[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа OpenZika
21 марта 2017 г.

Кратко
Исследователи OpenZika продолжают экранировать миллионы химических соединений, поскольку они ищут потенциальные методы лечения вируса Зика. В этой новости они сообщают о состоянии их расчетов и их продолжающейся работе по распространению информации о проекте.

история проекта

В то время как вирус Зика не может получать непрерывное освещение в прессе, которое он получил в 2015 и 2016 годах, он по-прежнему представляет угрозу для здоровья людей по всему земному шару. Отчеты о новых инфекциях продолжают поступать как в Южной так и в Северной Америке, а также медицинские работники только начинают оценивать воздействие вируса на детей младшего возраста, матери которых были инфицированы во время беременности.

Поиск эффективных методов лечения имеет решающее значение для сдерживания развития вируса. В дополнение к OpenZika, несколько других лабораторий делают основанные на клетках экраны с лекарствами, уже утвержденными агентством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), но почти ни одно из соединений "хитов", которые были определены до сих пор не является достаточно мощным против вируса Зика, а также безопасным для беременных женщин.

Кроме того, существует целый ряд усилий по разработке вакцины против вируса Зика. Тем не менее, вакцины не помогают людям, которые уже имеют инфекцию. Пройдет несколько лет, прежде чем будет доказана их эффективность и безопасность, и прежде, чем достаточно доз сможет быть массового произведено и распространено. И даже после того, как утвержденные вакцины доступны и распространены среди общественности, не все люди будут вакцинированы. Следовательно, в настоящее время и в будущем, необходимы лекарства для Зика инфекций.

Прогресс по выбору соединений для лабораторных испытаний

ZIKV NS3 хеликаза связанная с РНК с предсказанными режимами связывания пяти одобренных лекарств (от нашего второго набора кандидатов) отобранных виртуальным скринингом. Эти кандидаты представлены в виде поверхностей с разными оттенками зеленого. Идентификация этих кандидатов и видео были сделаны д-ром Александром Л. Перриманом.

Мы начали этап анализа проекта, сосредоточив внимание на результатах против кристаллической структуры апо NS3 хеликазы (апо означает, что белок не был привязан ни к чему еще, например, как кофактор, ингибитор, или нуклеиновая кислота), чтобы выбрать наш первый набор кандидатов, который в настоящее время испытывается нашим сотрудником в университете Калифорнии в Сан-Диего, д-р Jair L. Сикейра-Нето, с использованием анализов на основе клеток. Хеликаза NS3 является компонентом вируса Зика, необходимым для того, чтобы вирус воспроизводил себя.

Во втором наборе результатов скрининга, которые мы недавно рассматривали, мы использовали новую кристаллическую структуру NS3 геликазы, связанную с РНК в качестве мишени (см изображения/анимацию выше). Аналогично первому набору кандидатов, мы состыковали около 7600 соединений в композиционной библиотеке, состоящей из лекарств, одобренных Администрацией пищевых продуктов и медикаментов США, препаратами, одобренными в Европейском Союзе и коллекцией клинических библиотек Национальных институтов здравоохранения США против новой РНК-связанной структуры геликазы. Ниже приведены результаты этого второго скрининга:

  • 232 соединения прошли большую коллекцию различных энергетических и интерактивных взаимодействий на основе док-фильтров и их предсказанные связывающие режимы были осмотрены и измерены в деталях.
  • Из соединений, которые были обследованы в деталях, 19 уникальных соединений прошли этот этап визуального осмотра в своих состыкованных режимах.
  • Из соединений, прошедших визуальный осмотр, 9 прошли последующую проверку, основанную на медицинской химии и будут заказаны в ближайшее время.

Состояние расчетов

В общей сложности мы провели 2,56 млрд рабочих стыковок, что включает в себя виртуальный скрининг 6 миллионов соединений против 427 различных целевых участков. Мы уже получили около 1,9 млрд этих результатов на нашем сервере. (Существует некоторый временная задержка между моментом, когда расчеты производятся на ваших добровольческих машинах и когда мы получаем результаты, так как все результаты в "пакете" из примерно 10 000 различных рабочих стыковок должны быть возвращены в World Community Grid, реорганизованы , а затем сжимаются перед отправкой их на наш сервер.)

