[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа OpenZika
21 марта 2017 г.

Кратко
Исследователи OpenZika продолжают экранировать миллионы химических соединений, поскольку они ищут потенциальные методы лечения вируса Зика. В этой новости они сообщают о состоянии их расчетов и их продолжающейся работе по распространению информации о проекте.

история проекта

В то время как вирус Зика не может получать непрерывное освещение в прессе, которое он получил в 2015 и 2016 годах, он по-прежнему представляет угрозу для здоровья людей по всему земному шару. Отчеты о новых инфекциях продолжают поступать как в Южной так и в Северной Америке, а также медицинские работники только начинают оценивать воздействие вируса на детей младшего возраста, матери которых были инфицированы во время беременности.

Поиск эффективных методов лечения имеет решающее значение для сдерживания развития вируса. В дополнение к OpenZika, несколько других лабораторий делают основанные на клетках экраны с лекарствами, уже утвержденными агентством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), но почти ни одно из соединений "хитов", которые были определены до сих пор не является достаточно мощным против вируса Зика, а также безопасным для беременных женщин.

Кроме того, существует целый ряд усилий по разработке вакцины против вируса Зика. Тем не менее, вакцины не помогают людям, которые уже имеют инфекцию. Пройдет несколько лет, прежде чем будет доказана их эффективность и безопасность, и прежде, чем достаточно доз сможет быть массового произведено и распространено. И даже после того, как утвержденные вакцины доступны и распространены среди общественности, не все люди будут вакцинированы. Следовательно, в настоящее время и в будущем, необходимы лекарства для Зика инфекций.

Прогресс по выбору соединений для лабораторных испытаний

ZIKV NS3 хеликаза связанная с РНК с предсказанными режимами связывания пяти одобренных лекарств (от нашего второго набора кандидатов) отобранных виртуальным скринингом. Эти кандидаты представлены в виде поверхностей с разными оттенками зеленого. Идентификация этих кандидатов и видео были сделаны д-ром Александром Л. Перриманом.

Мы начали этап анализа проекта, сосредоточив внимание на результатах против кристаллической структуры апо NS3 хеликазы (апо означает, что белок не был привязан ни к чему еще, например, как кофактор, ингибитор, или нуклеиновая кислота), чтобы выбрать наш первый набор кандидатов, который в настоящее время испытывается нашим сотрудником в университете Калифорнии в Сан-Диего, д-р Jair L. Сикейра-Нето, с использованием анализов на основе клеток. Хеликаза NS3 является компонентом вируса Зика, необходимым для того, чтобы вирус воспроизводил себя.

Во втором наборе результатов скрининга, которые мы недавно рассматривали, мы использовали новую кристаллическую структуру NS3 геликазы, связанную с РНК в качестве мишени (см изображения/анимацию выше). Аналогично первому набору кандидатов, мы состыковали около 7600 соединений в композиционной библиотеке, состоящей из лекарств, одобренных Администрацией пищевых продуктов и медикаментов США, препаратами, одобренными в Европейском Союзе и коллекцией клинических библиотек Национальных институтов здравоохранения США против новой РНК-связанной структуры геликазы. Ниже приведены результаты этого второго скрининга:

  • 232 соединения прошли большую коллекцию различных энергетических и интерактивных взаимодействий на основе док-фильтров и их предсказанные связывающие режимы были осмотрены и измерены в деталях.
  • Из соединений, которые были обследованы в деталях, 19 уникальных соединений прошли этот этап визуального осмотра в своих состыкованных режимах.
  • Из соединений, прошедших визуальный осмотр, 9 прошли последующую проверку, основанную на медицинской химии и будут заказаны в ближайшее время.

Состояние расчетов

В общей сложности мы провели 2,56 млрд рабочих стыковок, что включает в себя виртуальный скрининг 6 миллионов соединений против 427 различных целевых участков. Мы уже получили около 1,9 млрд этих результатов на нашем сервере. (Существует некоторый временная задержка между моментом, когда расчеты производятся на ваших добровольческих машинах и когда мы получаем результаты, так как все результаты в "пакете" из примерно 10 000 различных рабочих стыковок должны быть возвращены в World Community Grid, реорганизованы , а затем сжимаются перед отправкой их на наш сервер.)

Кроме нескольких отставших мы получили все результаты для наших экспериментов, которые включают стыковку 6-ти миллионов соединений против белков NS1, NS3 геликазы (оба участка связывания РНК и сайт АТФ) и NS5 (как РНК-полимеразы и метилтрансферазы домены). Мы в настоящее время получаем результаты наших последних экспериментов против протеазы NS2B / NS3.

Новый этап проекта

Мы только что закончили подготовку и тестирование стыковочных входных файлов, которые будут использоваться для второго этапа этого проекта. Вместо того, чтобы состыковывать 6 миллионов соединений, в скором времени мы сможем начать скрининг 30,2 миллиона соединений против этих целей. Эта новая, массивная библиотека была первоначально получена в другом типе формата от сервера ZINC15. Он представляет собой почти все "коммерчески доступное химическое пространство" (то есть, почти все лекарства из "небольшого количества молекул", как и соединений-хитов, которые могут быть приобретены у известных химических поставщиков).

Сервер ZINC15 предоставляет эти файлы как "мульти-молекулы mol2" (то есть много различных соединений содержатся в каждом "mol2" отформатированном файле). Эти файлы должны были быть переформатированы (мы использовали программу Raccoon (енот) от доктора Стефано Форли, который является частью команды FightAIDS@Home), разделяя их на отдельные mol2 файлы (1 соединение на один файл), а затем преобразовывая их во входной формат стыковки "pdbqt".

Затем мы провели тест быстрого контроля качества, чтобы убедиться, что программное обеспечение, используемое для реализации проекта, AutoDock Vina, может правильно использовать каждый pdbqt файл в качестве входных данных. Многие соединения должны были быть отклонены, потому что они имели типы атомов, которые вызывают крушение Vina (например, кремний или бор), и мы, очевидно, не хотим тратить время компьютера, который вы пожертвуете, послав расчеты, которые будут рушаться.

Путем расщепления, переформатирования и тестирования сотни тысяч соединений в день, день за днем, примерно через шесть месяцев эта массивная новая библиотека соединений готова использоваться в наших расчетах OpenZika. Без огромных ресурсов, которые волонтеры World Community Grid предоставляют для этого проекта, мы бы даже не мечтали о попытке состыковать более 30 миллионов соединений против многих различных целей от вируса Зика. Спасибо всем большое !!!

Для дополнительных сведений об этих экспериментах, пожалуйста, посетите наш веб-сайт.

публикации и кооперации

Наша статья об оставленных без внимания тропических заболеваниях в публичной научной библиотеке (PLoS), "OpenZika: Проект IBM World Community Grid для ускорения открытися лекарства от вируса Зика", была опубликована 20-го октября и ее уже просматривали более 4000 раз. Любой желающий может получить доступ и прочитать эту статью бесплатно. Еще одна исследовательская работа "Иллюстрируя и гомологически моделируя белки вируса Зика" была принята F1000Research и просмотрена > 3800 раз.

Группа из Бразилии, координируемая профессором Glaucius Олива, связалась с нами из-за нашей статья об оставленных без внимания тропических заболеваниях в PLoS, чтобы обсудить новое сотрудничество, для проверки выбранных соединений-кандидатов непосредственно на ферментативных анализах с белком NS5 вируса Зика. Они решили две кристаллические структуры с высоким разрешением ZIKV NS5, которые были недавно выпущены на PDB (Protein Data Bank) (PDB ID: 5TIT и 5U04).

Наш документ, озаглавленный "Молекулярная динамика моделирования геликазы NS3 вируса Зика: Исследования в активности связывающего участка РНК" была только что принята к публикации в специальном выпуске о флавивирусах для журнала биохимических и биофизических исследований связи. Это исследование системы геликазны NS3 помогло нам узнать больше об этой перспективной мишени для блокирования репликации Зика. Результаты помогут определить как мы анализируем виртуальные экраны, которые мы уже ставили против NS3 геликазы и сгенерировать молекулярно-динамические симуляции новых конформаций этого белка, которые мы будем использовать в качестве входных целей в новых виртуальных экранах, выполняемых нами в рамках OpenZika.

Эти статьи помогают привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.

