![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
Прощай, привет всем участникам OpenZika
Aug. 2nd, 2018 04:33 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
parohАвтор: Исследовательская группа OpenZika
1 августа 2018 г.
Кратко:
Анализ данных продолжается, пока команда OpenZika прощается с одним из соисследователей проекта и привлекает новых членов команды.
История проекта
Вирус Zika «эволюционировал» от глобальной чрезвычайной ситуации в области здравоохранения до долгосрочной угрозы. Ученые во всем мире продолжают изучать вирус и искать способы остановить его распространение, включая потенциальные вакцины и средства борьбы с популяцией комаров, а также ищут лечение. На момент этой новости, вакцины для вируса Зики до сих пор нет и никакого лечения нет.
Мы по-прежнему убеждены в том, что поиск эффективных методов лечения имеет решающее значение для предотвращения прилива вируса. В дополнение к проекту OpenZika несколько других лабораторий делают экраны на основе клеток с лекарствами, уже одобренными Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA). Тем не менее, ни одно из соединений, которые были идентифицированы до настоящего времени, достаточно сильно для вируса Зики и также безопасно для беременных женщин.
Изменение ролей
Доктор Александр Перриман покинет команду OpenZika. В середине августа д-р Перриман станет старшим научным сотрудником II в Repare Therapeutics, начинающей фармацевтической компании в Монреале, Квебек, Канада, которая фокусируется на открытии лекарств для лечения рака. Согласно их веб-сайту, Repare Therapeutics разрабатывает новые, прецизионные онкологические препараты для пациентов, которые нацелены на специфическую уязвимость опухолевых клеток. Такой подход объединяет идеи из нескольких областей клеточной биологии, включая восстановление ДНК и синтетическую летальность. Платформа Repare сочетает в себе проприетарный, высокопроизводительный, CRISP-способ обнаружения цели редактирования с кристаллографией белка высокого разрешения, вычислительной биологией и клинической информатикой. Они используют биологические экраны на основе CRISPR для обнаружения новых целей, имеющими «синтетическую летальность» с поражениями (мутациями), которые являются общими для разных типов раковых клеток. Синтетическая летальность означает, что целевой белок обычно не является существенным для выживаемости клеток; однако, если в этой клетке присутствует конкретное раковое поражение, только тогда этот целевой белок становится существенным. Сочетание дефектной мутации в другом месте делает эту мишень необходимой в этой раковой клетке. Поскольку эти цели не требуются для выживания здоровых клеток, эта стратегия должна иметь потенциал для снижения токсических побочных эффектов, которые могут сопровождать химиотерапию при раке.
Прощание доктора Перримана
«Я работал с командой IBM в разных проектах World Community Grid уже почти десять лет. Начиная с FightAIDS@Home, а затем GO Fight Against Malaria, и в течение последних двух лет с OpenZika, было очень приятно и огромной привилегией работать с командой IBM, учеными проекта и добровольцами, которые жертвуют свою компьютерную мощность для продвижения этих проектов, направленных на борьбу с инфекционными заболеваниями. Хотя я буду переходить от научных кругов к промышленности и от инфекционных заболеваний к раку, я буду продолжать фокусироваться на продвижении открытия лекарств, которые могут оказать значительное влияние, уменьшая страдания и улучшая здоровье человека. Команда OpenZika продолжит борьбу на этой хорошей битве без меня, и я уверен, что прогресс в борьбе с вирусом Зика будет по-прежнему производиться. Я желаю им успехов, и я благодарю всех вас за вашу огромную поддержку в течение этого последнего десятилетия».
«Мы хотели бы искренне признать самоотверженность Алекса, вклад и напряженную работу в проект OpenZika, и мы все желаем ему успехов в его новой работе. Мы все будем скучать по нему! Наша цель будет заключаться в переходе и укреплении этой прочной основы », - добавляет д-р Каролина Андраде.
Как будет обрабатываться работа и анализ данных в будущем
Доктор Мелина Моттин, научный сотрудник команды OpenZika, была подготовлена доктором Перриманом и она будет отвечать за анализ данных. Она также собирается обрабатывать подготовку файла, чтобы «кормить зверя» (то есть продолжать создавать задания для стыковки, которые вы все кранчите для нас).
Кроме того, мы будем помогать другим исследователям OpenZika, в том числе доктору Рузвельту Алвесу да Силве (Федеральный университет Гояс) и д-ру Жоао Х. Мартинсу Сене (Фонд Освальдо Крус, FIOCRUZ), чтобы справиться с огромным количеством данных, которые мы генерируем. Более того, мы наняли нового студента в Федеральном университете Гояс, Бруна Соуза, который обучается у доктора Мелины, чтобы помочь проанализировать данные.
Планы для Мелины посетить лабораторию Шона
Д-р Мелина Моттин собирается провести месяц в качестве приглашенного исследователя в лаборатории доктора Шона Экинса в Северной Каролине. Она будет работать на байесовских и случайных лесных моделях для Зики, денге и Эбола, используя общедоступные данные. Основная цель этой работы - разработать и внедрить эти модели, чтобы повысить эффективность окончательного отбора соединений для тестирования против вирусов. Например, мы хотели бы построить модель машинного обучения для Zika и родственных флавивирусов, которые могли бы помочь предсказать, какие соединения с большей вероятностью будут иметь цельноклеточную активность, что будет дополнять нашу док-станцию на основе целей в OpenZika.
Недавно были обнаружены новые ингибиторы-кандидаты
Мы закончили анализ виртуального экрана от OpenZika против протеазы ZIKV NS2B/NS3, ключевого вирусного фермента, который необходим для того, чтобы вирус созрел и образовал инфекционные вирусные частицы. 6 миллионов соединений были прикреплены к протеазе ZIKV с последующими стыковочными фильтрами на основе взаимодействия, чтобы найти соединения, которые, как прогнозировалось, хорошо состыковались с аллостерическим участком. Затем мы использовали модели машинного обучения в качестве фильтров (наш набор байесовских моделей, которые прогнозируют микросомальную стабильность печени мыши, отсутствие цитотоксичности и растворимость). Мы в конечном счете визуально осмотрели способы связывания верхних 318 соединений, и мы сузили их до 27 кандидатов. Эти кандидаты будут приобретены, а затем проанализированы нашими сотрудниками, чтобы определить их потенцию при ингибировании протеазы, а также их эффективность в клеточных тестах ZIKV.
На рисунке выше (созданом д-ром Перриманом) H-bond означает водородные связи (ключевой тип взаимодействия, который управляет как силой привязки, так и специфичностью привязки только к цели, к которой вы хотите попасть). На изображении в правом нижнем углу сферы отображаются результаты расчетов AutoLigand, которые обнаруживают сайты привязки и характеризуют «горячие точки», которые дают самое жесткое связывание. Зеленые сферы представляют собой гидрофобные взаимодействия в аллостерическом участке, красные сферы - акцепторы водородной связи, а синие сферы - доноры водородной связи.
Для получения дополнительной информации об этих экспериментах посетите наш веб-сайт.
Предстоящие публикации
Недавно у нас было два новых обзорных документа по вирусу Зика принятых для публикации. Один из них - основной обзорный документ «A-Z открытия препарата Zika», который будет опубликован в журнале Drug Discovery Today. Онлайн-версия этой статьи доступна здесь. Это всеобъемлющий обзор последних достижений в усилиях по поиску лекарств ZIKV, в которых подчеркиваются репозиционирование лекарств и методы, основанные на вычислении, в том числе недавно обнаруженные ингибиторы вирусных клеток и клеток-хозяев. Перспективные молекулярные мишени ZIKV также описаны и обсуждены, а также мишени, принадлежащие клетке-хозяину, в качестве новых возможностей для открытия препарата ZIKV. Все эти знания не только имеют решающее значение для продвижения борьбы с вирусом Зика и других флавивирусов, но также помогут научному сообществу подготовиться к следующей новой вирусной эпидемии, на которую нам придется реагировать.
Другая статья «Обнаружение вычислительных лекарств для вируса Зика» будет опубликована в ближайшее время в специальном выпуске Бразильского журнала фармацевтических наук. В этой статье мы суммируем текущие вычислительные усилия по обнаружению лекарств и их применимость к открытию препаратов против ZIKV. Мы также представляем успешные примеры использования вычислительных подходов к открытию лекарств ZIKV, включая наш проект OpenZika.
