы можно найти здесь.

Мы ценим поддержку этого проекта полученную от добровольцев World Community Grid по всему земному шару.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
27 сентября 2016

Кратко
Человек с глубокими знаниями в различных областях является изобретателем, пианистом и нашим ресурсом для практического воплощения всего, что касается науки. И это лишь некоторые из его сильных сторон. Познакомьтесь с этим опытным инженером в последнем выпуске новостей, представляющих нашу команду.

Viktors недавно принял награду Webby World Community Grid, чтобы посетить обсерваторию LIGO Hanford. Webby посещает каждый член команды, прежде чем он вернется навсегда в Нью-Йорк.

У вас есть вопрос о последних исследованиях в космологии? Хотите обсудить историю компьютерной техники с кем-то, кто был в этой области с 1965 года? Или вы хотели бы отдохнуть в исполнении "Героического" полонеза Шопена? Viktors Berstis, дольше всего находящийся в команде участник World Community Grid, является человеком, которого вы хотите узнать.

Вы можете видеть, как Viktors играет некоторые из его любимых фортепианных пьес на своем канале YouTube.

Viktors пришел в IBM в 1977 году после получения ученой степени по математике, физике и инженерным наукам в Университете штата Мичиган. Он уже был опытным инженером. "У IBM были некоторые проекты компьютерной архитектуры, весьма продвинутые для своего времени и это было одной из моих сфер интереса," объясняет он. На протяжении многих лет в его опыт работы в IBM входит архитектура System/38 - AS/400, проектирование и разработка различных программных и кремниевых компиляторов, исследования на высокоуровневой автоматизированной интегральной схеме, спроектированной в то время в исследовательском центре Thomas J. Watson и работа над OS/2.

К 2001 году он также работал над распределенными вычислениями, которые были довольно новой технологией в то время. В дополнение к своей обширной технической базе, Viktors имеет большой интерес и большой опыт в области науки. "Я всегда читаю все научные публикации, что я могу получить в руки," говорит он. "Я заинтересован в ряде различных научных областей." Такое сочетание научных знаний и технических знаний естественно привело его в World Community Grid, в который он вступил в качестве основателя команды по запуску первого проекта в 2004 году.

С тех пор он остался в команде в ряде ролей, интересуясь каждым аспектом операций World Community Grid на протяжении многих лет. В настоящее время он главное звено программ для научных работников проектов, делает все от предварительного анализа предложений по перспективным проектам до оказания помощи обработки сложных научных и технических вопросов, которые могут возникнуть в течение жизни любого проекта. Он также играет важную роль во всех научных сообщениях и обновлениях для World Community Grid. "Это необычно хорошо подошло. Особенно мне нравится научный аспект моей работы, всегда что-то новое и интересное происходит."

Viktors был давним жителем Остина, штат Техас, где IBM имеет офис. Но после встречи с его теперешней женой Сильвией в 2007 году на конкурсе пианистов, он переехал в свой родной город Портленд, штат Орегон. Они наслаждаются пышным зеленым пейзажем Портленда и аккомпонирующим дождем. Как опытные музыканты, они собирают частые квартирник с друзьями-единомышленниками. Наслаждаясь несколькими хобби, связанными с техникой, Viktors также возглавляет специальную астрономическую группу Роуз Сити по интересам к космологии и астрофизике и продолжает его давнишний интерес к созданию и доработке новых изобретений (в настоящее время он имеет 181 патент).

"Исследователи постепенно начинают понимать, что мощь суперкомпьютеров действительно может помочь ускорить работу," говорит Viktors. "World Community Grid является одним из немногих способов, которым ученые могут продвигать свои исследования с почти неограниченной и бесперебойной вычислительной мощностью, вместо того, чтобы ограничиваться локальным суперкомпьютером с его частыми простоями и который, как правило, используют многие другие. Во многом это связано с помощью добровольцев. Так что спасибо всем вам, и, пожалуйста, помогите нам распространить слово как новым волонтерам, так и ученым".

текст на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
20 сентября 2016

Кратко
Сентябрь - месяц профилактики детского рака. Этот месяц является особенным для нас из-за нашего успешного проекта Help Fight Childhood Cancer (помогите бороться с детским раком), который помог исследователям найти несколько перспективных методов лечения нейробластомы, смертельного рака у детей. В этой статье, доброволец описывает опыт ее семьи после того, как ее молодой дочери был поставлен диагноз нейробластомы.

В течение сентября мир отмечает месяц профилактики детского рака. Более 200000 волонтеров World Community Grid поддержали проект Help Fight Childhood Cancer, который помог исследователям сделать прорывное открытие в лечении нейробластомы, одной из самых смертоносных видов детского рака. Ниже, один из этих добровольцев, Михаэла Чобану, делится историей диагноза нейробластомы ее дочери и лечения.

Это началось два года назад, когда моей дочери Илинке (на фото выше) был один год и 10 месяцев. Она вырвалась несколько раз в течение июня месяца, что не было нормально для нее. Мы знали, что медицинское вмешательство будет необходимо.

21 июля 2014 года мы взяли Илинку на УЗИ, и после этого начался ад. Врач сообщил нам, что у Илинки была опухоль на ее правом надпочечнике (железы, которая помогает регулировать обмен веществ и иммунную систему). Илинка затем была КТ, но мы до сих пор не имели письменного диагноза ее состояния, хотя врачи, которые обследовали ее сказали нам в устной форме, что они считали, что это рак, и что ей понадобится хирургическое вмешательство как можно быстрее. Мы взяли ее к специалисту в Бухаресте, который сказал нам, из-за расположения ее опухоли (вблизи полой вены, большой вены, которая несет кровь к сердцу), он был бы только в состоянии удалить приблизительно 80 процентов роста.