Дополнительные новости

Мы обратились и были приняты, чтобы представить "OpenZika: Открытие Открытие кандидатов новых противовирусных против Зика вирусов и проникновения в суть динамического поведения хеликазы NS3" на 46-м Всемирном конгрессе по химии. Конференция будет проходить в Сан-Паулу, Бразилия, июля 7-14.

Д-р Шон Ekins нанял постдока и ученого мастер-уровня, который будет связан с проектом OpenZika. Кроме того, мы начали собирать литературные ингибиторы из статей Зика.

Кроме того, Д-ра. Шон Ekins и Каролина Андраде предложили купить некоторые из соединений-кандидатов, которые мы определили в виртуальных экранах из OpenZika, так что они могут быть проанализированы в следующем раунде испытаний.

Сбор средств

Доктор Алекс Перриман демонстрирует рубашку OpenZika. Прибыль от продажи товаров OpenZika идут на приобретение соединений для лабораторных испытаний. (Фото: Keith Bratcher, с позволения Rutgers University)

Спасибо всем, кто посетил наш магазин на Zazzle, чтобы проверить мерч OpenZika, такой как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши и телефонные чехлы телефона. Вся прибыль от продажи этого товара будет перечислена для покупки соединений для лабораторных испытаний. Д-ра. Алекс Перриман и Шон Ekins купили OpenZika рубашки для себя. Алекс любит версию поло стиль и он рекомендует получать белые или серые рубашки. Но избегайте красных рубашек, так как логотип OpenZika также не выделяется, особенно после того, как он вымыт (Алекс усвоил этот трудный путь).

Команда OpenZika работает на гранты от Национальных институтов здравоохранения, CNPq (бразильское финансирующее агентство) и других организаций, чтобы попытаться собрать средства для приобретения и тестирования соединений.

информационное продвижение

Мы упорно работаем над продвижением проекта и мы продолжаем искать дополнительные возможности. Ниже приведен список наших самых последних достижений.

  • Д-р Каролина Хорта Андраде прочитала одну из приглашенных лекций на 27-й периодической Неделе Института биологии в Федеральном университете Гояс, Бразилия, среди студентов-биологов и фармацевтов, а также широкой общественности под названием: «Разработка и обнаружение новых кандидатов на лекарственные средства для вируса Зика и вируса лихорадки денге и OpenZika»(ноябрь, 2016 г.).
  • Д-р Каролина Орта Андраде была избрана член-корреспондентом Бразильской академии наук. Она также выступила в Федеральном университете Минас-Жерайс, Бразилия, перед исследователями из разных областей науки и властями, в ходе которых она обсудила OpenZika (октябрь 2016 года).
  • Д-р Мелина Моттин, одна из членов команды OpenZika, представила плакат и произнесла устную презентацию под названием «OpenZika: проект открытого научного сотрудничества по выявлению кандидатов на препарат против вируса Зика» на 8-м Бразильском симпозиуме по лекарственной химии, состоявшемся в Рио-де-Жанейро, Бразилия, 27-30 ноября 2016 года.
  • Д-р Мелина Моттин также выступила с лекцией в Федеральном университете Риу-Гранди-ду-Сул, Бразилия, по программе последипломного образования по химии, в аспирантуре по химии и фармацевтике перед студентами и широкой общественностью относительно «Идентификации кандидатов на лекарства для вируса Зика с использованием виртуального скрининга и симуляции молекулярной динамики», в котором она обсуждала проект OpenZika (декабрь 2016 г.).
  • Д-р Шон Экинс посетил Национальный институт здоровья (NIH) «День редкой болезни» (27 февраля 2017 г.), а также Исследовательскую конференцию Гордона по тропическим инфекционным заболеваниям (12-17 марта 2017 г.).

Мы очень благодарны за всех добровольцев, которые пожертвовали свое неиспользованное вычислительное время для этого проекта! Большое спасибо!!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Исследовательская группа OpenZika
3 ноября 2016

Кратко:
Исследователи OpenZika готовы начать лабораторные испытания для пяти химических соединений, которые могут привести к потенциальным лекарствам. В этой новости исследовательская группа обсуждает почему поиски анти-Зика настолько важны, описывает процесс выбора лекарственных соединений для тестирования и обобщает работу, которую они и IBM сделали (пока что), чтобы опубликовать данное исследование.