Кроме нескольких отставших мы получили все результаты для наших экспериментов, которые включают стыковку 6-ти миллионов соединений против белков NS1, NS3 геликазы (оба участка связывания РНК и сайт АТФ) и NS5 (как РНК-полимеразы и метилтрансферазы домены). Мы в настоящее время получаем результаты наших последних экспериментов против протеазы NS2B / NS3.

Новый этап проекта

Мы только что закончили подготовку и тестирование стыковочных входных файлов, которые будут использоваться для второго этапа этого проекта. Вместо того, чтобы состыковывать 6 миллионов соединений, в скором времени мы сможем начать скрининг 30,2 миллиона соединений против этих целей. Эта новая, массивная библиотека была первоначально получена в другом типе формата от сервера ZINC15. Он представляет собой почти все "коммерчески доступное химическое пространство" (то есть, почти все лекарства из "небольшого количества молекул", как и соединений-хитов, которые могут быть приобретены у известных химических поставщиков).

Сервер ZINC15 предоставляет эти файлы как "мульти-молекулы mol2" (то есть много различных соединений содержатся в каждом "mol2" отформатированном файле). Эти файлы должны были быть переформатированы (мы использовали программу Raccoon (енот) от доктора Стефано Форли, который является частью команды FightAIDS@Home), разделяя их на отдельные mol2 файлы (1 соединение на один файл), а затем преобразовывая их во входной формат стыковки "pdbqt".

Затем мы провели тест быстрого контроля качества, чтобы убедиться, что программное обеспечение, используемое для реализации проекта, AutoDock Vina, может правильно использовать каждый pdbqt файл в качестве входных данных. Многие соединения должны были быть отклонены, потому что они имели типы атомов, которые вызывают крушение Vina (например, кремний или бор), и мы, очевидно, не хотим тратить время компьютера, который вы пожертвуете, послав расчеты, которые будут рушаться.

Путем расщепления, переформатирования и тестирования сотни тысяч соединений в день, день за днем, примерно через шесть месяцев эта массивная новая библиотека соединений готова использоваться в наших расчетах OpenZika. Без огромных ресурсов, которые волонтеры World Community Grid предоставляют для этого проекта, мы бы даже не мечтали о попытке состыковать более 30 миллионов соединений против многих различных целей от вируса Зика. Спасибо всем большое !!!

Для дополнительных сведений об этих экспериментах, пожалуйста, посетите наш веб-сайт.

публикации и кооперации

Наша статья об оставленных без внимания тропических заболеваниях в публичной научной библиотеке (PLoS), "OpenZika: Проект IBM World Community Grid для ускорения открытися лекарства от вируса Зика", была опубликована 20-го октября и ее уже просматривали более 4000 раз. Любой желающий может получить доступ и прочитать эту статью бесплатно. Еще одна исследовательская работа "Иллюстрируя и гомологически моделируя белки вируса Зика" была принята F1000Research и просмотрена > 3800 раз.

Группа из Бразилии, координируемая профессором Glaucius Олива, связалась с нами из-за нашей статья об оставленных без внимания тропических заболеваниях в PLoS, чтобы обсудить новое сотрудничество, для проверки выбранных соединений-кандидатов непосредственно на ферментативных анализах с белком NS5 вируса Зика. Они решили две кристаллические структуры с высоким разрешением ZIKV NS5, которые были недавно выпущены на PDB (Protein Data Bank) (PDB ID: 5TIT и 5U04).

Наш документ, озаглавленный "Молекулярная динамика моделирования геликазы NS3 вируса Зика: Исследования в активности связывающего участка РНК" была только что принята к публикации в специальном выпуске о флавивирусах для журнала биохимических и биофизических исследований связи. Это исследование системы геликазны NS3 помогло нам узнать больше об этой перспективной мишени для блокирования репликации Зика. Результаты помогут определить как мы анализируем виртуальные экраны, которые мы уже ставили против NS3 геликазы и сгенерировать молекулярно-динамические симуляции новых конформаций этого белка, которые мы будем использовать в качестве входных целей в новых виртуальных экранах, выполняемых нами в рамках OpenZika.

Эти статьи помогают привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.

