Volunteer Computing ( добровольные вычисления )

Smash Childhood Cancer и Help Stop TB завершили свою фазу с WCG и предоставляют нам последние новости.

---

Проекты: Помогите остановить туберкулез, разгромите детский рак

---

Опубликовано: 26 ноября 2024 г.

Доктор Келлер из проекта Smash Childhood Cancer написал нам:

"Институт развития детской онкологической терапии благодарен Volunteers of the World Community Grid за возможность реализации проектов в сотрудничестве с доктором Тюдзи Хосино из Университета Тиба.

Самым ярким моментом этого сотрудничества стало то, что наш проект теперь является частью проекта Cancer Research UK Cancer Grand Challenge KOODAC стоимостью 25 млн долларов США с MIT, Institut Curie, University of Dundee, Nurix Therapeutics и другими по разработке терапевтических средств для лечения детской саркомы на основе белковых деградаторов.

Программа Smash Childhood Cancer WCG также стала научной основой нескольких проектов летних стажировок, продвигая методы лечения детского рака и готовя разнообразную группу молодых людей к карьере в области науки и медицины".

Всего наилучшего команде в их будущих исследованиях.

Доктор Крофт из проекта Help Stop TB написала нам:

Хотя проект в последнее время не был активен для новых расчетов, мы работали за кулисами, чтобы завершить расчеты, которые у нас есть, и подготовиться к сообщению результатов. Это включало изучение новых методологий XAI (объяснимый ИИ — не методы «черного ящика», а те, которые говорят нам о том, почему принимаются решения) для обработки наших отличительных наборов данных. Поскольку миколовые кислоты уникальны по своему поведению среди молекул, изученных в литературе на сегодняшний день, это означало больше работы, чем ожидалось, но мы надеемся вскоре проанализировать все с помощью новых методов.

Более того, мы искали, как повторно применить некоторые из этих методов к аналогичным сложным системам в других новых проектах группы, таких как применение к новым биологическим препаратам, чтобы лучше понять их свойства и оптимизировать производство — следите за этим пространством.

Однако в текущем проекте, похоже, мы не сможем запустить новые расширенные системы для следующего этапа в те сроки, на которые мы изначально рассчитывали. Поэтому мы приняли решение отложить новые расчеты до тех пор, пока у нас не появится выделенный исследователь, который будет контролировать работу, а мы сосредоточимся на завершении того, что у нас есть.

Между тем, мы хотели бы поблагодарить всех волонтеров, которые были с нами в течение последних многих-многих лет, и их неизменную поддержку проекта. Мы надеемся, что сможем предоставить вам подробную информацию о результатах и ​​последствиях вашего вклада в ближайшем будущем."

Мы желаем команде доктора Крофт всего наилучшего в их будущих начинаниях.

на англ.

Новые рабочие юниты SCC сосредоточены на новых мишенях для лекарств для EWS-FLI-1.

---

Проект: Разбить детский рак

---

Опубликовано: 21 апр 2023 г.

Предистория

Проект Smash Childhood Cancer направлен на поиск лучших лекарств, нацеленных на ключевые молекулы рака у детей. Этому исследованию помогли тысячи членов World Community Grid по всему миру, которые пожертвовали этому проекту более 48 тысяч процессоро-лет. Благодаря их помощи команда смогла разработать лекарства от нескольких типов рака, таких как нейробластома (рак нервных тканей), гепатобластома (рак печени), остеосаркома (рак костей) и, совсем недавно, саркома Юинга, в невероятном темпе.

Новости о рабочих юнитах SCC

Команда SCC начала исследование новой мишени под названием FLI-1, гена, который контролирует пролиферацию, дифференцировку и выживание клеток. При слиянии с EWSR1 комбинированный белок EWS-FLI-1 является важным фактором роста клеток саркомы Юинга. Создание контрмер против FLI1 в виде ингибиторов может привести к излечению саркомы Юинга в будущем. Для получения дополнительной информации прочитайте нашу предыдущую статью об про SCC.