история проекта

Лидеры OpenZika (слева направо) д-р Каролина Horta Andrade,
Д-р Александр Перриман и д-р Шон Ekins. Алекс одет в рубашку поло OpenZika, доступную для покупки на Zazzle.


Проект OpenZika ищет лекарственные кандидаты для лечения вируса Зика у людей, которые были инфицированы. Проект ориентирован на ключевые белки, которые вирус Зика вероятно, использует чтобы выжить и распространяться в организме. Для того, чтобы разработать анти-Zika препарат, исследователи должны определить, какие из миллионов химических соединений могут быть эффективными при вмешательстве с этими ключевыми белками. Эффективность каждого соединения испытывается в виртуальных экспериментах, называемых "расчитываемая стыковка", выполняющихся на компьютерах добровольцев World Community Grid и устройствах на Android. Эти расчеты помогают исследовательской команде сфокусироваться на наиболее вероятных соединениях, которые могут в конечном итоге привести к противовирусной терапии.

Важность поиска противовирусного препарата

Несмотря на то, что несколько лабораторий делают экраны на основе клеток с лекарствами уже утвержденными агентством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), нет почти никакого шанса у "хитовых" соединений, которые были определены до сих пор, быть одновременно достаточно мощнымии против вируса Зика и также безопасными для беременных женщин. Эти другие лаборатории выполняют "высокопродуктивный скрининг" (HTS) в условиях проведения экспериментов на практике; быстрая природа этих анализов может вызвать много "ложных отрицательных результатов" (то есть, активные соединения могут быть ошибочно приняты за липу).

В некоторых экспериментах мы также стыкуем утвержденные FDA лекарства, но кроме того, мы стыкуем препараты, одобренные в Европейском Союзе и множество "клинических кандидатов "Национального центра исследования здоровья"» (что дает нашему набору данных размер в 7600 перспективных, в отличие от только тестирования около 800 до 1500 утвержденных FDA лекарств). Кроме того, другие наши эксперименты предполагают стыковки с гораздо большим набором 6-ти миллионов различных коммерчески доступных (не так перспективных или оптимизированных) "хитовых и похожих-на-лидеров" соединений, которые могли бы заложить основу для будущих исследований по разработке лекарственных средств.

Наши виртуальные экраны также могут дать ложные отрицательные и ложные положительные результаты, но когда мы идентифицируем небольшое количество соединений-кандидатов для наших сотрудников, чтобы проверить в мокрой лаборатории клеточных анализов, их анализы могут быть выполнены с меньшим количеством материала более точным образом.

Насколько нам известно, все лаборатории все еще на долгом пути от открытия новых лекарств против Зика и все мы должны работать вместе и преследуем различные и взаимодополняющие подходы. Кроме того, основываясь на нашем опыте с тем, как другие вирусы, в конечном итоге, приобретают лекарственную устойчивость, чтобы уклониться от лекарства, миру, вероятно, нужно будет обнаружить несколько различных типов лекарств против Зика, которые могут быть использованы в комбинированной терапии, для того, чтобы замедлить развитие версии "супербактерии".

В настоящее время совершается целый ряд усилий по созданию вакцины против вируса Зика. Тем не менее, вакцины не помогают людям, которые уже имеют инфекцию. Хотя прогресс разработки вакцины был достигнут, это займет несколько лет, прежде чем они окажутся эффективными и безопасными и прежде, чем достаточно доз сможет быть массово произведено и распространено. Даже после того как одобренные вакцины станут доступными и распространены среди общественности, не все люди будут вакцинированы. Следовательно, в настоящее время и в будущем, необходимы лекарства для инфекции Зика.

Прогресс по выбору соединений для лабораторных испытаний

ZIKV NS3 хеликаза с тремя ингибиторами кандидатов, отобранных виртуальным скринингом, показанные как поверхности, способные к растворению, с различными оттенками зеленого цвета. Идентификация этих кандидатов и видео были сделаны д-ром Александром Л. Перриманом.

