пионерим новые техники в борьбе с ВИЧ

[thundersnatch.livejournal.com]

"Команда за FightAIDS@Home запускает 2-й этап проекта, используя более точный инструмент моделирования, чтобы помочь им определить, какие результаты из первого этапа заслуживают дальнейшего изучения. Этап 2 будет также применять этот метод анализа в беспрецедентных масштабах, что в случае успеха может принести пользу медицинских исследований не только в отношении ВИЧ, но и многих других заболеваний.

Были некоторые удивительные достижения в борьбе с вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ-инфекции), в том числе методов лечения, которые улучшили и удлинили миллионы жизней. Но борьба продолжается - ВИЧ постоянно мутирует, и, по мере того как это делает, развивает устойчивость к существующим методам лечения. С десятками миллионов людей в настоящее время живущих с ВИЧ, и миллионами ежегодно заражающихся, поиск более эффективных методов лечения ВИЧ-инфекции так же критичен, как всегда. Наша команда поэтому запускает новую фазу исследований ВИЧ, чтобы развить успех первого этапа и более точно проанализировать наиболее перспективные кандидаты на лекарства из найденных нами до сих пор.

В течение почти десяти лет, FightAIDS@Home способствовал этой борьбе, исследуя различные способы обезвреживания вируса. Участники World Community Grid предоставили моей команде беспрецедентное количество вычислительной мощности, что позволило нам исследовать огромное количество потенциальных лекарств. На сегодняшний день добровольцы осуществили более 20 миллиардов сравнений между химическим веществами-кандидатами и различными участками связывания на вирусе. Попутно, наша команда улучшила инструменты, используемые в борьбе, развивая - и проверяя - программные средства для моделирования химического связывания и открывая новые потенциальные участки связывания для лекарств, чтобы атаковать. Эти инструменты даже поддержали другие медицинские исследования, как на World Community Grid так и в других местах.

Массовый успех FightAIDS@Home также поставил новую задачу: тысячи потенциальных "хитов" (химических веществ, которые могли бы служить основой эффективных лекарств) - горсточку которых мы синтезировали для дополнительного тестирования. Но потому что их так много, синтезирование и лабораторное тестирование всех этих химических веществ слишком дорого и отнимает много времени. Теперь проект нуждается в новом вычислительном методе, чтобы перепроверить многообещающие результаты первого этапа и гарантировать, что только самые тщательно проверены и вероятные кандидаты соединения перейдут на доследование. Этап 2 FightAIDS@Home рассмотрит обе эти цели: уточнение результатов фазы 1 и проверки технологии, необходимой, для созданияь более точного моделирования.

В частности, второй этап использует новую технику анализа под названием BEDAM (Binding Energy Distribution Analysis Method), который реализуется с помощью программного обеспечения под названием "Academic IMPACT" разработанного нашими коллаборационистами в Университете Темпл. BEDAM доказал свою эффективность при проведении более точного моделирования в вычислительных конкурсах, но благодаря волонтерам World Community Grid, теперь у нас есть возможность применять его для анализа молекул в беспрецедентных масштабах. Это важно, поскольку в случае успеха эти методы могут быть применены к другим поискам новых лекарственных препаратов, помимо ВИЧ.

Второй этап более радикален, чем предполагает его название - волонтеры World Community Grid имеют возможность помочь нам проверить новую перспективную исследовательскую парадигму, которая может помочь в поиске лечения для многих заболеваний, а не только ВИЧ.
...
Доктор Артур Олсон
Профессор, исследовательского института Скриппса"

Статья полностью. (англ.)