Кроме того, д-р Перриман, доктор Экинс и д-р Джоэл Фрейндлих недавно опубликовали в журнале Pharmaceutical Research статью «Наивные байесовские модели для клеточной цитотоксичности Vero». (Читайте статью здесь.) В этой статье описывается наше создание и проверка новых моделей машинного обучения, которые могут прогнозировать токсичность для клеток млекопитающих. (Клетки Vero, о которых говорится в статье, это клетки почек африканской зеленой обезьяны, которые являются одной из модельных систем, которые часто используются для первоначального анализа токсичности подобных лекарственных средств). Эти модели могут помочь нам продвинуть аспекты исследования OpenZika, и поскольку мы свободно выпускаем эти обучающие и тестовые наборы для наших моделей для сообщества, это исследование также может помочь другим лабораториям продолжить свои собственные проекты по обнаружению лекарств.
Кроме того, результаты проекта OpenZika будут представлены на 256-ом Национальном собрании ACS 19-23 августа 2018 года в Бостоне, Массачусетс, США. Д-р Мелина Моттин даст устное сообщение и представит плакат под названием «OpenZika: открытие новых антивирусных кандидатов против вируса Зики», на сессии «Хемоинформатика», целью которой является улучшение обнаружения лекарств на основе натуральных продуктов.
Прошлые публикации и образовательно-информационная кампания
Доктор Экинс представил плакат на Cell Symposia: Emerging and Re-Emerging Virus, с 1 по 31 октября 2017 года в Арлингтоне, США, под названием «OpenZika: открытие открытия новых антивирусных кандидатов против вируса зика».
Наша публикация PLoS «Забытые тропические болезни», «OpenZika: проект World Community Grid IBM для ускорения обнаружения вирусов Zika», была опубликована 20-го октября 2016 года и уже просмотрена более чем в 5200 раз. Любой человек может получить доступ и прочитать эту статью бесплатно. Другой исследовательский документ «Иллюстрирование и гомология, моделирующие белки вируса Зики», был официально принят F1000Research и просмотрен более чем в 4200 раз.
Мы также опубликовали еще один исследовательский документ, озаглавленный «Моделирование молекулярной динамики вируса зики Zika Virus NS3: анализ активности сайта связывания РНК» в специальном выпуске «Флавивирусы» для журнала «Биохимические и биофизические исследования». Это исследование системы Helicase NS3 помогло нам узнать больше об этой многообещающей цели для блокирования репликации Zika. Результаты помогут определить, как мы анализируем виртуальные экраны, которые мы выполняли против NS3 helicase, и моделирование Molecular Dynamics привело к появлению новых конформаций этой системы, которые мы использовали в качестве целей на новых виртуальных экранах, которые мы выполняли как часть OpenZika.
Новое сотрудничество
Эти статьи и презентации помогают привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.
Мы начали очень важное сотрудничество с Центром инноваций в области биоразнообразия и обнаружения лекарств (CIBFar), координирующемся профессором Глаусиусом Оливой, размещенным в Университете Сан-Паулу (США), Бразилия, Институте физики Сан-Карлоса (IFSC). Основная цель этого сотрудничества - проверить наши соединения непосредственно на ферментативных анализах с белками вируса Зика. Наши отобранные соединения тестируются, чтобы проверить, могут ли они связываться с геликазой NS3, используя метод дифференциальной сканирующей флуоресценции (DSF) и/или если они могут ингибировать АТФ-активность этого белка.
Другое сотрудничество было начато с бразильской группы, работающей над полусинтетическими и натуральными продуктами под руководством профессора Луиса Октавио Регасини из Департамента химии и экологии, Государственного университета Сан-Паулу (UNESP) и профессора Ана Каролины Гомеш Жардим, Институт биомедицинских наук, Федеральный университет Уберландии (UFU), специалист по вирусологии в области проведения фенотипических анализов (клеточные анализы) с вирусами. Они проводят скрининг библиотеки природных и синтетических соединений, которые включают флавоноиды, алкалоиды и диариламины для оценки их антивирусного потенциала против инфекции ZIKV in vitro. Для обнаруженных экспериментальных хитов мы выполняем расчеты стыковки с использованием AutoDock Vina с белками ZIKV, используя те же протоколы и модели, которые мы разработали в проекте OpenZika. Результаты этого сотрудничества написаны в исследовательском документе, который вскоре будет представлен в научный журнал для публикации.
Доктор Экинс начал сотрудничество с доктором Скоттом Ластером и Фрэнком Шолле в штате Северная Каролина для изучения флавивирусов. Они имеют доступ к клеточным анализам найденной концентрации для этих вирусов.