Сразу же мы начали искать специализированные клиники в Европе, которые были бы в состоянии удалить всю опухоль. Наши друзья и коллеги поддерживали нас на протяжении нашего поиска и помогли нам в финансовом отношении с затратами на лечение - миллион благодарностей им! После трех недель поисков нам удалось получить направление к врачу на прием Илинки в институте Гюстава Русси в Париже. Мы прибыли туда 11 августа и врачи быстро дали нам диагноз: нейробластома, рак, который образуется на нервной ткани и часто начинается в раннем детстве.

Операция была назначена на 25 августа. На сегодняшний день Илинке месяц от ее второго дня рождения. После четырехчасовой операции хирург, который был из близлежащей больницы Ле-Кремлен-Бисетр вышел, чтобы сказать нам, что ему удалось удалить всю опухоль. Теперь нам нужно дождаться результатов нескольких тестов. Если результаты испытаний были положительными, Илинке должны были бы начать химиотерапию немедленно. Если бы они были отрицательными, мы могли бы взять ее домой, и ей понадобится только периодические ультразвуки и анализ мочи.

11 сентября мы получили результаты испытаний: они были отрицательными, и мы могли бы взять нашу дочь домой! Это была лучшая новость, которую мы когда-либо получали в нашей жизни!

Вслед за этим, мы начали ходить периодически для проверок во Франции, во-первых каждые три месяца, и теперь, после двух лет, каждые шесть месяцев. По словам врача в институте Гюстава Русси Илинке придется периодически ходить на осмотры в течение пяти лет после операции.

То что начиналось как аварийный визит к врачу из-за сильного расстройство желудка превратилось в одни из самых трудных дней нашей жизни. Когда вы чувствуете, что ваши планы и надежды рушатся и осознаете насколько жестоки жизненные препятствия, все что остается - бороться. Жизнь никогда не спрашивает готовы ли вы столкнуться с неприятностями. Вы не выбираете свои сражения и они не дают вам никакого уведомления, прежде чем они удивят вас. Не просите, если это слишком рано или слишком поздно ... если вы получаете шанс жить, вы завершили часть своей мечты! Жизнь только дает вам тест на выживание, а затем оставляет вас разбираться с ним.

Илинке очень, очень хорошо сейчас и в этом месяце, 25 сентября, ей будет четыре года.

Илинка только начала школу. Здесь она находится ее первые два дня!



Примечание редактора: исследователи The Help Fight Childhood Cancer начинают лабораторные испытания для потенциальных лекарств, обнаруженных с помощью World Community Grid. Они также планируют второй этап проекта, который расширит их поиск, чтобы включить в себя другие виды раковых заболеваний у детей.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: д-р Карлос Мускус Лопес
Координатор отдела молекулярной биологии и вычислительного блока, университета PECET, Антиокия
8 сентября 2016

Кратко:
Команда Drug Search for Leishmaniasis (поиск лекарства для лейшманиоза) недавно опубликовала свои выводы в журнале Computer-Aided Molecular Design. Используя вычислительную мощность World Community Grid, они выявили несколько лекарственных соединений, которые могут привести к улучшению методов лечения этой запущенной, а иногда и смертельной болезни.

Один из лучших лигандов, связанных с dihydrorootate дегидрогеназой (DHODH) из Leishmania major. (а) Предсказанное связывание внутри кристаллической структуры (б) Совмещение структур лиганда, теоретически связывающихся с каждым из структуры белков DHODH, извлеченных при моделировании методом молекулярной динамики.

Исходные данные

Лейшманиоз, одна из самых игнорируемых тропических болезней в мире, заражает каждый год более двух миллионов человек. Заболевание вызывается паразитами (род Leishmania), который передается от человека к человеку и животным женскими москитами. Число случаев продолжает расти в тропических странах, таких как Бангладеш, Индия, Судан, Эфиопия, Бразилия, Колумбия, Перу и других.

Существующие способы лечения лейшманиоза могут вызвать серьезные побочные эффекты. Кроме того, устойчивые к лекарствам паразиты вызывают серьезные проблемы во многих странах. По этим причинам, существует острая необходимость в новых, безопасных и недорогих лекарственных соединениях против лейшманиоза.

Общее представление

В нашей работе мы описываем подробные шаги, которые мы сделали, чтобы определить цели белкового лекарственного средства, которые включали скрининг 600000 молекул, чтобы определить, что может привести к разработке новых методов лечения заболевания. В частности, мы искали лекарства, нацеленные на белки, необходимые для выживания паразита, вызывающего лейшманиоз. Обнаружив молекулы, связывающиеся с белками, их потенциально можно отключить, тем самым остановить инфекцию и вылечить заболевание.

В статье описывается, как некоторые из белковых мишеней могут изгибаться и изменять форму, что представляет некоторые трудности в поиске хороших молекул-кандидатов. Мы обсуждаем наш подход к решению этих проблем.