Мы начали этап анализа проекта, сосредоточив внимание на результатах против хеликазы кристаллической структуры apo NS3 (apo означает, что белок не был связан ни с чем, например, как кофактор, ингибитор или нуклеиновая кислота). Эта хеликаза NS3 является составной частью вируса Зика, что позволяет ему реплицироваться. В первых результатах скрининга, рассмотренных нами, около 7600 соединений в композиционной библиотеке, состоящей из утвержденных препаратов Администрацией пищевых продуктов и медикаментов США + препараты, одобренные в Европейском Союзе + коллекция клинической библиотеки американского Национального института здравоохранения были пристыкованы против этой геликазы. Ниже приведены результаты этого скрининга:

- 150 соединений прошли энергетические и взаимодействия на основе док-фильтров, а также их предсказанные связывающие режимы были осмотрены и измерены в деталях.
- Из соединений, которые были обследованы в деталях, 16 соединения прошли этот этап визуального осмотра своих состыкованных режимов
- Из соединений, прошедших визуальный осмотр, 8 прошли последующию проверку на основе медицинской химии
- 6 из них могут быть заказаны (1 стоимостью свыше $ 100,00 за миллиграмм (и нам обычно требуется по крайней мере 10 миллиграммов для процесса контроля качества и анализов) и 1 было запрещено Агентством США по борьбе с наркотиками)

Впоследствии, пять из шести соединений, приобретенных нами, прошли исследования по контролю качества для проверки их идентичности и чистоты. Эти пять соединений недавно были отправлены в Калифорнийский университет в Сан-Диего для тестирования в пробирке против вируса Зика д-ром Jair L. Сикейра-Нето, одним из исследователей для OpenZika.

Для получения дополнительной информации об этих экспериментах, пожалуйста, посетите наш веб-сайт.

Кроме того, мы в настоящее время визуально инспектируем около 260 дополнительных соединений, которые прошли больший и более разнообразный набор док-фильтров против новой РНК-связанной NS3 хеликазы кристаллической структуры (используя одну и ту же композиционную библиотеку лекарственных средств, утвержденную в США и ЕС + клинические кандидаты Национального Центра Исследования Здоровья ). Дюжина новых кандидатов были определены с тех пор.

Поиск дополнительных сотрудников

Мы ищем новых сотрудников, которые могут предоставить дополнительные навыки. В частности, мы ищем лаборатории, которые могут помочь с различными типами клеточных анализов и, в частности, в основанном на ферментах анализе вирусных белков Зика. Доктор Сикейра-Нето выполняет пару типов анализов на основе клеток, но несколько различных подходов разрабатываются для испытаний соединений против Зика (и каждый тип анализа имеет свои сильные и слабые стороны). Иметь результаты различных типов анализов полезно для оценки наших соединений-кандидатов.

Наша опубликованная в Публичной Научной Библиотеке статья о забытых тропических болезнях: "OpenZika: Проект IBM World Community Grid для ускорения поиска лекарства от вируса Зика", была опубликована 20-го октября и ее уже просматривали более 2100 раз. Другой научный документ, названный "Иллюстрируя и гомологически моделируя белки вируса Зика", как мы надеемся близок к тому, чтобы быть наконец принятым. Возможно, эти статьи помогут привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.

Сбор средств

Недавно мы создали витрину на Zazzle с логотипом OpenZika на многих различных штуковинах, таких как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши и корпуса телефонов. Zazzle определили базовую цену деталей, и мы затем установили 10% от базовой цены, как нашу "прибыль", которая будет вся пожертвована на приобретение и тестирование соединений для проекта OpenZika. В то же время, ношение одежды, имеющую логотип OpenZika логотип помогает распространению. И весело носить искусство ботаников.

Команда OpenZika работает на грантах от Национального Института Здоровья, CNPq (бразильское агенство финансирования), а также других организацияй, чтобы попытаться собрать средства на покупку и тестирование соединений.

Далее идет информация о продвижении проекта и куева туча ссылок на текстовые, аудио и видео новости с упоминанием OpenZika
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Д-р Carolina Horta Andrade
Федеральный университет де Гояс, Бразилия
19 мая 2016

Кратко:
Вирус Зика был относительно неизвестным до 2015 года, когда он сделал заголовки из-за его быстрого распространения и его связи с серьезными недостатками мозга у младенцев, рожденных от матерей, заразившимися вирусом во время беременности. Доктор Carolina Horta Andrade, главный исследователь нового проекта OpenZika, обсуждает как она и международная команда исследователей используют World Community Grid для ускорения поиска эффективного лекарства анти-Зика.


Доктор Carolina Horta Andrade, главный исследователь OpenZika

Введение

Мало кто слышал о вируса Зика до 2015 года, когда он начал быстро распространяться в Северной и Южной Америке, особенно в Бразилии. Основное распространение вируса - жёлтолихорадочными комарами, хотя сексуальное и передачей крови также возможны. В текущий момент неизвестен процент беременных женщин, заразившихся вирусом Zika и родивших детей с состоянием, названным микроцефалией, что приводит к серьезным проблемам развития мозга. В других случаях, взрослые и дети, заразившиеся вирусом Zika получили паралич и другие неврологические проблемы.

В настоящее время не существует лечения для вируса Зика и вакцина отсутствует. Учитывая, что Зика быстро стал международной проблемой общественного здравоохранения, я и моя команда работаем с исследователями здесь, в Бразилии, а также в Соединенных Штатах, чтобы искать возможности лечения, и мы используем World Community Grid для ускорения нашего проекта.

Объяснение

Мир становится все более встревожен вирусом Зика и с полным основанием. До недавнего времени было мало исследований по этой болезни, но в последние несколько месяцев они были связаны с серьезными недостатками головного мозга у некоторых детей, а также потенциальными неврологическими проблемами у детей и взрослых. Как ученый и гражданин Бразилии, которые сильно затронуты Зика, я намерена бороться с вирусом, но я и моя команда будет нуждаться в помощи волонтеров World Community Grid, чтобы обеспечить массовую вычислительную мощность, необходимую для нашего поиска лечения Зика.

Я профессор Федерального университета Гояс (УМЗ) в Бразилии, а также директор LabMol, университетской лаборатории, которая ищет лечение забытых болезней и рака. Мое поле - лекарственная и вычислительная химия с акцентом на разработке лекарственных препаратов и обнаружения забытых болезней. Впервые я заинтересовалась работой в этой области, потому что это болезни, которые не интересуют фармацевтические компании, так как они в основном влияют на маргинальные группы населения в слаборазвитых и развивающихся странах. Тем не менее, эти заболевания являются крайне изнурительными и для большинства из них не существует адекватного лечения препаратами. Бразилия является уязвимой к ряду забытых болезней, таких как лихорадка денге, малярия, лейшманиоз, шистосомоз и другие. Мое самое большое желание - найти лекарства, чтобы улучшить жизнь тысяч людей по всему миру, которые страдают от этих заболеваний.

В 2015 году я начала проект в сотрудничестве с доктором Шоном Экинсом, фармакологом с большим опытом научных исследований, чтобы сосредоточиться на разработке расчетных моделей для выявления активных соединений против вируса денге, которая является серьезным переносимым комарами заболеванием, встречающимся по всему миру. Эти активные соединения могут стать кандидатами для противовирусных препаратов. Сейчас мы находимся на стадии выбора соединений для запуска лабораторных испытаний. В январе 2016 года, когда вспышка вируса Зика в Бразилии стала тревожной, Шон и я решили расширить наше исследование денге и мы включили вирус Зика в нашу работу, так как эти два заболевания из того же семейства вирусов.

Шон пригласил меня и других сотрудников, чтобы написать детализированный документ, который был опубликован в начале 2016 года, о необходимости открытого исследования лекарственного средства для вируса Зика. Эта работа привлекла внимание научного иллюстратора Джона Либлера, который хотел сделать картину полного вириона Зика. Мы используем рисунок им созданный как иллюстративный элемент для проекта OpenZika.

Интерес Джона вдохновил нас попытаться смоделировать каждый белок у вируса Зика, что непосредственно привело к написанию прогрессивной статьи с гомологическими моделями всех белков вируса Зика. (Гомологические модели, которые являются вычислительными трехмерными визуализациями белков в организме, могут быть использованы когда структура белка экспериментально не известна, что и в случае с вирусом Зика.)