Новые студенты
Д-р Андраде нанял нового аспиранта, Бруна Соуза, для работы в проекте OpenZika. В марте 2018 года она начала работать в лаборатории доктора Андраде, и она с большим энтузиазмом относится к обучению и сотрудничеству с проектом.
Состояние расчетов
В общей сложности мы представили почти 5 миллиардов рабочих юнитов для стыковки, в которых задействовано 427 различных целевых участков. На наших начальных экранах использовалась более старая библиотека из 6 миллионов имеющихся в продаже соединений, и в наших текущих экспериментах используется более новая библиотека из 30,2 миллионов соединений. На наш сервер уже получено около 4,6 млрд. данных. (Как уже упоминалось в нашем последнем обновлении, существует некоторое отставание между тем, когда расчеты выполняются на ваших волонтерских машинах, и когда мы получаем результаты, так как все результаты на «пакет» из примерно 10 000 - 50 000 различных рабочих мест для доков должны вернуться в World Community Grid, быть реорганизованы, а затем сжаты, прежде чем отправлять их на наш сервер).
До сих пор более 80 000 добровольцев, которые пожертвовали свою свободную вычислительную мощность OpenZika, дали нам более чем 51 471 процессорный год для расчетов по стыковке с текущим средним значением 64,5 процессорных года в день! Большое вам спасибо за вашу помощь!
За исключением нескольких отставших, мы получили все результаты для наших экспериментов, которые включают в себя стыковку 6 миллионов соединений по сравнению с NS1, NS3-геликазой (как участком связывания РНК, так и с участком АТФ), NS5 (как РНК-полимеразой, так и доменами метилтрансферазы) и NS2B/NS3-протеазой.
Сбор средств
Спасибо всем, кто посетил наш магазин на Zazzle, чтобы проверить товары OpenZika, такие как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши, сумки для мелочи, шляпы, галстуки, подушки, брелки для ключей и телефонные чехлы, которые логотип OpenZika! Вся прибыль, которую мы получаем от продажи этого товара, будет направлена на покупку соединений для лабораторных испытаний.
Мы очень благодарны всем добровольцам, которые пожертвовали свое неиспользованное вычислительное время на этот проект! Большое спасибо!
новость на англ.
1 августа 2018 г.
Кратко:
Анализ данных продолжается, пока команда OpenZika прощается с одним из соисследователей проекта и привлекает новых членов команды.
История проекта
Вирус Zika «эволюционировал» от глобальной чрезвычайной ситуации в области здравоохранения до долгосрочной угрозы. Ученые во всем мире продолжают изучать вирус и искать способы остановить его распространение, включая потенциальные вакцины и средства борьбы с популяцией комаров, а также ищут лечение. На момент этой новости, вакцины для вируса Зики до сих пор нет и никакого лечения нет.
Мы по-прежнему убеждены в том, что поиск эффективных методов лечения имеет решающее значение для предотвращения прилива вируса. В дополнение к проекту OpenZika несколько других лабораторий делают экраны на основе клеток с лекарствами, уже одобренными Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA). Тем не менее, ни одно из соединений, которые были идентифицированы до настоящего времени, достаточно сильно для вируса Зики и также безопасно для беременных женщин.
Изменение ролей
Доктор Александр Перриман покинет команду OpenZika. В середине августа д-р Перриман станет старшим научным сотрудником II в Repare Therapeutics, начинающей фармацевтической компании в Монреале, Квебек, Канада, которая фокусируется на открытии лекарств для лечения рака. Согласно их веб-сайту, Repare Therapeutics разрабатывает новые, прецизионные онкологические препараты для пациентов, которые нацелены на специфическую уязвимость опухолевых клеток. Такой подход объединяет идеи из нескольких областей клеточной биологии, включая восстановление ДНК и синтетическую летальность. Платформа Repare сочетает в себе проприетарный, высокопроизводительный, CRISP-способ обнаружения цели редактирования с кристаллографией белка высокого разрешения, вычислительной биологией и клинической информатикой. Они используют биологические экраны на основе CRISPR для обнаружения новых целей, имеющими «синтетическую летальность» с поражениями (мутациями), которые являются общими для разных типов раковых клеток. Синтетическая летальность означает, что целевой белок обычно не является существенным для выживаемости клеток; однако, если в этой клетке присутствует конкретное раковое поражение, только тогда этот целевой белок становится существенным. Сочетание дефектной мутации в другом месте делает эту мишень необходимой в этой раковой клетке. Поскольку эти цели не требуются для выживания здоровых клеток, эта стратегия должна иметь потенциал для снижения токсических побочных эффектов, которые могут сопровождать химиотерапию при раке.