Используя результаты, вычисленные на World Community Grid, мы выбрали десять лучших лекарств-кандидатов для проведения экспериментов в пробирке, которые дали очень обнадеживающие результаты. В частности, одно из соединений, по-видимому, способно убить паразита лейшманиоза, не влияя на клетки человека в лабораторных условиях. Три дополнительных соединения также показали обнадеживающие результаты.

Сейчас мы планируем работать, чтобы изменить три найденных перспективных лекарственных соединения для улучшения их потенциальных возможностей, растворимости и сведения к минимуму токсичности. Мы также будем оценивать и другие топ-кандидаты в зависимости от средств, которые мы сможем раздобыть. Кроме того, мы разрабатываем открытую платформу данных с результатами World Community Grid так, чтобы другие исследователи могли просматривать наши данные для обнаружения дополнительных хитов лекарств или ориентиров.

Вы можете прочитать краткое изложение статьи здесь. Мы признательны всем добровольцам World Community Grid, которые сделали это исследование возможным, жертвуя их вычислительную мощность для этого проекта.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Томас Дюпон
Основатель Crunchers Sans Frontières
2 сентября 2016

Кратко:
Когда Томас Дюпон обнаружил World Community Grid, он решил не только внести свою собственную вычислительную мощность, но и создать команду добровольцев, которая приветствует участников со всех уголков земного шара. Вот его история в его собственных словах.
Слева направо: я, Джессика (моя жена) и Маркус Вальзер (доброволец World Community Grid и лингвистический координатор моей команды)

(Нажмите здесь, чтобы прочитать эту статью на французском языке.)

Меня зовут Thomas Hélye Vincent Dupont и мне 38 лет. Я француз нормандского происхождения. Сейчас я живу в Перпиньяне, городке на юге Франции, с моей женой Джессикой и ее маленьким сыном Джулианом. Как филантроп, веган, эколог и атеист я провожу свое свободное время на культурных мероприятиях (литература, история, наука, музыка и кино) и я особенно заинтересован в распределенных вычислениях. У меня есть пристрастие к хорошему вину и сигарами. Добавьте немного баскетбола и Call of Duty и теперь вы знаете все о моей жизни!

Впервые я узнал о World Community Grid через элпочту, отправленную в августе 2013-го года, д-ром Дэвидом Андерсоном в списки рассылки BOINC. Давид направил опрос, который вел World Community Grid, чтобы узнать больше о потребностях и опыте своих волонтеров. Исследование было всеобъемлющим и более 15000 членов ответили! На мой взгляд, эта инициатива наглядно демонстрирует внимание, которое World Community Grid пытается дать своим волонтерам по всему земному шару. Я часто хотел бы повторить изречение: «Без добровольцев нет проекта."

После прочтения этого обзора, я тщательно изучил сайт World Community Grid. По моему скромному мнению, все, что доброволец мог бы пожелать найти о проекте распределенных вычислительний, присутствует в World Community Grid - научные проекты, связанные с фундаментальными вопросами (медицинским, гуманистическим и экологическим), раздел новостей с обновлениями проектов, ссылки на статьи в крупных научных публикациях, особенно активный форум, заметное присутствие в основных социальных сетях, команда преданных своему делу, отзывчивое руководство (я имею в виду тех, на линии фронта, как Erika Tuttle, Keith Uplinger, Kevin Reed, Jonathan Armstrong and Juan Hindo), подробные статистические данные для оценки ежедневного вклада, возможность создавать или вступать в команду, спаривание с BOINC и BOINCstats, система вознаграждения через значки, а также удобный интерфейс, который постоянно совершенствуется. Вот причины, которые толкнули меня не только присоединиться к World Community Grid, но и остаться надолго!

Несколько членов Crunchers Sans Frontières (слева направо): Дэвид Колер (доброволец), Джил Rivet (координатор модератор), Оливье Пьером (генеральный координатор), Томас Дюпон (основатель)

После регистрации в качестве волонтера и завершения своих первых рабочих единиц, моего личного вклада не было достаточно для меня - я хотел сделать больше. Поэтому я решил создать международную команду, единственной целью которой была бы поддержка передовых научных исследований через распределенные вычисления и CRUNCHERS SANS FRONTIERES team родилась. Мы команда активно вовлеченных кранчеров, которые также уделяют внимание сообществам, в то время, когда большая часть Интернета во многом зависит от анонимности. Именно поэтому сайтом нашей команды является страница, на которой каждый доброволец раскрывает свою истинную личность, возраст, город проживания, а менее застенчивые ставят и фотографии. Мы считаем себя «профессиональными кранчерами» и «гиками-филантропами». На сегодняшний день команда Crunchers SANS FRONTIERES насчитывает около двадцати четырех членов шести разных национальностей и внесла свой вклад в 300 лет рабочего времени в World Community Grid всего за три года существования! Мы также внесли свой вклад в два другие научные проекта: GPUGRID.net (почти как университетский проект World Community Grid) и PrimeGrid (специализированный математический проект в поиске простых чисел).

Все проекты, предлагаемые добровольцами World Community Grid заслуживают внимания всего мира! Они очень интересны и важны для будущего человечества. Наша команда решает внести свой вклад в проект после того, как внимательно изучит его. В настоящее время мы активно поддерживаем пять проектов: Mapping Cancer Markers, Outsmart Ebola Together, Help Stop TB, OpenZika and FightAIDS@Home (Phase 2). Мы также поддержали Фазу 1 FightAIDS@Home, которая в настоящее время завершена.