Мы рады сообщить, что с сегодняшнего дня мы смогли сделать новые рабочие юниты SCC доступными для волонтеров. Команда SCC поделилась с нами этим заявлением о природе этих рабочих юнитов:

В Детском институте развития терапии рака мы очень рады работать с доктором Тюдзи Хосино из Университета Тиба в рамках международного сотрудничества World Community Grid.

В нашем проекте уже были рассчитаны:

1. ингибитор белка PAX-FOXO1, вовлеченного в иногда смертельный рак мышц у детей, рабдомиосаркому. Результаты этого проекта и запланированные последующие исследования недавно были рассмотрены NIH и получили очень положительную оценку гранта.


2. ингибитор фактора транскрипции CREB при раке подростков и молодых взрослых, светлоклеточной саркоме. Наша связанная с этим работа с нашими коллегами из Atomwise была недавно опубликована в British Journal of Cancer. Работа WCG расширяет эту программу открытия лекарств.


3. ингибитор остеопонтина, прометастазирующий фактор многих видов рака у детей и взрослых.


4. ингибитор белка TrkB детского рака нервной системы, нейробластомы.

Новые рабочие единицы:

1. связывающие соединения для белка FLI1, обнаруженные в раковых опухолях саркомы Юинга,


2. связывающие соединения для мутантного белка MyoD1, обнаруживаемого при неблагоприятном прогнозе склерозирующего рака и рабдомиосаркомы из веретенообразных клеток, и


3. связывающие соединения для белка KLF15, обнаруженные в неизлечимой детской и взрослой раковой миоэпителиальной карциноме.

Спасибо команде SCC за то, что поделились этим с нами. Мы с нетерпением ждем новых научных новостей по мере продвижения исследований. Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили.

команда WCG

на англ.

Проект SCC вступил в следующую фазу исследований и были подготовлены новые рабочие единицы для перезапуска BOINC.

---

Проект: Разбить детский рак

Опубликовано: 22 марта 2023 г.

---

Предистория

В то время как белки и другие молекулы, которые играют ключевую роль в развитии рака у детей, были идентифицированы, поиск кандидатов в химические соединения (лекарства), которые могут воздействовать на эти молекулы и изменять их функцию, является длительным процессом. Используя вычислительную мощность WCG, команда Smash Childhood Cancer смогла найти миллионы лекарств-кандидатов для возможного клинического применения.

Проект работал с перерывами, выявляя возможные кандидаты в лекарства, а затем тестируя их в лаборатории. По состоянию на декабрь 2020 года волонтеры WCG пожертвовали команде SCC 48 000 часов вычислений. С тех пор команда была занята проверкой полученных результатов (см. последние новости).

Новости за март 2023 г.

Мы рады поделиться новостью от команды Smash Childhood Cancer о начале нового этапа в их стремлении вылечить рак. Новым целевым белком является MyoD1 (белок миогенной дифференцировки 1) и одна из его мутаций, L122R. MyoD1 представляет собой фактор транскрипции, который активирует специфичные для мышц гены и участвует в переключении между ростом клеток и дифференцировкой клеток. Потеря контроля над этим переключателем может вызвать образование рабдомиосарком.

L122R — это мутация, часто встречающаяся при рабдомиосаркоме, и она связана с худшим прогнозом. Учитывая кристаллическую структуру, хранящуюся в базе данных белков, цель состоит в том, чтобы найти соединения, которые действуют на мутантный тип, но не действуют на дикий тип.

Для помощи в поиске были подготовлены новые рабочие единицы SCC, и волонтеры, которые следят за этим проектом, смогут загрузить их, как только мы перезапустим BOINC после сбоя хранилища.

Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу поддержку, терпение и понимание.

команда WCG

на англ.

Краткие новости исследования от команды Smash Childhood Cancer

---

Проект: Разбить детский рак

---

Опубликовано: 27 июля 2022 г.