Дополнительные новости

Мы обратились и были приняты, чтобы представить "OpenZika: Открытие Открытие кандидатов новых противовирусных против Зика вирусов и проникновения в суть динамического поведения хеликазы NS3" на 46-м Всемирном конгрессе по химии. Конференция будет проходить в Сан-Паулу, Бразилия, июля 7-14.

Д-р Шон Ekins нанял постдока и ученого мастер-уровня, который будет связан с проектом OpenZika. Кроме того, мы начали собирать литературные ингибиторы из статей Зика.

Кроме того, Д-ра. Шон Ekins и Каролина Андраде предложили купить некоторые из соединений-кандидатов, которые мы определили в виртуальных экранах из OpenZika, так что они могут быть проанализированы в следующем раунде испытаний.

Сбор средств

Доктор Алекс Перриман демонстрирует рубашку OpenZika. Прибыль от продажи товаров OpenZika идут на приобретение соединений для лабораторных испытаний. (Фото: Keith Bratcher, с позволения Rutgers University)

Спасибо всем, кто посетил наш магазин на Zazzle, чтобы проверить мерч OpenZika, такой как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши и телефонные чехлы телефона. Вся прибыль от продажи этого товара будет перечислена для покупки соединений для лабораторных испытаний. Д-ра. Алекс Перриман и Шон Ekins купили OpenZika рубашки для себя. Алекс любит версию поло стиль и он рекомендует получать белые или серые рубашки. Но избегайте красных рубашек, так как логотип OpenZika также не выделяется, особенно после того, как он вымыт (Алекс усвоил этот трудный путь).

Команда OpenZika работает на гранты от Национальных институтов здравоохранения, CNPq (бразильское финансирующее агентство) и других организаций, чтобы попытаться собрать средства для приобретения и тестирования соединений.

информационное продвижение

Мы упорно работаем над продвижением проекта и мы продолжаем искать дополнительные возможности. Ниже приведен список наших самых последних достижений.

  • Д-р Каролина Хорта Андраде прочитала одну из приглашенных лекций на 27-й периодической Неделе Института биологии в Федеральном университете Гояс, Бразилия, среди студентов-биологов и фармацевтов, а также широкой общественности под названием: «Разработка и обнаружение новых кандидатов на лекарственные средства для вируса Зика и вируса лихорадки денге и OpenZika»(ноябрь, 2016 г.).
  • Д-р Каролина Орта Андраде была избрана член-корреспондентом Бразильской академии наук. Она также выступила в Федеральном университете Минас-Жерайс, Бразилия, перед исследователями из разных областей науки и властями, в ходе которых она обсудила OpenZika (октябрь 2016 года).
  • Д-р Мелина Моттин, одна из членов команды OpenZika, представила плакат и произнесла устную презентацию под названием «OpenZika: проект открытого научного сотрудничества по выявлению кандидатов на препарат против вируса Зика» на 8-м Бразильском симпозиуме по лекарственной химии, состоявшемся в Рио-де-Жанейро, Бразилия, 27-30 ноября 2016 года.
  • Д-р Мелина Моттин также выступила с лекцией в Федеральном университете Риу-Гранди-ду-Сул, Бразилия, по программе последипломного образования по химии, в аспирантуре по химии и фармацевтике перед студентами и широкой общественностью относительно «Идентификации кандидатов на лекарства для вируса Зика с использованием виртуального скрининга и симуляции молекулярной динамики», в котором она обсуждала проект OpenZika (декабрь 2016 г.).
  • Д-р Шон Экинс посетил Национальный институт здоровья (NIH) «День редкой болезни» (27 февраля 2017 г.), а также Исследовательскую конференцию Гордона по тропическим инфекционным заболеваниям (12-17 марта 2017 г.).

Мы очень благодарны за всех добровольцев, которые пожертвовали свое неиспользованное вычислительное время для этого проекта! Большое спасибо!!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа OpenZika
3 ноября 2016

Кратко:
Исследователи OpenZika готовы начать лабораторные испытания для пяти химических соединений, которые могут привести к потенциальным лекарствам. В этой новости исследовательская группа обсуждает почему поиски анти-Зика настолько важны, описывает процесс выбора лекарственных соединений для тестирования и обобщает работу, которую они и IBM сделали (пока что), чтобы опубликовать данное исследование.