на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
26 августа 2016

Кратко:
Тестирование web-сайтов, финансовое сопровождение, юридическая координация, управление форумом... Эрика Таттл принимает участие практически во всех аспектах операций World Community Grid. Подробнее об этом втором поколении АйБиЭмеров в нашей последней статье о сотрудниках.

Эрику Таттл можно считать главным детективом World Community Grid, так как в ее должностные обязанности входит поиск всего, начиная от веб-сайта до ошибок в старых счет-фактурах.

Эрика Таттл начала работать в команде World Community Grid в 2009 году, но она была уже хорошо знакома со многими другими программами проекта IBM. Оба ее родителя (ныне в отставке) были давними сотрудниками IBM, которые начали работать в компании в 1960-е годы. "IBM являлся темой для разговора за обеденным столом моих родителей", говорит Эрика. "Иногда мне хотелось пойти в офис с моей матерью и я думала, что это крутое место. Я любила слышать о том, что она делала на работе."

После окончания университета штата Джорджия со степенью в области журналистики Эрика начала карьеру в телевизионной индустрии, в конце концов, став старшим продюсером. Но она по-прежнему заинтересована в IBM. Ее мать, координатор долгосрочных программ Теди Hahn, работала с World Community Grid на протяжении многих лет. Как только Теди перешла из штатных сотрудников на неполный рабочий день, она начала обучать Эрику, чтобы справиться с позицией координатора программы.

Теди вышла в отставку в 2015 году и Эрика стала координатором программы на полный рабочий день. Каждый день, она погружается в такие области как тестирование веб-сайта, финансовое урегулирование разногласий, помогая координировать свои действия с юридической командой IBM, управление форумом World Community Grid, а также другие важные оперативные задачи.

С занятой карьерой и семьей свободное время ограничено. Но она и ее семья наслаждаются прогулками на лодках на озере Ланье и поддержкой в качестве болельщиковGeorgia Bulldogs вместе.

Эрика ценит работу с добровольцами World Community Grid и сотрудниками IBM со всего мира. "Мне очень нравится международный аспект этой работы," говорит она. "Это прекрасная возможность работать с людьми по всему миру."

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
19 августа 2016

Кратко:
Доктор Алессандра Карбоне, ведущий исследователь проекта Help Stop Muscular Dystrophy (помогите остановить мышечную дистрофию), не так давно создала в соавторстве документ, который использует данные World Community Grid, чтобы пролить свет на то как белки функционируют и взаимодействуют друг с другом.

Доктор Алессандра Карбоне, возглавлявшая Help Stop Muscular Dystrophy, недавно опубликовала статью, которая использовала данные проекта для изучения принципа действия белка и белок-белкового взаимодействия.

Белками являются крайне важные молекулы, участвующие в биологических процессах и механизмах в клетках. Их взаимодействие друг с другом и другими молекулами контроль и выполнение своих функций. Таким образом, важно понять взаимодействуют ли они и, в частности, как они взаимодействуют. Сложные поверхности белков представляют паттерны притяжения и отталкивания электрических зарядов, которые соответствуют в той или иной степени противоположной картине зарядов на других поверхностях молекул. Понимание того, какие из возможно многих участков поверхности белка являются наиболее ответственными за реакции с другими молекулами и белками является ключевым для понимания их функций.

Эта статья в открытом доступе описывает усилия исследователей и полезные методы в идентификации и классификации участков поверхностного взаимодействия белков с использованием результатов, рассчитанных в рамках первого этапа проекта Help Cure Muscular Dystrophy, который работал на World Community Grid с декабря 2006 года по июнь 2007 года.

Информация

Название доклада: Продолжительные взаимодействия: Как связывание некорректных партнеров может научить нас о распознавании и функции белка.

Авторы: Лиди Vamparys, Benoist Laurent, Алессандра Карбоне, Софи Sacquin-Mora

"Так же как мы не можем ожидать от каждого члена группы одинакового поведения, белок не всегда поступает и связывается способом, который мы ожидаем, неважно насколько точной или детализированной может быть наша модель"

Цитата выше из статьи. Для дальнейшего изучения, исследователи планируют применять инструменты анализа из этого эксперимента с результатами от 2-го этапа проекта Help Cure Muscular Dystrophy.

Авторское краткое изложение содержания

Белок-белковые взаимодействия играют ключевую роль в большинстве биологических процессов и понимание их механизма является фундаментальной проблемой приводящей к многочисленным практическим применениям. Предсказание белковых участков связывания, в частности, имеет первостепенное значение, так как белки в настоящее время представляют собой важный класс терапевтических мишеней. Среди других методов, моделирование стыковки между двумя белками, известными по взаимодействию, может быть полезным инструментом для предсказания вероятных лоскутков связывания на поверхности белка. Из анализа белковых интерфейсов, сгенерированных массивным кросс-стыковочным экспериментом с использованием 168-ти белков Docking Benchmark 2.0, где все возможные пары белков, а не только экспериментальные, были пристыкованы вместе, мы показали, что также возможно предсказать связывающие остатки белка не имея каких-либо предварительных знаний о его потенциальных партнерах по взаимодействию. Оценка эффективности кросс-докинг прогнозирования с использованием области под специфично-чувствительной ROC кривой (AUC) приводит к AUC значению 0.77 для полного теста (по сравнению с 0,5 AUC значением, полученным для случайных предсказаний). Кроме того, новый кластерный анализ выполняется на связывание патчей (лоскутков), которые разбросаны на поверхности белка, показывает, что их распределение и рост будет зависеть от функциональной группы белка. Наконец, в ряде случаев, предсказания связывающих участков, вытекающие из кросс-докинг моделирования, приводят к идентификации альтернативного интерфейса, который соответствует взаимодействию с биомолекулярным партнером, не включенным в первоначальный тест.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
11 августа 2016

Кратко:
Исследователи почти каждого проекта World Community Grid испытывали по крайней мере, одно существенное прозрение или «ага» момент. В этом видео исследователь Франсуа Грей описывает моменты двух "ага", которые помогли исследовательской команде Computing for Clean Water (вычисления для чистой воды) сделать их прорывное открытие в технологии фильтрации.