Уважаемые волонтеры, мы получили важные новости исследования от команды Smash Childhood Cancer, которыми хотели бы поделиться с вами! В процессе перезапуска исследователи из SCC усердно работали над открытием новых способов предотвращения рака у детей и мы не можем дождаться, чтобы помочь им в их исследованиях в ближайшее время. Вот чем они поделились с нами:

«β-катенин (CTNNB1) является важной частью сигнального пути Wnt/β-катенина, который участвует в регуляции эмбрионального развития и поддержании органов и тканей. Активация сигнального каскада Wnt/β-catenin ингибирует деградацию β-catenin, что, в свою очередь, стимулирует транскрипцию нижестоящих генов-мишеней.

Аномальная активация передачи сигналов β-катенина обнаруживается более чем в 70% случаев колоректального рака и нескольких детских опухолей, таких как гепатобластома и краниофарингиома. Активированный β-катенин способствует пролиферации, выживанию и миграции раковых клеток.
Следовательно, исследователи пытались использовать стратегии нацеливания на β-катенин, но пока нет определенных эффективных вариантов. Выявление специфических ингибиторов доменов, связывающих белок β-катенин, является одним из наших проектов в рамках программы Smash Childhood Cancers. Тюдзи Хосино синтезировал более 150 химических соединений, нацеленных на сайты связывания β-катенина, на основе информации, полученной из массивной компьютерной сети, пожертвованной добровольцами. Чинг Лау и Годфри Чан проверяли активность некоторых новых соединений in vitro и in vivo с целью возможного клинического применения в будущем».


Адаптировано из Bubus 12, Википедия (июнь 2013 г.)

Спасибо за чтение!

Команда World Community Grid

на англ.

Команда продвигается в своих усилиях по проверке соединений, ингибирующих молекулы, играющие важную роль в наиболее частых детских раковых заболеваниях.

Проект: Разбить детский рак

Опубликовано: 7 февраля 2022 г.


Предистория
Исследовательская группа Smash Childhood Cancer определила белки и другие молекулы, которые играют ключевую роль в развитии наиболее распространенных видов рака у детей. Задача сейчас состоит в том, чтобы найти кандидаты в лекарства, которые специально нацелены на эти ключевые молекулы и, следовательно, контролируют раковые клетки.


Новости анализа данных

С прошлого года команда SCC анализирует данные, рассчитанные на WCG, а также синтезирует и тестирует приоритетные соединения.
Ниже приведены некоторые из наиболее многообещающих белков, которые участвуют в развитии по крайней мере одного типа рака у детей.


Опухоль зародышевых клеток - проект PRDM14

Опухоли зародышевых клеток представляют собой уникальную группу опухолей, которые возникают в гонадах и внегонадных локализациях. Один тип внегонадной герминогенной опухоли возникает в головном мозге. Текущее лечение опухолей зародышевых клеток головного мозга может вызывать множество побочных эффектов, поэтому мы хотели определить новую терапию для этой группы пациентов. В этом проекте мы нацелены на белок PRDM14 и его партнера CBFA2T2.

Обычно PRDM14 присутствует только у раннего плода и требует, чтобы CBFA2T2 помогал выполнять его функцию. Однако некоторые опухоли, такие как опухоли зародышевых клеток, экспрессируют PRDM14 и CBFA2T2.
Мы проводили испытания in vitro доступных соединений, которые, как было предсказано, нарушают взаимодействие PRDM14-CBFA2T2. На данный момент мы проверили 16 соединений на их способность убивать линии опухолевых клеток зародышевых клеток. Два соединения показали многообещающие результаты и проходят дальнейшие испытания.


Разработка лекарств от опухолей типа EWSR1

Эти типы опухолей представляют собой очень специфическую мутацию, которая объединяет EWSR1 с фактором транскрипции, что делает их более активными, чем они должны быть.
В лаборатории Келлера на cc-TDI.org есть активные ингибиторы, и сейчас они проверяют, есть ли у них какие-либо нежелательные, нецелевые эффекты.


Ингибиторы TrkB для детской нейробластомы

Нейробластомы возникают в некоторых незрелых нервных клетках и чаще всего поражают младенцев и детей младшего возраста.

Один из предшественников лекарств доктора Хошино обладает специфической активностью в отношении опухолевых клеточных линий (он не нацелен на клетки, не экспрессирующие TrkB), при тестировании в лаборатории cc-TDI.org. Проверочные исследования этих многообещающих результатов продолжаются.


Ингибиторы PAX-FOXO1 при детской рабдомиосаркоме

Лаборатория Келлера на cc-TDI.org совершенствует новый проверочный анализ одного многообещающего соединения-ингибитора.

Доктор Чен также завершает разработку дизайна клинических испытаний Entinostat в Гонконгском университете.
________________________________________


Текущее состояние рабочих единиц
Приостановлено


Щелкните здесь, чтобы узнать больше о ежемесячных новостях проекта World Community Grid.

20 августа 2021 г.

Краткое содержание

Исследователи продолжают и расширяют свои лабораторные испытания, ища дополнительное финансирование.

---

Предистория

Исследовательская группа Smash Childhood Cancer определила белки и другие молекулы, играющие ключевую роль в определенных детских раковых заболеваниях. Теперь задача состоит в том, чтобы найти химические препараты-кандидаты, которые специально нацелены на эти ключевые молекулы и, следовательно, контролируют раковые клетки.

Правительство Японии запрашивает информацию у доктора Накагавары

Правительство Японии недавно обратилось к доктору Акире Накагавара, главному исследователю проекта «Помогите в борьбе с детским раком» и ведущему исследователю этого проекта, с просьбой внести свой вклад в предлагаемое национальное исследование детского рака.

Обновления анализа данных

С начала этого года исследователи анализируют данные, полученные в ходе работы над World Community Grid.

Ниже приведены ключевые белки, для которых у нас есть новости в этом месяце. Каждый из этих белков участвует в развитии по крайней мере одного типа рака у детей.

---

Бета катенин
Исследователи продолжают тестирование двух многообещающих соединений, которые были упомянуты в обновленной информации за прошлый месяц как проявляющие активность с этим белком.

Остеопонтин
Биохимик, которого пригласили помочь с тестированием этого белка, теперь использует новые инструменты, чтобы помочь с тестированием аффинности (это тип тестирования, обычно используемый при открытии лекарств, чтобы помочь уточнить первоначальные результаты).

TrkB
После последнего ежемесячной новости исследователи подали заявку на грант в Национальный институт рака, чтобы помочь профинансировать дальнейшие исследования этого белка.

---

Примечание: лабораторное тестирование соединений на эффективность обычно требует нескольких этапов, каждый из которых может занять не менее нескольких месяцев.

Текущее состояние рабочих единиц

Приостановлено

Щелкните здесь, чтобы узнать больше о ежемесячных обновлениях проекта World Community Grid.

на англ.

19 мая 2021 г.

Краткое содержание

Исследователи недавно подали заявки на гранты, для поддержки дальнейших лабораторных испытаний.

---

История проекта

Исследовательская группа Smash Childhood Cancer определила белки и другие молекулы, играющие ключевую роль в определенных детских раковых заболеваниях. Теперь задача состоит в том, чтобы найти химические препараты-кандидаты, нацеленные на эти ключевые молекулы и, следовательно, контролирующие раковые клетки.

Продолжающийся анализ данных

С начала этого года исследователи анализируют данные, полученные в ходе работы с World Community Grid.

Ниже приведены ключевые белки, про которые у нас есть новые новости. Каждый из этих белков участвует в развитии по крайней мере одного типа рака у детей.

---

Бета катенин
Раннее тестирование трех соединений, упомянутых ранее в этом году, является многообещающим. Исследователи считают, что у них достаточно исходных данных, чтобы начать писать о своих открытиях. (Этот процесс может занять год или дольше.)

PRDM14
Исследователи недавно подали заявку на грант, чтобы помочь профинансировать дальнейшие исследования по этой цели. Они надеются получить ответ от источника финансирования к концу этого лета.

ТркБ (НТРК2)
Исследователи недавно подали заявку на грант для дальнейшего финансирования исследования этой цели.

---

Примечание: Лабораторное тестирование соединений на эффективность обычно требует нескольких этапов, каждый из которых может занять не менее нескольких месяцев.

Текущее состояние рабочих единиц

Приостановлено

Щелкните здесь, чтобы узнать больше о ежемесячных обновлениях проекта World Community Grid.

на англ.

18 марта 2021 г.

Краткое содержание

Исследователи продолжают лабораторные испытания лекарств-кандидатов, которые могут быть эффективны против белков и других молекул, играющих ключевую роль в определенных видах рака у детей.

---

Предистория

Исследовательская группа Smash Childhood Cancer определила белки и другие молекулы, которые играют ключевую роль в определенных детских раковых заболеваниях. Теперь задача состоит в том, чтобы найти химические препараты-кандидаты, которые специально нацелены на эти ключевые молекулы и, следовательно, контролируют раковые клетки.

Анализ данных

Исследовательская группа продолжает анализировать данные предыдущих этапов работы над World Community Grid.

Ниже приведены ключевые белки, которые были исследованы на данный момент и по которым у нас есть новые обновления. Каждый из перечисленных белков участвует в развитии по крайней мере одного типа рака у детей.

---

Бета катенин
Исследовательская группа решила продолжить дальнейшие испытания трех соединений, которые показали себя многообещающими в отношении белка бета-катенина. *

Остеопонтин
Продолжаются испытания нескольких соединений, которые могут быть эффективными для воздействия на этот белок. *

PAX3: FOX01
Исследователи проводят лабораторные испытания соединения, которое может эффективно воздействовать на этот белок. *

* Лабораторное тестирование соединений на эффективность обычно требует нескольких этапов, каждый из которых может занять не менее нескольких месяцев.

Текущее состояние рабочих единиц

Проект приостановлен

Щелкните здесь, чтобы узнать больше о ежемесячных новостях проекта World Community Grid.

на англ.

19 нояб.2020 г.

Краткое содержание:

Рабочие единицы для последней цели по детскому раку почти завершены, и проект будет приостановлен, пока исследователи определят своё следующее направление работы.



Предистория

За последние 20 лет только небольшое количество новых лекарств, предназначенных для лечения рака у детей, было одобрено Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США. Половина всех химиотерапевтических методов лечения детей больных раком существует уже 25 или более лет.

Исследовательская группа Smash Childhood Cancer определила белки и другие молекулы, играющие ключевую роль в определенных детских раковых заболеваниях. Теперь задача состоит в том, чтобы найти химические препараты-кандидаты, которые специально нацелены на эти ключевые молекулы и, следовательно, контролируют раковые клетки.

Близится к завершению последняя цель в World Community Grid

Текущий раунд работы над World Community Grid сосредоточен на гене под названием EWSR1. Этот ген играет важную роль в развитии саркомы Юинга, редкого детского рака, который обычно начинается в кости или в мягких тканях вокруг кости и может распространяться на легкие или другие кости.

Работа была завершена быстрее, чем мы думали (см. ниже последнюю оценку запаса работы). Сейчас мы предполагаем, что текущая работа, доступная для загрузки, будет разослана волонтерам в ближайшие несколько дней, и на ее обработку уйдет до двух недель.

Как только все рабочие единицы для EWSR1 будут завершены, проект приостановится, пока исследовательская группа завершит свое решение по другой новой цели и построит новые рабочие единицы. У нас пока нет графика повторного запуска, но мы сообщим всем, как только у нас есть больше информации от исследователей.

Спасибо всем, кто вкладывал вычислительные ресурсы в вычисления, помогающие понять ген EWSR1.

Текущее состояние рабочих единиц

• Доступно для скачивания: 2 пакетов данных


• В процессе: 100 пакетов данных (10 000 000 рабочих единиц)


• Выполнено: 3967 пакетов данных
  41 пакетов данных за последние 30 дней
  В среднем 1,36 пакетов данных в день


• Предполагаемый запас работы: 2-3 дня (по состоянию на 19 ноября)

Щелкните здесь, чтобы узнать больше о ежемесячных обновлениях проекта World Community Grid.

на англ.

16 октября 2020 г.

Кратко

Проект Smash Childhood Cancer возобновил работу над World Community Grid с целью изучения гена, который участвует в развитии многих сарком. Мы также приветствуем доктора Джоанну Гелл в исследовательской группе.


Предистория

За последние 20 лет только небольшое количество новых лекарств, предназначенных для лечения рака у детей, было одобрено Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США. Более половины всех химиотерапевтических методов лечения детей, больных раком, существуют уже 25 или более лет.

Исследовательская группа Smash Childhood Cancer определила белки и другие молекулы, которые играют ключевую роль в определенных детских раковых заболеваниях. Теперь задача состоит в том, чтобы найти химические препараты-кандидаты, которые специально нацелены на эти ключевые молекулы и, следовательно, контролируют раковые клетки. Вы можете узнать об основных молекулах, изученных проектом, в наших новостях за июнь 2018 и март 2020 года.

Smash Childhood Cancer недавно был перезапущен, на этот раз он сосредоточен на ключевом гене EWSR1, который описан ниже.

В кругу семьи: обнаружение ахиллесовой пяты, общей для многих сарком

Саркома Юинга - редкий вид рака, который чаще всего поражает детей и подростков. Этот тип рака обычно начинается в кости или в мягких тканях вокруг кости и может распространяться на легкие или другие кости. Одним из ключевых участников саркомы Юинга является ген под названием EWSR1. Он может сливаться с широким спектром генов, что приводит не только к саркоме Юинга, но и к другим редким опухолям в детстве. Мы называем их семейством опухолей, связанных с саркомой Юинга.

Среди семейства раковых заболеваний мягких тканей, связанных с саркомой Юинга, EWSR1 слит с геном из другого семейства, известного как гены, связанные с CREB. (Примеры генов, связанных с CREB, включают сам CREB1 или ATF1 при светлоклеточной саркоме; и CREB3L1 или CREB3L2 при склерозирующей эпителиоидной фибросаркоме). Они не поддаются лечению, если их нельзя полностью удалить.

Слияния EWSR1-CREB создают ложный фактор транскрипции, который связывает ДНК и неправильно включает гены. Слияния EWSR1-CREB необходимы и достаточны для управления опухолями.

Но можем ли мы остановить эти слитные гены? Белок EWSR1 неструктурирован и отказывается иметь определенную форму, в то время как CREB1 более легко структурирован. Кроме того, известно, что общие области, общие для белков CREB1, ATF1, CREB3L1 или CREB3L2, связываются с TORC2, белком, который играет важную роль в развитии рака.

Двое из исследователей Smash Childhood Cancer, доктор Тюдзи Хосино и доктор Чарльз Келлер, работают над разработкой небольшой молекулы, которая нарушает взаимодействие TORC2-CREB1 и, предположительно, нарушит вышедшую из под контроля программу слияния гена EWSR1-CREB1, способствующей развитию этой группы раковых заболеваний.

Доктор Годфри Чан, главный исследователь проекта, недавно опубликовал статью (которую вы можете прочитать здесь), где обсуждается EWSR1 при детском раке.

Добро пожаловать к доктору Джоанне Гелл

Джоанна Гелл, доктор медицины

Джоанна Гелл, доктор медицины, доцент Школы медицины Университета Коннектикута и Детского медицинского центра Коннектикута, Центра рака и заболеваний крови. Она также является научным сотрудником лаборатории геномной медицины Джексона.

Как врач, который лечит детей и молодых людей с онкологическими заболеваниями, доктор Гелл ставит своей целью найти способы успешного лечения рака без всех острых и долгосрочных токсических эффектов, которые часто возникают при лечении. Ее исследования направлены на понимание биологии редких опухолей, таких как опухоли половых клеток. Кроме того, доктор Гелл прошла обучение в области биологии стволовых клеток и использования стволовых клеток для моделирования развития рака.

В 2019 году она присоединилась к доктору Чинг Лау, еще одному исследователю Smash Childhood Cancer, в Детском медицинском центре Коннектикута и Лаборатории геномной медицины Джексона, где она работает с опухолями зародышевых клеток, уделяя особое внимание внутричерепным опухолям зародышевых клеток.

Спасибо всем, кто поддерживает Smash Childhood Cancer.

на англ.