Прощание доктора Перримана
«Я работал с командой IBM в разных проектах World Community Grid уже почти десять лет. Начиная с FightAIDS@Home, а затем GO Fight Against Malaria, и в течение последних двух лет с OpenZika, было очень приятно и огромной привилегией работать с командой IBM, учеными проекта и добровольцами, которые жертвуют свою компьютерную мощность для продвижения этих проектов, направленных на борьбу с инфекционными заболеваниями. Хотя я буду переходить от научных кругов к промышленности и от инфекционных заболеваний к раку, я буду продолжать фокусироваться на продвижении открытия лекарств, которые могут оказать значительное влияние, уменьшая страдания и улучшая здоровье человека. Команда OpenZika продолжит борьбу на этой хорошей битве без меня, и я уверен, что прогресс в борьбе с вирусом Зика будет по-прежнему производиться. Я желаю им успехов, и я благодарю всех вас за вашу огромную поддержку в течение этого последнего десятилетия».
«Мы хотели бы искренне признать самоотверженность Алекса, вклад и напряженную работу в проект OpenZika, и мы все желаем ему успехов в его новой работе. Мы все будем скучать по нему! Наша цель будет заключаться в переходе и укреплении этой прочной основы », - добавляет д-р Каролина Андраде.
Как будет обрабатываться работа и анализ данных в будущем
Доктор Мелина Моттин, научный сотрудник команды OpenZika, была подготовлена доктором Перриманом и она будет отвечать за анализ данных. Она также собирается обрабатывать подготовку файла, чтобы «кормить зверя» (то есть продолжать создавать задания для стыковки, которые вы все кранчите для нас).
Кроме того, мы будем помогать другим исследователям OpenZika, в том числе доктору Рузвельту Алвесу да Силве (Федеральный университет Гояс) и д-ру Жоао Х. Мартинсу Сене (Фонд Освальдо Крус, FIOCRUZ), чтобы справиться с огромным количеством данных, которые мы генерируем. Более того, мы наняли нового студента в Федеральном университете Гояс, Бруна Соуза, который обучается у доктора Мелины, чтобы помочь проанализировать данные.
Планы для Мелины посетить лабораторию Шона
Д-р Мелина Моттин собирается провести месяц в качестве приглашенного исследователя в лаборатории доктора Шона Экинса в Северной Каролине. Она будет работать на байесовских и случайных лесных моделях для Зики, денге и Эбола, используя общедоступные данные. Основная цель этой работы - разработать и внедрить эти модели, чтобы повысить эффективность окончательного отбора соединений для тестирования против вирусов. Например, мы хотели бы построить модель машинного обучения для Zika и родственных флавивирусов, которые могли бы помочь предсказать, какие соединения с большей вероятностью будут иметь цельноклеточную активность, что будет дополнять нашу док-станцию на основе целей в OpenZika.
Недавно были обнаружены новые ингибиторы-кандидаты
Мы закончили анализ виртуального экрана от OpenZika против протеазы ZIKV NS2B/NS3, ключевого вирусного фермента, который необходим для того, чтобы вирус созрел и образовал инфекционные вирусные частицы. 6 миллионов соединений были прикреплены к протеазе ZIKV с последующими стыковочными фильтрами на основе взаимодействия, чтобы найти соединения, которые, как прогнозировалось, хорошо состыковались с аллостерическим участком. Затем мы использовали модели машинного обучения в качестве фильтров (наш набор байесовских моделей, которые прогнозируют микросомальную стабильность печени мыши, отсутствие цитотоксичности и растворимость). Мы в конечном счете визуально осмотрели способы связывания верхних 318 соединений, и мы сузили их до 27 кандидатов. Эти кандидаты будут приобретены, а затем проанализированы нашими сотрудниками, чтобы определить их потенцию при ингибировании протеазы, а также их эффективность в клеточных тестах ZIKV.