В какой-то момент почти каждая команда исследователей понимает, что они могут сделать больше, чем они изначально планировали, используя вычислительные мощности World Community Grid. Computing for Clean Water, который был поддержан 150000 добровольцами, использовали эту вычислительную мощность, чтобы обнаружить явление в области нанотехнологий, которые могут иметь применение не только для фильтрации воды, но и экологически чистой энергии и медицины.

В этом видео исследователь Computing for Clean Water Франсуа Грей обсуждает "ага" моменты исследовательской группы с Хуан Индо, менеджером программы World Community Grid, в ходе их презентации на South by Southwest Interactive 2016. Вы также можете послушать полное аудио их презентации здесь.



новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
бого анализа"
5 августа 2016

Кратко
Этот доброволец World Community Grid в Канаде является инженером, горным велосипедистом и изобретателем.

Крис Hudec, доброволец World Community Grid

Крис Hudec, старший инженер в западной части Канады, описывает свою работу говоря: "Большую часть моего времени тратится на геотехническую инженерию, которая строит вещи на грязи (фундаменты для зданий), с грязью (подпорные стены), испытывает строительные материалы (грунт, бетон, асфальт), а также устойчивость склонов ".

Он также является страстным горным велосипедистом и изобретателем. Эти интересы, в сочетании с его инженерным образованием, привели его к разработке прототипа горного велосипеда, который специально предназначен для преодоления крутых, пересеченных велосипедных маршрутов, которые часто встречаются в его местности.

Крис присоединился к World Community Grid больше, чем шесть лет назад. С ученой степенью по инженерной геологии, специализируюясь в области грунтовых вод, он был в состоянии сразу же увидеть важность проекта Computing for Clean Water, а также значение волонтерских вычислений в целом.

"Я осознаю актуальность чистой воды и передача в дар компьютерного времени очевидна и не требует особого анализа", говорит он. "Я знал что у меня было много неиспользованных компьютерных циклов, и это отличный способ доброволить."

на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
29 июля 2016

Кратко
Рич Бонно, технический руководитель проекта Human Proteome Folding, недавно говорил с нами о том, как проект способствовал прогрессу в его работе, а также достижения в понимании структуры и функции белков. Эта новость включает в себя презентацию слайдов и аудиозапись нашего интервью, а также выписки из него.

Проект Human Proteome Folding project (HPF) был первым исследованием, работающим на World Community Grid. Д-р Рич Бонно, руководивший обеими фазами проекта, недавно дал нам обновленную информацию о том, как данные и код из этого проекта по-прежнему способствуют продвижению знаний в области системной биологии, а также о его участии в проектах, связанных со здравоохранением.

Вы можете просматривать слайды вместе с полной записью интервью ниже. Вы также можете прочитать об истории проекта и выписки из интервью, начинающиеся ниже слайдов.


Справочные сведения

Все что происходит в клетках и в организме находится под контролем формы белков, которые позволяют или не позволяют белкам смыкаться с другими белками. Белки могут выполнять позитивные функции, такие как помощь поддержки здоровья клеток. В некоторых случаях заболевания могут препятствовать белкам выполнять свои функции, необходимые для поддержания здоровых клеток.

Знание формы белков помогает ученым понять, как белки выполняют свои желательные функции. Например, белки вируса или бактерии могут иметь определенные формы, которые позволяют им прорваться через клеточную мембрану, что позволяет им инфицировать клетки.

Для получения дополнительных сведений о функциях белка, вы можете просмотреть это подробное описание от Scitable by Nature Education.

Проект Human Proteome Folding project (HPF) запускался в два этапа; цель первого этапа заключалась в определении структуры белка для того, чтобы предсказать их функции, а цель второго этапа было увеличить разрешение и точность предсказаний для выбора подмножества белков человека.

Д-р Рич Бонно (крайний справа, верхний ряд) и члены его лаборатории

Выписки из интервью

Вопрос 1: Можете ли вы дать нам представление о том, как данные или инструменты, которые были разработаны в ходе или в результате реализации проекта оказали влияние на вашу работу позже?

[Проект] дал нам возможность думать о каждом белке в протеоме. Это привело нас к большому количеству неожиданных направлений. Одним из них является то, что нам нужно иметь набор белков, которые, по нашему мнению, не имеют функции. Есть много тысяч [известных] белковых функций, таких как ферменты, которые осуществляют определенную реакцию. Но если мы не имеем отрицательных примеров - если мы не имеем примеры того, что что-то не есть - тогда труднее классифицировать то что-то, что есть. Этот всеобъемлющий ресурс дал нам инструменты для использования структуры, чтобы определить надежные случаи, когда белки, которые не имеют функции могли бы служить в качестве отрицательных примеров обучения. Если вы можете оценить негативные примеры, то это ставит вас в лучшее положение, чтобы сделать тонко-взыскательные классификаторы для белков.

