[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Д-р Хэл Вассерман
Научно-исследовательский институт Скриппса
26 января 2017

Кратко:
Исследовательская группа Outsmart Ebola Together провела огромное количество экспериментов виртуальных стыковок и они теперь готовы выйти на новый этап своего исследования.


Вирус Эбола унес жизни многих тысяч людей в 2014 году во время крупнейшей вспышки заболевания, с тех пор, как он был впервые обнаружен в 1976 г. Важно отметить, что исследования показали, что длительный период инкубации вируса и наш чрезвычайно соединенный современный мир может позволить вирусу распространиться на новые географические регионы и через океаны. В настоящее время нет никаких утвержденного лечения или вакцины для этой смертельной болезни и поиск эффективного противовирусного препарата для лечения заболевания является высокоприоритетным.

Перехитрим Эболу вместе в настоящее время приближается к завершению своего первого этапа, проведя сотни тысяч стыковочных вычислений. На этом этапе мы смоделировали связывание потенциальных лекарственных препаратов малых молекул против атомных структур белков семейства filovirus. Мы, в частности, направлены на участок связывания с рецептором (RBS) вируса Эбола гликопротеина (GP), который играет ключевую роль в проникновении вируса в клетку в клетках человека.

Чтобы Эбола инфицировал клетки человека, RBS должен связаться с рецептором клеточной мембраны, тем самым пропитывая GP в одной из внутренних клеточных частях, известных как эндосомы. Оказавшись внутри эндосомы, присутствие ферментов и кислой среды трансформирует молекулярную структуру GP, что позволяет ему сливаться с эндосомной стенкой и таким образом получить доступ к цитоплазме.

Наше исследование в настоящее время расширяется, чтобы рассмотреть несколько этапов в динамических молекулярных превращений GP и других белков Эбола. Эти преобразования имеют важное значение для жизненного цикла вируса, и следовательно, представляют собой идеальную мишень для разработки эффективных противовирусных препаратов.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Д-р Erica Ollmann Saphire, кандидат технических наук
Научно-исследовательский институт Скриппса
9 июля 2016

Кратко
В этой краткой новости д-р Erica Saphire говорит о сохраняющейся необходимости исследования вируса Эбола и поиске финансирования, чтобы помочь проанализировать данные, полученные добровольцами World Community Grid.


По состоянию на июнь 2016 года, Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) сообщает, что было более 28000 случаев вируса Эбола в Гвинее, Либерии и Сьерра-Леоне, с более чем 11000 смертей. В то время как ВОЗ заявила, что самая последняя вспышка закончилась, большинство исследователей и экспертов в области общественного здравоохранения считают, что это лишь вопрос времени, прежде чем произойдет другая вспышка вируса Эбола. Вирус Судан и вирус Марбург, два заболевания, которые связаны с вирусом Эбола, также могут привести к серьезным кровоизлияниям и имеют высокий потенциал для вспышек. Вирус Ласса также вызывает сходные симптомы и носит эндемический характер, вызывая тысячи случаев каждый год в Западной Африке.

По этим причинам наше исследование имеет решающее значение, чтобы помочь сдержать будущие вспышки заболеваний. Для того, чтобы двигаться быстрее в направлении лабораторного тестирования наиболее перспективных соединений скрининга на World Community Grid, мы ищем финансирование, чтобы нанять дополнительного члена лаборатории, который будет участвовать в нашей лаборатории и в лаборатории Olson здесь, в научно-исследовательском институте Скриппса. Этот человек помог бы с анализом данных для перехитрить Эбола Вместе и борьбы со СПИДом@Дома, а также поможет подготовить будущие цели для Эболы и связанных с ним заболеваний для нас, чтобы исследовать с помощью World Community Grid.

Финансирование всегда является проблемой в научных исследованиях, и ресурсы становятся все более дефицитными для науки по всему миру. Но Перехитрите Эбола Вместе остается главным приоритетом для моей лаборатории, и наша работа будет продолжена. Мы очень благодарны многим добровольцам, которые продолжают вносить свой вклад в этот проект. Мы с нетерпением ожидаем возможности объявить о получении финансирования для новой позиции в будущем!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
33,4 миллиона виртуальных экспериментов и будет ещё больше: обновленная информация о Outsmart Ebola Together
Автор: Д-р Erica Ollmann Saphire, кандидат технических наук
Научно-исследовательский институт Скриппса
21 марта 2016

Кратко:
В этой новости о проекте д-р Erica Ollman Sapphire рассматривает множество передовых позиций по борьбе с лихорадкой Эбола, от долгосрочных последствий заболевания у оставшихся в живых, до продолжающихся экспериментов ее команды с помощью World Community Grid и их работу с другими исследователями Эбола.