На рисунке выше (созданом д-ром Перриманом) H-bond означает водородные связи (ключевой тип взаимодействия, который управляет как силой привязки, так и специфичностью привязки только к цели, к которой вы хотите попасть). На изображении в правом нижнем углу сферы отображаются результаты расчетов AutoLigand, которые обнаруживают сайты привязки и характеризуют «горячие точки», которые дают самое жесткое связывание. Зеленые сферы представляют собой гидрофобные взаимодействия в аллостерическом участке, красные сферы - акцепторы водородной связи, а синие сферы - доноры водородной связи.
Для получения дополнительной информации об этих экспериментах посетите наш веб-сайт.
Предстоящие публикации
Недавно у нас было два новых обзорных документа по вирусу Зика принятых для публикации. Один из них - основной обзорный документ «A-Z открытия препарата Zika», который будет опубликован в журнале Drug Discovery Today. Онлайн-версия этой статьи доступна здесь. Это всеобъемлющий обзор последних достижений в усилиях по поиску лекарств ZIKV, в которых подчеркиваются репозиционирование лекарств и методы, основанные на вычислении, в том числе недавно обнаруженные ингибиторы вирусных клеток и клеток-хозяев. Перспективные молекулярные мишени ZIKV также описаны и обсуждены, а также мишени, принадлежащие клетке-хозяину, в качестве новых возможностей для открытия препарата ZIKV. Все эти знания не только имеют решающее значение для продвижения борьбы с вирусом Зика и других флавивирусов, но также помогут научному сообществу подготовиться к следующей новой вирусной эпидемии, на которую нам придется реагировать.
Другая статья «Обнаружение вычислительных лекарств для вируса Зика» будет опубликована в ближайшее время в специальном выпуске Бразильского журнала фармацевтических наук. В этой статье мы суммируем текущие вычислительные усилия по обнаружению лекарств и их применимость к открытию препаратов против ZIKV. Мы также представляем успешные примеры использования вычислительных подходов к открытию лекарств ZIKV, включая наш проект OpenZika.
Кроме того, д-р Перриман, доктор Экинс и д-р Джоэл Фрейндлих недавно опубликовали в журнале Pharmaceutical Research статью «Наивные байесовские модели для клеточной цитотоксичности Vero». (Читайте статью здесь.) В этой статье описывается наше создание и проверка новых моделей машинного обучения, которые могут прогнозировать токсичность для клеток млекопитающих. (Клетки Vero, о которых говорится в статье, это клетки почек африканской зеленой обезьяны, которые являются одной из модельных систем, которые часто используются для первоначального анализа токсичности подобных лекарственных средств). Эти модели могут помочь нам продвинуть аспекты исследования OpenZika, и поскольку мы свободно выпускаем эти обучающие и тестовые наборы для наших моделей для сообщества, это исследование также может помочь другим лабораториям продолжить свои собственные проекты по обнаружению лекарств.
Кроме того, результаты проекта OpenZika будут представлены на 256-ом Национальном собрании ACS 19-23 августа 2018 года в Бостоне, Массачусетс, США. Д-р Мелина Моттин даст устное сообщение и представит плакат под названием «OpenZika: открытие новых антивирусных кандидатов против вируса Зики», на сессии «Хемоинформатика», целью которой является улучшение обнаружения лекарств на основе натуральных продуктов.
Прошлые публикации и образовательно-информационная кампания
Доктор Экинс представил плакат на Cell Symposia: Emerging and Re-Emerging Virus, с 1 по 31 октября 2017 года в Арлингтоне, США, под названием «OpenZika: открытие открытия новых антивирусных кандидатов против вируса зика».
Наша публикация PLoS «Забытые тропические болезни», «OpenZika: проект World Community Grid IBM для ускорения обнаружения вирусов Zika», была опубликована 20-го октября 2016 года и уже просмотрена более чем в 5200 раз. Любой человек может получить доступ и прочитать эту статью бесплатно. Другой исследовательский документ «Иллюстрирование и гомология, моделирующие белки вируса Зики», был официально принят F1000Research и просмотрен более чем в 4200 раз.
Мы также опубликовали еще один исследовательский документ, озаглавленный «Моделирование молекулярной динамики вируса зики Zika Virus NS3: анализ активности сайта связывания РНК» в специальном выпуске «Флавивирусы» для журнала «Биохимические и биофизические исследования». Это исследование системы Helicase NS3 помогло нам узнать больше об этой многообещающей цели для блокирования репликации Zika. Результаты помогут определить, как мы анализируем виртуальные экраны, которые мы выполняли против NS3 helicase, и моделирование Molecular Dynamics привело к появлению новых конформаций этой системы, которые мы использовали в качестве целей на новых виртуальных экранах, которые мы выполняли как часть OpenZika.