история проекта

Лидеры OpenZika (слева направо) д-р Каролина Horta Andrade,
Д-р Александр Перриман и д-р Шон Ekins. Алекс одет в рубашку поло OpenZika, доступную для покупки на Zazzle.


Проект OpenZika ищет лекарственные кандидаты для лечения вируса Зика у людей, которые были инфицированы. Проект ориентирован на ключевые белки, которые вирус Зика вероятно, использует чтобы выжить и распространяться в организме. Для того, чтобы разработать анти-Zika препарат, исследователи должны определить, какие из миллионов химических соединений могут быть эффективными при вмешательстве с этими ключевыми белками. Эффективность каждого соединения испытывается в виртуальных экспериментах, называемых "расчитываемая стыковка", выполняющихся на компьютерах добровольцев World Community Grid и устройствах на Android. Эти расчеты помогают исследовательской команде сфокусироваться на наиболее вероятных соединениях, которые могут в конечном итоге привести к противовирусной терапии.

Важность поиска противовирусного препарата

Несмотря на то, что несколько лабораторий делают экраны на основе клеток с лекарствами уже утвержденными агентством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), нет почти никакого шанса у "хитовых" соединений, которые были определены до сих пор, быть одновременно достаточно мощнымии против вируса Зика и также безопасными для беременных женщин. Эти другие лаборатории выполняют "высокопродуктивный скрининг" (HTS) в условиях проведения экспериментов на практике; быстрая природа этих анализов может вызвать много "ложных отрицательных результатов" (то есть, активные соединения могут быть ошибочно приняты за липу).

В некоторых экспериментах мы также стыкуем утвержденные FDA лекарства, но кроме того, мы стыкуем препараты, одобренные в Европейском Союзе и множество "клинических кандидатов "Национального центра исследования здоровья"» (что дает нашему набору данных размер в 7600 перспективных, в отличие от только тестирования около 800 до 1500 утвержденных FDA лекарств). Кроме того, другие наши эксперименты предполагают стыковки с гораздо большим набором 6-ти миллионов различных коммерчески доступных (не так перспективных или оптимизированных) "хитовых и похожих-на-лидеров" соединений, которые могли бы заложить основу для будущих исследований по разработке лекарственных средств.

Наши виртуальные экраны также могут дать ложные отрицательные и ложные положительные результаты, но когда мы идентифицируем небольшое количество соединений-кандидатов для наших сотрудников, чтобы проверить в мокрой лаборатории клеточных анализов, их анализы могут быть выполнены с меньшим количеством материала более точным образом.

Насколько нам известно, все лаборатории все еще на долгом пути от открытия новых лекарств против Зика и все мы должны работать вместе и преследуем различные и взаимодополняющие подходы. Кроме того, основываясь на нашем опыте с тем, как другие вирусы, в конечном итоге, приобретают лекарственную устойчивость, чтобы уклониться от лекарства, миру, вероятно, нужно будет обнаружить несколько различных типов лекарств против Зика, которые могут быть использованы в комбинированной терапии, для того, чтобы замедлить развитие версии "супербактерии".

В настоящее время совершается целый ряд усилий по созданию вакцины против вируса Зика. Тем не менее, вакцины не помогают людям, которые уже имеют инфекцию. Хотя прогресс разработки вакцины был достигнут, это займет несколько лет, прежде чем они окажутся эффективными и безопасными и прежде, чем достаточно доз сможет быть массово произведено и распространено. Даже после того как одобренные вакцины станут доступными и распространены среди общественности, не все люди будут вакцинированы. Следовательно, в настоящее время и в будущем, необходимы лекарства для инфекции Зика.

Прогресс по выбору соединений для лабораторных испытаний

ZIKV NS3 хеликаза с тремя ингибиторами кандидатов, отобранных виртуальным скринингом, показанные как поверхности, способные к растворению, с различными оттенками зеленого цвета. Идентификация этих кандидатов и видео были сделаны д-ром Александром Л. Перриманом.