Другое дело в том, что проект Human Proteome Folding вдохновил нас думать только о том, что мы могли бы сделать, если бы мы имели высококачественные структуры для многих, многих белков. Это привело нас к новейшему проекту, использующему код из проекта HPF, а также некоторые из данных, где мы пытаемся интерпретировать генетические вариации человека. Мы берем генетические мутации, наблюдающиеся в клиниках или от людей, которые были секвенированы в рамках других исследований и мы делаем структурные модели того, на что эти мутации похожи.

Идея, что мы могли бы надежно производить модели для 70-ти процентов белков, имеющих клинические мутации, считалась бы невозможной десять лет назад. Но теперь ... мы недавно опубликовали статью в журнале Nucleic Acids Research, описывающую инструмент под названием VIPUR (вариант толкования и прогнозирования с помощью Rosetta), который берет мутации и структуры и выводит будут или нет эти мутации разрушительными.

Оказывается, что большинство мутаций в большинстве белков в геноме имеют мало или вообще никакого эффекта, но некоторые [мутации] ломают критические белки. Мы хотим найти эти критические мутации и дать их врачам и биологам, чтобы они могли отсортировать повреждающие мутации от безвредных. Это один из тех редких случаев, когда, как только вы решаете эту базовую научную проблему, это мгновенно становится полезным, потому что, с мутациями, они часто непосредственно клинически значимы, так как они часто являются непосредственной причиной заболевания.

Вопрос 2: Каким образом данные из проекта были совместно использованы и используются другими исследователями?

Мы одна из многих, многих групп, которые работают на такого рода вещи. На самом деле, мы совместно спонсируем конференцию в ближайшее время, которая посвящена осмыслению мутаций в белках. Там будет много людей, занимающихся различными подходами и это будет свободный обмен идеями. Наш подход, который использует предсказание структуры, является одним из пяти или шести подходов. Наша надежда состоит в том, что мы можем составить все эти разные подходы вместе.

Более масштабным приближением является то, как мы часто знаем, болезни имеют наследственность, но мы не знаем какие именно гены вовлечены. Мы считаем, что автоматически добавляя структурные подходы к существующим исследованиям мы можем выделить мутации, которые разворачивают белки. Сортируя эти мутации, мы можем внести свой вклад в декодирование в существующих крупномасштабных исследованиях. Например, мы совместно работаем над проектом, чтобы понять мутации у людей с аутизмом и без.

Данные HPF были совместно использованы с помощью нескольких различных веб-сайтов с самого начала проекта. Одним из ключевых моментов в проекте было то, что прежде чем он закончился, мы получали обратную связь, что было полезным для других ученых. У нас было много цитат от людей, использующих наши функциональные предсказания. Коллективно, я думаю, множество статей [о данных HPF] имеют около 40 или 50 упоминаний.

То, что мы сделали с VIPUR код, который отличается в том, что мы нацелили его на клинические метки белков - нулевые, нейтральные, патогенные, доброкачественные и так далее. Эта работа настолько новая, что мы еще не знаем ее влияние. У нас было много людей, заинтересованных в коде, мы помогли многим людям настроить код и мы также распространяем мутационные предсказания на основе нашей работы другим.

Вопрос 3: У вас есть дополнительное место в настоящее время. Можете ли вы рассказать нам немного об этом?

Когда я впервые начал работать с IBM [над проектом HPF] я был профессором Нью-Йоркского университета (NYU). С тех пор я стал руководителем группы в Центре Фонда Simons для вычислительной биологии. Этот новый, не-для-прибыли научно-исследовательский институт финансируется Фондом Simons. К счастью для меня, это в Нью-Йорке, так что я был в состоянии сохранить свою принадлежность к Нью-Йоркскому университету. Так что мое время делится несколько поровну между этими двумя местами.

Это новое учреждение прекрасно междисциплинировано. Здесь есть люди, изучающие такие поля, как прикладную математику, информатику, молекулярную биологию и вычислительную неврологию. Институт появился всего лишь полтора года назад, так что это очень интересная начальная фаза.

Вопрос 4: Какие области в вашем поле могли бы извлечь выгоду из использования вычислительной мощности World Community Grid?

[Протеиновая] структура будет оставаться непростой проблемой, которая может использовать мощь World Community Grid. Там было много достижений в области физики приборов, которые дают нам лучшие структурные данные биологии. Суть заключается в том, что существует намного больше информации от новых экспериментальных и расчетных методов, чем мы могли бы использовать для разработки экспериментов.

Новые технологии в лаборатории рождают потребность в новых вычислениях, которые дают вам ответы, которые только открывают новые вопросы и пробуждают еще более удивительные технологии. Прямо сейчас, в структурной биологии, я думаю, есть превосходные расчеты, которые были бы актуальны для World Community Grid в области геномики.

Когда вы кладете все эти новые геномные технологий вместе, необходимость собирания [данных] вместе в модель начинает получать немного сверх того, что маленький компьютер может сделать. Я думаю, что потребность в World Community Grid останется на месте еще на какое-то время.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
21 июля 2016

Кратко:
В первой новости проекта Help Stop TB исследователь Афина Мелетиу дает общее представление о том, почему этот проект важен и что команда делает с ранними данными.

