![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingратов
Автор: исследовательская группа FightAIDS@Home
1 июля 2020 г.
Аннотация
Белок под названием капсид ВИЧ-1 (CA), имеющий решающее значение для репликации ВИЧ, может иметь некоторые недавно обнаруженные уязвимости.
Общие сведения о FightAIDS@Home - Phase 1
Многие люди живут с вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) и не заболевают на протяжении множества лет. Однако, поскольку человеческое тело не может генерировать антитела, которые могут уничтожить ВИЧ, он может медленно заражать ключевые клетки иммунной системы и нарушать их функцию или даже разрушать их. В конце концов, ВИЧ-инфекция приводит к прогрессирующему истощению иммунной системы человека, что приводит к синдрому приобретенного иммунодефицита (СПИД). Говорят, что иммунная система является дефицитной, когда она больше не может выполнять свою роль в борьбе с инфекциями и раком.
ВИЧ трудно остановить, потому что, когда он размножается, он не делает это идеально и, следовательно, постоянно меняется. Ученые интенсивно изучают ВИЧ, чтобы найти способы остановить развитие СПИДа. Проект FightAIDS@Home был создан для поиска лекарств, которые могут отключить ключевой этап в жизненном цикле ВИЧ - в частности, путем блокировки протеазы ВИЧ-1.
Блокирование ВИЧ-протеазы
Белки являются основными строительными блоками во всех жизненных функциях. