Зачем? Например, в версии из репов не определяется драйвер видеокарты.

git clone https://github.com/BOINC/boinc boinc
cd boinc
./_autosetup
./configure --disable-server --enable-optimize
make -j N (где N - число ядер процессора)
cd packages/generic/sea/
make -j N

Исполняемые файлы boinc и boincmgr должны появиться в директории sea/BOINC.

Чтобы обновить и пересобрать сначала набрать.
cd boinc
git pull
make clean

Более полная инфа тут и тут.