Исследователь Help Stop TB Афина Мелетиу изображена выше презентующей проект на конференции весной 2016 года.

Проект Help Stop TB запущен около четырех месяцев назад и исследовательская группа приступила к ранним стадиям анализа данных. Мы попросили исследователя Афину Мелетью представить обзор проекта вместе с первой новостью, а также рассказать о том, как она пришла к тому, чтобы увлечься Help Stop TB.

В приведенной ниже презентации Афина обсуждает цели и важность Help Stop TB и дает нам закулисный взгляд на то, чего стоит подготовить проект World Community Grid к запуску.



новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
14 июля 2016

Кратко:
Когда-нибудь задумывались о людях, которые помогают поддерживать платформу и инфраструктуру World Community Grid? В этой статье вы узнаете больше о члене нашей технической команды, который был с World Community Grid (почти) с самого начала.

Кевин Рид (на фото выше с статуэткой World Community Grid Webby) руководил целым рядом крупных проектов с момента присоединения к команде в 2004-м году.

Активный разработчик архитектуры World Community Grid, Кевин Рид, вырос в Лос-Аламосе, Нью-Мексико, доме Национальной лаборатории в Лос-Аламосе. "Это было бурное научное сообщество," - вспоминает Кевин, - "Это одна из вещей, которые привлекли меня к работе с World Community Grid».

Получив степень бакалавра в области математики и истории в Университете Райса, Кевин преподавал в средней школе в Хьюстоне, штат Техас, в течение нескольких лет до прихода в IBM в 1997 году. Летом 2004 года, новая филантропическая инициатива в IBM нуждалась в техническом руководстве для развития веб-сайта и Кевин был назначен на World Community Grid практически с самого начала. (World Community Grid официально запущен в ноябре 2004 года, но разработка началась в том году раньше.) Кроме того, что будучи долговременным сотрудником IBM к 2004 году, Кевин также был участником SETI@Home в течение нескольких лет и сразу понял потенциал World Community Grid.

Это было 12 лет назад. Кевин работал в World Community Grid на многих крупных серверных проектах, в том числе курированием интеграции BOINC с существующими веб-сайтом World Community Grid и системой United Devices Grid MP, а также руководил миграцией хостинга в начале 2009 года, в том числе. "Проблемы, присущие World Community Grid, представляют постоянные возможности для обучения," говорит он. "Мы всегда были небольшой и трудолюбивой командой. Мы можем положиться друг на друга, чтобы получить хорошо сделанные вещи. Уровень доверия среди членов команды очень высок."

Кевин и его жена Эми (на фото выше) недавно отдохнули семьей в Монтане с двумя детьми.

Кевин также смог освоить различные направления в своей карьере, которые стали в значительной степени возможны из-за его участия в World Community Grid, такие как совместное редактирование пяти статей по различным аспектам волонтерских вычислений. "Для того, чтобы быть в состоянии сделать что-то, что имеет значение - и получать удовольствие, делая это - потрясающая возможность," говорит он.

В настоящее время Кевин работает над модернизацией предварительной обработки данных и инфраструктурой веб-сайта World Community Grid. Он также работает над созданием новой фичи "расскажи другу", которую мы собираемся попробовать для проекта OpenZika. Он объясняет, "Разработка технологии и процессы существенно изменились, с тех пор как наш код был первоначально разработан, поэтому мы улучшаем нашу реализацию технологий непрерывной интеграции, автоматизированного тестирования и автоматического развертывания. Это позволит упростить наши процессы разработки и сократить ошибки." С уровнем опыта Кевина с World Community Grid и его приверженности своей миссии, нам повезло иметь его, пока мы движемся дальше в наше второе десятилетие.

Поздравляю с новым другом, Кевин!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Д-р Erica Ollmann Saphire, кандидат технических наук
Научно-исследовательский институт Скриппса
9 июля 2016

Кратко
В этой краткой новости д-р Erica Saphire говорит о сохраняющейся необходимости исследования вируса Эбола и поиске финансирования, чтобы помочь проанализировать данные, полученные добровольцами World Community Grid.


По состоянию на июнь 2016 года, Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) сообщает, что было более 28000 случаев вируса Эбола в Гвинее, Либерии и Сьерра-Леоне, с более чем 11000 смертей. В то время как ВОЗ заявила, что самая последняя вспышка закончилась, большинство исследователей и экспертов в области общественного здравоохранения считают, что это лишь вопрос времени, прежде чем произойдет другая вспышка вируса Эбола. Вирус Судан и вирус Марбург, два заболевания, которые связаны с вирусом Эбола, также могут привести к серьезным кровоизлияниям и имеют высокий потенциал для вспышек. Вирус Ласса также вызывает сходные симптомы и носит эндемический характер, вызывая тысячи случаев каждый год в Западной Африке.

По этим причинам наше исследование имеет решающее значение, чтобы помочь сдержать будущие вспышки заболеваний. Для того, чтобы двигаться быстрее в направлении лабораторного тестирования наиболее перспективных соединений скрининга на World Community Grid, мы ищем финансирование, чтобы нанять дополнительного члена лаборатории, который будет участвовать в нашей лаборатории и в лаборатории Olson здесь, в научно-исследовательском институте Скриппса. Этот человек помог бы с анализом данных для перехитрить Эбола Вместе и борьбы со СПИДом@Дома, а также поможет подготовить будущие цели для Эболы и связанных с ним заболеваний для нас, чтобы исследовать с помощью World Community Grid.