Мы начали этап анализа проекта, сосредоточив внимание на результатах против хеликазы кристаллической структуры apo NS3 (apo означает, что белок не был связан ни с чем, например, как кофактор, ингибитор или нуклеиновая кислота). Эта хеликаза NS3 является составной частью вируса Зика, что позволяет ему реплицироваться. В первых результатах скрининга, рассмотренных нами, около 7600 соединений в композиционной библиотеке, состоящей из утвержденных препаратов Администрацией пищевых продуктов и медикаментов США + препараты, одобренные в Европейском Союзе + коллекция клинической библиотеки американского Национального института здравоохранения были пристыкованы против этой геликазы. Ниже приведены результаты этого скрининга:

- 150 соединений прошли энергетические и взаимодействия на основе док-фильтров, а также их предсказанные связывающие режимы были осмотрены и измерены в деталях.
- Из соединений, которые были обследованы в деталях, 16 соединения прошли этот этап визуального осмотра своих состыкованных режимов
- Из соединений, прошедших визуальный осмотр, 8 прошли последующию проверку на основе медицинской химии
- 6 из них могут быть заказаны (1 стоимостью свыше $ 100,00 за миллиграмм (и нам обычно требуется по крайней мере 10 миллиграммов для процесса контроля качества и анализов) и 1 было запрещено Агентством США по борьбе с наркотиками)

Впоследствии, пять из шести соединений, приобретенных нами, прошли исследования по контролю качества для проверки их идентичности и чистоты. Эти пять соединений недавно были отправлены в Калифорнийский университет в Сан-Диего для тестирования в пробирке против вируса Зика д-ром Jair L. Сикейра-Нето, одним из исследователей для OpenZika.

Для получения дополнительной информации об этих экспериментах, пожалуйста, посетите наш веб-сайт.

Кроме того, мы в настоящее время визуально инспектируем около 260 дополнительных соединений, которые прошли больший и более разнообразный набор док-фильтров против новой РНК-связанной NS3 хеликазы кристаллической структуры (используя одну и ту же композиционную библиотеку лекарственных средств, утвержденную в США и ЕС + клинические кандидаты Национального Центра Исследования Здоровья ). Дюжина новых кандидатов были определены с тех пор.

Поиск дополнительных сотрудников

Мы ищем новых сотрудников, которые могут предоставить дополнительные навыки. В частности, мы ищем лаборатории, которые могут помочь с различными типами клеточных анализов и, в частности, в основанном на ферментах анализе вирусных белков Зика. Доктор Сикейра-Нето выполняет пару типов анализов на основе клеток, но несколько различных подходов разрабатываются для испытаний соединений против Зика (и каждый тип анализа имеет свои сильные и слабые стороны). Иметь результаты различных типов анализов полезно для оценки наших соединений-кандидатов.

Наша опубликованная в Публичной Научной Библиотеке статья о забытых тропических болезнях: "OpenZika: Проект IBM World Community Grid для ускорения поиска лекарства от вируса Зика", была опубликована 20-го октября и ее уже просматривали более 2100 раз. Другой научный документ, названный "Иллюстрируя и гомологически моделируя белки вируса Зика", как мы надеемся близок к тому, чтобы быть наконец принятым. Возможно, эти статьи помогут привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.

Сбор средств

Недавно мы создали витрину на Zazzle с логотипом OpenZika на многих различных штуковинах, таких как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши и корпуса телефонов. Zazzle определили базовую цену деталей, и мы затем установили 10% от базовой цены, как нашу "прибыль", которая будет вся пожертвована на приобретение и тестирование соединений для проекта OpenZika. В то же время, ношение одежды, имеющую логотип OpenZika логотип помогает распространению. И весело носить искусство ботаников.

Команда OpenZika работает на грантах от Национального Института Здоровья, CNPq (бразильское агенство финансирования), а также других организацияй, чтобы попытаться собрать средства на покупку и тестирование соединений.

Далее идет информация о продвижении проекта и куева туча ссылок на текстовые, аудио и видео новости с упоминанием OpenZika
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Wim Degrave, Ph.D.
Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática Instituto Oswaldo Cruz - Fiocruz
12 апреля 2016

Кратко:
Uncovering Genome Mysteries (раскрытие тайн генома) анализирует белковые последовательности из Зика и связанных вирусов для того, чтобы помочь ученым лучше понять их. Д-р Wim Degrave, который глубоко вовлечен в ответ Бразилии на кризис Зика, объяснил нам как эти анализы вписываются в более широкую работу Uncovering Genome Mysteries и как проект может помочь ученым разработать новые методы диагностики и лечения вируса Зика и подобных заболеваний.

В этом видео 2014 года, д-р Вим Degrave дает обзор проекта Uncovering Genome Mysteries.

освещение проблемы

Uncovering Genome Mysteries исследует около двухсот миллионов белковых последовательностей из широкого разнообразия форм жизни, чтобы лучше понять как их природные способности могут помочь в решении медицинских и экологических проблем. Эта огромная группа белков включает последовательности из геномов арбовирусов, которые являются вирусами, переносимыми насекомыми, такими как клещи и комары, а также белки от самих комаров. Арбовирусы включают в себя некоторые из самых разрушительных заболеваний в мире, такие как вирус Западного Нила и лихорадки денге и многие из них представляют увеличивают угрозу здоровью людей по всему земному шару.

Вирус Зика является арбовирусом, или переносимым комарами заболеванием, которое было объявлено глобальной угрозой здоровью Всемирной организацией здравоохранения в связи с недавним распространением вируса. Считается, что он похож на денге, желтую лихорадку, японский энцефалит и вирус Западного Нила. (Эти заболевания являются частью подгруппы вирусов, известных как флавивирусы.) Существует почти определенная связь между вирусом Зика у беременных женщин и микроцефалией и несколькими врожденными неврологическими синдромами у новорожденных. Существует, вероятно, связь между Зика и неврологическими условиями в инфицированных взрослых, таких как синдром Гийена - Барре. Но в этот момент, мало что известно о Зика или о его молекулярной структуре.

Анализ связанных с Зика геномов

Uncovering Genome Mysteries анализирует геномы как самого вируса Зика так и геномы комаров, распространяющих болезнь. Поддерживая наш проект, вы можете помочь ученым лучше понять молекулярную структуру вируса, которая необходима, чтобы разработать препарат для его лечения.

Когда мы запустили Uncovering Genome Mysteries 18 месяцев назад, вирус Зика был неизвестен большей части земного шара. Тем не менее, в рамках нашего исследования арбовирусов, мы уже включили геном вируса Зика в наше исследование и в ответ на недавние срочные потребности здравоохранения мы добавили дополнительные рабочие юниты, включающие также Зика и связанные с ними вирусные геномы, большинство из которых стали доступны в течение последних нескольких месяцев. Кроме того, небольшой набор рабочих юнитов, содержащих белковые последовательности для комаров, распространяющих Зика и связанные с ними заболевания были добавлены ​​к проекту Uncovering Genome Mysteries. В частности, мы хотим изучить природные разновидности москитов, чтобы узнать больше об их функциональной активности в передаче различных вирусов человеку и как они адаптируются к различным средам или развивать устойчивость к инсектицидам и найти слабые места, которые могут привести к новым способам контролировать распространение москитов в городских и сельских районах. Мы надеемся, что дополнительные рабочие юниты могут помочь в поиске новых биоинсектицидов для борьбы с насекомыми, которые предоставляют убежище и распространяют эти заболевания.

другая работа над Зика

Бразилия определила первые случаи Зика в 2015 году и власти быстро охарактеризовали болезнь как эпидемию. Наша исследовательская группа здесь в Fiocruz участвует в ряде научно-исследовательских работ Zika, как часть ответа Бразилии на этот кризис. Например, это очень важно для ученых, чтобы понять различия между штаммами Зика, появившихся в различных частях земного шара, так как это может повлиять на модели передачи распространения вируса и его влияния на людей. Анализ данных нашего World Community Grid может помочь пролить свет на эти различия; в настоящее время существует 38 полных последовательностей Зика вариантов в наборах данных World Community Grid и мы ожидаем, что еще больше будет добавлено в ближайшие месяцы. Понимая геномы, которые являются строительными блоками нашего мира и его обитателей, мы можем найти более эффективные способы диагностики, лечения, и в конечном итоге предотвратить вирусы, такие как Зика.

Мы благодарим всех добровольцев World Community Grid для их участия в этом проекте и будет продолжать предоставлять обновления по мере поступления дополнительной информации.

(Примечание редактора: World Community Grid активно ищет ученых, которые проводят исследования на вирус Зика и может использовать наши вычислительные возможности Пожалуйста, смотрите эту недавнюю статью для получения дополнительной информации.).