Новое сотрудничество
Эти статьи и презентации помогают привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.
Мы начали очень важное сотрудничество с Центром инноваций в области биоразнообразия и обнаружения лекарств (CIBFar), координирующемся профессором Глаусиусом Оливой, размещенным в Университете Сан-Паулу (США), Бразилия, Институте физики Сан-Карлоса (IFSC). Основная цель этого сотрудничества - проверить наши соединения непосредственно на ферментативных анализах с белками вируса Зика. Наши отобранные соединения тестируются, чтобы проверить, могут ли они связываться с геликазой NS3, используя метод дифференциальной сканирующей флуоресценции (DSF) и/или если они могут ингибировать АТФ-активность этого белка.
Другое сотрудничество было начато с бразильской группы, работающей над полусинтетическими и натуральными продуктами под руководством профессора Луиса Октавио Регасини из Департамента химии и экологии, Государственного университета Сан-Паулу (UNESP) и профессора Ана Каролины Гомеш Жардим, Институт биомедицинских наук, Федеральный университет Уберландии (UFU), специалист по вирусологии в области проведения фенотипических анализов (клеточные анализы) с вирусами. Они проводят скрининг библиотеки природных и синтетических соединений, которые включают флавоноиды, алкалоиды и диариламины для оценки их антивирусного потенциала против инфекции ZIKV in vitro. Для обнаруженных экспериментальных хитов мы выполняем расчеты стыковки с использованием AutoDock Vina с белками ZIKV, используя те же протоколы и модели, которые мы разработали в проекте OpenZika. Результаты этого сотрудничества написаны в исследовательском документе, который вскоре будет представлен в научный журнал для публикации.
Доктор Экинс начал сотрудничество с доктором Скоттом Ластером и Фрэнком Шолле в штате Северная Каролина для изучения флавивирусов. Они имеют доступ к клеточным анализам найденной концентрации для этих вирусов.
Новые студенты
Д-р Андраде нанял нового аспиранта, Бруна Соуза, для работы в проекте OpenZika. В марте 2018 года она начала работать в лаборатории доктора Андраде, и она с большим энтузиазмом относится к обучению и сотрудничеству с проектом.
Состояние расчетов
В общей сложности мы представили почти 5 миллиардов рабочих юнитов для стыковки, в которых задействовано 427 различных целевых участков. На наших начальных экранах использовалась более старая библиотека из 6 миллионов имеющихся в продаже соединений, и в наших текущих экспериментах используется более новая библиотека из 30,2 миллионов соединений. На наш сервер уже получено около 4,6 млрд. данных. (Как уже упоминалось в нашем последнем обновлении, существует некоторое отставание между тем, когда расчеты выполняются на ваших волонтерских машинах, и когда мы получаем результаты, так как все результаты на «пакет» из примерно 10 000 - 50 000 различных рабочих мест для доков должны вернуться в World Community Grid, быть реорганизованы, а затем сжаты, прежде чем отправлять их на наш сервер).
До сих пор более 80 000 добровольцев, которые пожертвовали свою свободную вычислительную мощность OpenZika, дали нам более чем 51 471 процессорный год для расчетов по стыковке с текущим средним значением 64,5 процессорных года в день! Большое вам спасибо за вашу помощь!
За исключением нескольких отставших, мы получили все результаты для наших экспериментов, которые включают в себя стыковку 6 миллионов соединений по сравнению с NS1, NS3-геликазой (как участком связывания РНК, так и с участком АТФ), NS5 (как РНК-полимеразой, так и доменами метилтрансферазы) и NS2B/NS3-протеазой.
Сбор средств
Спасибо всем, кто посетил наш магазин на Zazzle, чтобы проверить товары OpenZika, такие как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши, сумки для мелочи, шляпы, галстуки, подушки, брелки для ключей и телефонные чехлы, которые логотип OpenZika! Вся прибыль, которую мы получаем от продажи этого товара, будет направлена на покупку соединений для лабораторных испытаний.
Мы очень благодарны всем добровольцам, которые пожертвовали свое неиспользованное вычислительное время на этот проект! Большое спасибо!
новость на англ.