Исследовательская группа OpenZika

После этого Шон и я начали работу над вирусом Зика, он познакомил меня с World Community Grid. Шон также сотрудничал с д-ром Александром Перриманом из Университета Рутгерса, медицинской школы Нью-Джерси, который был ранее в научно-исследовательском институте Скриппса, где он играл ключевую роль в двух проектах World Community Grid: Fight AIDS@Home и GO Fight Against Malaria. Шон и Алекс оба соисследователи со мной по проекту OpenZika.

Исследовательская группа также включает в себя моих коллег по UFG, Dr. Rodolpho Braga, Dr. Melina Mottin and Dr. Roosevelt Silva; Dr. Jair L. Siqueira-Neto из Калифорнийского университета в Сан-Диего; и Dr. Wim Degrave из Фонда Освальдо Круза в Бразилии, который уже работает с World Community Grid в проекте Uncovering Genome Mysteries, наряду с прочими.

Эта большая группа сотрудников означает, что команда имеет все наборы навыков и опыта, необходимых для проведения этого исследования от начала до конца, так как некоторые из исследователей являются экспертами компьютерного моделирования в то время, как другие имеют обширный лабораторный опыт.

Наши цели

Проект OpenZika на World Community Grid направлен на выявление кандидатов препарата для лечения вируса Зика у людей, которые были инфицированы. Проект будет использовать программное обеспечение для скрининга миллионов химических соединений против белков-мишеней, что вирус Зика вероятно использует для выживания и распространения в организме человека, на основании того, что известно из подобных заболеваний, таких как вирус лихорадки денге и желтой лихорадки. Поскольку научное знание о вирусе Зика выросло в ближайшие месяцы и ключевые белки идентифицированы, команда OpenZika будет использовать новые знания для совершенствования нашего поиска.

Наша работа по World Community Grid является лишь первым шагом в более крупном проекте открытия нового препарата для борьбы с вирусом Зика. Далее мы будем анализировать данные, полученные от виртуального скрининга World Community Grid, чтобы выбрать соединения, которые показывают наибольшую перспективу. После того как мы выберем и протестируем соединения, которые могут быть эффективными в убийстве вируса Зика, мы будем публиковать наши результаты. Как только мы докажем, что некоторые из соединений-кандидатов могут на самом деле убить или отключить вирус в клеточных тестах, мы и другие лаборатории сможем тогда модифицировать молекулы для повышения их эффективности против вируса, обеспечивая при этом, что эти модифицированные соединения являются безопасными и нетоксичными.

Мы полны решимости опубликовать все результаты для общественности, как только они будут завершены, так что другие ученые могут помочь продвинуть развитие некоторых из этих активных соединений в новых лекарствах. Мы надеемся, что OpenZika будет включать в себя второй этап, на котором мы можем выполнять виртуальные скрининги на многих других соединениях.

Без этого исследования - и другие проекты, которые изучают вирус Зика - это заболевание может стать еще большей угрозой в связи с быстрым распространением вируса комарами, кровью и передачи инфекции половым путем. Связь между вирусом Зика у беременных женщин и тяжелыми заболеваниями мозга у детей может повлиять на поколение с большим чем обычно количеством людей, имеющих серьезные неврологические трудности.

И без ресурсов World Community Grid, используя только ресурсы нашей лаборатории, мы бы были только в состоянии отскринить несколько тысяч соединений против некоторых из белков Зика, или это заняло бы годы, чтобы скринить миллионы соединений против всех белков Зика. Это может серьезно ограничить наш потенциал для открытия новых лекарств.

Привлечение на свою сторону добровольцев World Community Grid позволит вычислительно оценить более 20-ти миллионов соединений только на начальном этапе (и, возможно, до 90 миллионов соединений на последующих этапах). Таким образом, запуск проекта OpenZika на World Community Grid позволит значительно расширить масштабы нашего проекта, и это увеличит скорость, с которой мы можем получить результаты к приближению появления противовирусного препарата для вируса Зика.

Работая вместе и делясь нашей работой с научным сообществом, многие другие исследователи в мире также будет иметь возможность рассматривать перспективные молекулярные кандидатов заранее, чтобы ускорить прогресс на пути победы над вспышкой Зика.

новость на англ.

Profile

Volunteer Computing ( добровольные вычисления )

July 2017

S M T W T F S
      1
2345678
9 101112131415
16171819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 20th, 2017 02:33 pm
Powered by Dreamwidth Studios