новость на английском
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
8 февраля 2016

Кратко:
Так как вспышка Зика распространяется и волонтеры World Community Grid спрашивают может быть ли быть использована их пожертвованная вычислительная мощность, чтобы помочь найти новые вакцины или терапию, мы активно ищем исследователей Зика, которым необходимо проводить вычислительные исследования.

На прошлой неделе Всемирная организация здравоохранения объявила глобальную чрезвычайную ситуацию в области общественного здравоохранения в связи с распространением вируса Зика, который может быть связан с врожденными дефектами у новорожденных, чьи матери заражены, а также неврологическими расстройствами. Благодаря вкладу более 700000 физических лиц и 470 организаций World Community Grid уже обеспечил важные научные достижения в области рака у детей, солнечной энергии и чистой воды. Мы сейчас активно ищем новые возможности для применения этого свободного и мощного ресурса для преодоления кризиса Зика и начали переговоры с несколькими исследователями и организациями, чтобы выяснить, как World Community Grid может помочь. В частности мы хотим обеспечить вычислительную мощность для исследователей Зика, желающих провести вычислительные исследования, такие как эксперименты стыковки виртуальных препаратов, чтобы обнаружить лечение для заболевания.

Мы понимаем срочность этой работы и имеем опыт организации по выполнению быстрого реагирования для решения важнейших потребностей общественного здравоохранения, такие как запуск Outsmart Ebola Together (перехитрим Эболу вместе), который начал поиски противовирусных препаратов для Эболы на пике вспышки 2014-го. В течение 6 месяцев, 30000 наших добровольцы отскринили более 5-ти миллионов кандидатов, которые потенциально могут быть использованы для лечения заболеваний, связанных с семьей филовирусов, в том числе вирусов Марбурга, Судан и Рестон.

Кроме того, через проект Discovering Dengue Drugs Together (обнаружение лекарств для лихорадки денге), World Community Grid поддерживал поиск лекарственных средств, которые помогут бороться с лихорадкой денге, разрушительное разносимое комарами заболевание, которое, как полагают, имеют сходство с Зика. В ходе этого проекта, волонтеры World Community Grid отскринили 3 млн химических соединений, что приводит исследователей к идентификации перспективных молекул, которые могут иметь потенциал, чтобы отключить вирус денге. Химики работают над модификацией молекул различными способами, надеясь повысить их эффективность, прежде чем приступить к дальнейшей проверке.

Мы приветствуем предложения о проведении исследований любого размера и обладаем способностью обеспечивать массивную вычислительную мощность, совершенно бесплатно. Например, два наших проекта соответственно считаются крупнейшим экспериментом по стыковке лекарств и крупнейшим экспериментом по квантовой химии из когда-либо проводившихся на сегодняшний день.

Существующие инструментальные средства.

В то время как мы приветствуем предложения, которые используют любые вычислительные инструменты, следующие программные средства уже готовы для работы на World Community Grid, и проект, использующий один из этих инструментов, может быть налажен очень быстро.

AutoDock и AutoDock VINA (наиболее широко используемые и цитируемые во всем мире программы стыковки, обе разработанные научно-исследовательским институтом Скриппса). Эти инструменты были использованы в ряде медицинских научно-исследовательских проектов World Community Grid и могут оказаться полезными для исследования Зика.
BEDAM - Академическое влияние (молекулярные симуляции). Этот инструмент в настоящее время используется на нашем проекте FightAIDS@Home для скрининга лучших кандидатов из скринингов VINA.
Rosetta (сворачивание белков)
LAMMPS (молекулярная динамика)
CHARMM (молекулярная динамика)
Gromacs (молекулярная динамика)
Q-Chem (квантовая химия)
SSearch (сравнение генома)

Любые ученые, имеющие опыт в области исследований Зика, которые связаны с или планирующие проекты, требующие большой вычислительной мощности, могут связаться с World Community Grid. Мы благодарим многих энтузиастов из World Community Grid, которые уже проявили заинтересованность в содействии борьбе с вирусом Зика.

источник

Profile

Volunteer Computing ( добровольные вычисления )

August 2017

S M T W T F S
  1 2345
6789101112
1314151617 1819
202122 23242526
2728293031  

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 20th, 2017 05:39 am
Powered by Dreamwidth Studios