Финансирование всегда является проблемой в научных исследованиях, и ресурсы становятся все более дефицитными для науки по всему миру. Но Перехитрите Эбола Вместе остается главным приоритетом для моей лаборатории, и наша работа будет продолжена. Мы очень благодарны многим добровольцам, которые продолжают вносить свой вклад в этот проект. Мы с нетерпением ожидаем возможности объявить о получении финансирования для новой позиции в будущем!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
10 июня 2016

Резюме
"Я люблю осознавать, что я могу внести свой вклад, чтобы сделать нашу планету лучше."


Грейс Мерисальде родом из Эквадора, где она работает в подразделении IBM Global Technology Services (GTS). В течение более чем 30-ти лет службы в IBM, Грейс занимала целый ряд ролей, таких как аналитик вычислительного центра, аналитик выставления счетов и поддержки проектов для GTS в Эквадоре. Она также является добровольцем World Community Grid.

"Я узнала о World Community Grid около шести лет назад от одного из моих сотрудников. Несмотря на то, что я меняю компьютеры часто на протяжении многих лет, я заново установливаю программное обеспечение и я продолжаю вносить вклад. Типы проектов, которые запущены на World Community очень важны для меня, особенно те, которые связаны со здоровьем".

До сих пор, Грейс поддерживает большинство проектов, связанных со здоровьем, а также другие, такие Computing for Clean Water. "Когда я впервые узнала об этом проекте, я сразу же заинтересовалась," говорит Грейс. "Все в мире должны подумать как следует каждый раз, когда они тратят воду, которую природа щедро предоставляет нам."

Грейс была в восторге, что кто-то из Эквадора был выбран, чтобы быть выделеным в качестве добровольца World Community Grid. Она говорит: "Я люблю осознавать, что я могу внести свой вклад, чтобы сделать нашу планету лучше. Независимо от того кто откуда родом, мы все можем изменить мир к лучшему."

на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
6 июня 2016

Кратко:
Проект Help Fight Childhood Cancer (помогите найти детский рак) искал лекарство от конкретного детского рака. Исследователи обнаружили, что некоторые из определенных ими перспективных соединений вдобавок демонстрируют антидепрессантные функциональные возможности.


Резюме для неспециалистов:

Проекта Help Fight Childhood Cancer опубликовал статью о случайном открытии, найденном ими во время поиска кандидатов лекарств на World Community Grid. Проект изначально искал соединения-кандидаты, которые нацелены на конкретные белки, чтобы помочь вылечить рак мозга у детей под названием нейробластома. Некоторые из целевых белков также участвуют в ряде психологических расстройств. Они обнаружили, что некоторые из идентифицированных соединений показывают антидепрессантные функциональные возможности. Кроме того, дополнительные исследования могут привести к потенциальному лечению болезни Хантингтона и болезни Альцгеймера. Статья была опубликована в журнале Neurochemistry International (интернациональная нейрохимия).

Название статьи: Влияние принципиально новых небольших соединений, ориентированных TrkB на выживаемость нейронов клеток и депрессивное поведение.

Авторы: Mayu Fukuda, Atsushi Takotori, Yohko Nakamura, Akiko Suganami, Tyuji Hoshino, Yutaka Tamura, Akira Nakagawara

Резюме для специалистов:

Нейротрофический фактор мозга (BDNF), а также его высокое сродство с тропомиозиновым тирозинкиназным рецептором (TrkB) участвуют в нейрональной выживаемости, обслуживании, дифференциации и синаптической пластичности. Дефицит BDNF, как сообщается, связывается с психологическими расстройствами, такими как депрессия. Поэтому мы исследовали пролиферативный эффект 11-ти кандидатов TrkB аффектированных соединений в TrkB-экспрессирующих SH-SY5Y клетках, с помощью гипотезы, что некоторые соединения-кандидаты, определенные в нашем предыдущем скрининге в кремнии для небольшой целевой молекулы на BDNF-связывающую область TrkB должны активировать сигнальную систему TrkB. В настоящем исследовании два перспективных соединения, 48 и 56, были идентифицированы и впоследствии оценены по их способности индуцировать фосфорилирование TrkB в пробирке и в естественных условиях. Точно так же как и те, в BDNF, соединения опосредованные TrkB фосфорилированием блокируются ингибитором Trk, K252a. Поскольку дефицит сигнальной системы BDNF-TrkB связан с патогенезом депрессии и реактивация этой сигнальной системы антидепрессантами является причиной восстановления патогенного состояния, соединения были подвергнуты оценке для теста принудительного плавания, который является мышиной моделью депрессии. Мы обнаружили, что соединение 48 значительно сократило время неподвижности мыши по сравнению с инъекцией несущей среды, что предполагает подтверждение гипотетическую эффективность похожего на антидепрессант соединения 48 в естественных условиях. Таким образом, наше нынешнее исследование показало, что соединение 48, отобранное через скрининг в кремнии, представляет собой принципиально новый активатор сигнальной системы TrkB и потенциальную молекулу-антидепрессант.

Нажмите сюда, чтобы увидеть статью.

новость на англ.

Profile

Volunteer Computing ( добровольные вычисления )

July 2017

S M T W T F S
      1
2345678
9 101112131415
16171819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Page Summary

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 20th, 2017 02:24 pm
Powered by Dreamwidth Studios