Долгосрочные последствия эпидемии лихорадки Эбола

Поскольку основная доля вирусной эпидемии лихорадки Эбола мало-помалу исчезает, мы наблюдаем долгосрочные последствия инфекции у выживших. У некоторых, вирус вошел в центральную нервную систему, вызывая повторное появление похожих на менингит болезней, тяжелую боль в глазах, потерю зрения и другие осложнения. Фактический материал вируса был выделен из спермы выживших до девяти месяцев после освобождения из лечебных центров. Это, скорее всего, привело по меньшей мере к одному случаю передачи половым путем вируса Эбола. Дополнительные случаи с вирусом Эбола произошли в Сьерра-Леоне и в Либерии после того, как каждая страна была объявлена ​​свободной от передачи от человека к человеку. Появление этих новых случаев означает, что вирус, вероятно, до сих пор в экологическом резервуаре или повторно введен в окружающую среду или в других людей. В то же время, оставшиеся в живых сталкиваются с многочисленными проблемами со здоровьем, экономическими трудностями, личными потерями и социальным клеймом.

В поиске эффективных методов лечения

Потребность в синтетических лекарственных препаратах, которые могут вылечить инфекцию вируса Эбола, остается. Синтетические препараты, способные пересекать гематоэнцефалический барьер, могут быть использованы для лечения опасных для жизни случаев, в которых вирус распространяется в центральной нервной системе после, намного позже выхода из больницы. Важно отметить, что такие препараты не должны быть разработаны только против вируса Эбола, но и против аналогичных вирусов, которые могут привести к следующей вспышке.

Цель Outsmart Ebola Together (перехитрить Эбола вместе) заключается в выявлении лекарств-кандидатов активных против вируса Эбола, вируса Ласса и других связанных с ними угроз здоровью. Для достижения этой цели мы изучаем строение атома мишени, которой является молекула вируса Эбола и лиганды, которые являются структурами миллионов кандидатов молекул лекарства. Мишень и лиганд оцениваются друг против друга и программа вычисляет тенденцию молекул ассоциировать друг с другом. Симуляция этих экспериментов на компьютерах значительно экономит время и затраты, так как лабораторное тестирование требует покупки или синтеза молекул-кандидатов, процесс потенциально отнимает много времени и дорог.

До сей поры, 33,4 млн из этих виртуальных экспериментов были проведены добровольцами World Community Grid, процент завершенных задач растет, и, вероятно, достигнет 100% в ближайшее время. Мы в настоящее время ищем специалиста по теории вычислений (и финансирование, чтобы поддержать его или ее), чтобы фильтровать этот огромный объем работы в наиболее значимые соединения, которые мы сможем проверить в лаборатории.

Текущие публикации и продолжение работы

Между тем, запланированы новые цели. Совсем недавно мы разгадали структуры белка вируса Марбурга, который строит и выпускает новые вирусы из зараженной клетки, в то время как одновременно глушит способность наших клеток обнаружить и бороться с инфекцией (Oda, и др. Журнал вирусологии, кристаллическая структура вирус Марбург VP40: матрица сборки и иммуносупрессии). В рамках этих усилий, мы работаем с отличной командой биофизиков в университете Нотр-Дам во главе с доктором Робертом Стахелином, чтобы понять, как вирус взаимодействует и похищает мембраны наших клеток. Понимание структуры вируса Марбург важно, потому что, как и вирус Эбола, он может вызвать повышение температуры, сильное кровотечение, отказ органа, и во многих случаях смерть.

Наша структура молекулы, которая достигает тех же функций для вируса Ласса - который также может вызвать сильное кровотечение, лихорадку и смерть - будет выпущена в ближайшее время (Hastie и др в прессе.).

Совместная команда с участием моей лаборатории искала в крови выживших в этой вспышке лихорадки Эбола, чтобы найти некоторые из самых высокоэффективных из уже определенных потенциальных антител (Bornholdt, и др. 2016 Наука, Выделение мощных нейтрализующих антител из оставшегося в живых после вирусной вспышки Эбола в 2014-м). Эта группа является частью глобального консорциума, который собирает и анализирует антитела против этих смертельных вирусов и мы недавно были представлены на выставке "Прорыв" National Geographic.

Мы благодарим всех добровольцев World Community Grid, которые пожертвовали вычислительную мощность, для Outsmart Ebola Together и мы благодарны за вашу неизменную поддержку по мере того, как проект развивается.

Оригинал новости (англ.)
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Erica Saphire Ollmann, кандидат наук
Научно-исследовательский институт Скриппса
6 октября 2015

Краткое изложение.
Усилия смоделировать совпадения между кандидатами соединений и одним ключевым вирусным белком Эбола в значительной степени завершены. Моделирование совпадений против другого недавно обнаруженного белка-мишени начинаются в настоящее время. Даже пока работа моделирования продолжается, команда начинает анализировать эти результаты и фокусировать внимание на соединениях, которые могут стать основой для новых эффективных лекарств против лихорадки Эбола и других связанных с ними заболеваний. Благодаря вашей помощи и новому гранту работа идет хорошо.



Благодаря усилиям тысяч членов World Community Grid, моя команда продолжает делать успехи в проекте Outsmart Ebola Together (перехитрим Эболу вместе), целью которого является найти новые лекарства для лечения лихорадки Эбола и связанной с ней опасной для жизни вирусной геморрагической лихорадки.

Outsmart Ebola Together начался с изучения потенциальных лекарственных атак против рецепторсвязывающего участка поверхностного гликопротеина вируса Эбола (GP). Затем мы объявили о начале работы над второй целью лекарства: нуклеопротеина (НП) вируса лихорадки Ласса. В частности, мы ищем лекарства, которые атакуют недавно открытый "экзонуклеазный участок" Ласса НП. Этот экзонуклеазный участок помогает скрыть присутствие вируса от зараженной клетки человека, уничтожая собственное избыточное вирусное производство двухцепочечной РНК.

У нас есть с тех пор подготовленные исследовательские задачи для тестирования экзонуклеазного участка Ласса NP против миллионов потенциальных лекарственных препаратов. Эти задачи в настоящее время готовы к использованию и будут разосланы добровольцам World Community Grid в ближайшие месяцы.

Наша лаборатория также исследует белки Эбола NP и VP35. НП и VP35 должны участвовать в серии специфических взаимодействий друг с другом, по мере того, как вирус Эбола реплицируется. Эти недавно обнаруженные взаимодействия потенциально могут быть нарушены новыми лекарственными препаратами, что делает возможным использовать NP и VP35 в качестве будущих целей для исследования Outsmart Ebola Together.

На этом этапе в проекте мы собрали достаточно данных, которые нам нужны, чтобы начать фокусироваться на процедурах анализа уже вернувшихся от добровольцев World Community Grid данных. Мы должны проанализировать данные для обоих рецепторсвязывающего участка Эбола GP и экзонуклеазного участка Ласса НП и наши процедуры анализа должны быть достаточными, чтобы отфильтровать ложные срабатывания от большого количества возвращенных результатов.

Для каждого участка вирусного белка, испытываемого нами, по отношению к потенциальным лекарственным препаратам, мы заверяем правильность нашего анализа следующим образом: мы выбираем практически аналогичный участок (как правило из другого вируса), для которого существуют экспериментальные данные о потенциальных лекарственных препаратах, которые связывают или не связывают их на участке. Мы тогда подстраиваем наши протоколы анализа, чтобы при применении на этом участке наши результаты анализа точно соответствовали известным экспериментальным результатам. Только когда это будет сделано мы чувствуем, что мы можем с уверенностью применять те же протоколы анализа на интересующем участке.

В частности, этим летом мы внимательно посмотрели на оптимизацию анализа для экзонуклеазного участка Ласса НП. В качестве аналогичного хорошо изученного участка, мы выбрали "рибонуклеазу H области" обратной транскриптазы ВИЧ, который имеет сильное сходство к экзонуклеазным участком Ласса НП в его структуре белка и использования каталитических ионов металлов. Оптимизация наших протоколов анализа экспериментальных данных против рибонуклеазы H области ВИЧ завершена, и мы с нетерпением ждем прихода данных по экзонуклеазе Ласса НП, как только они обработаются добровольцами World Community Grid. Кандидаты препаратов, которые пройдут этап анализа, пойдут в следующий раунд экспериментов, проводимых в лаборатории, а не с помощью компьютерного моделирования.

Мы также рады сообщить, что $50000 грант для поддержки этой работы был предоставлен ​​Robert Wood Johnson Foundation President’s Grant Fund из Princeton Area Community Foundation. С этим грантом и обширными вычислительными ресурсами World Community Grid наш путь к успешному завершению проекта ясен.

Как всегда, мы заканчиваем с благодарностью добровольцам, которые запускают эту работу для нас. Как вы можете видеть, мы уже достигли значительного прогресса, но еще много работы предстоит сделать. Убедитесь, что вы зарегистрировались внести, чтобы свой вклад в этот проект и распространяете информацию о нашей, спасающей жизни, работе!

Оригинал статьи

Profile

Volunteer Computing ( добровольные вычисления )

July 2017

S M T W T F S
      1
2345678
9 101112131415
16171819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 20th, 2017 02:32 pm
Powered by Dreamwidth Studios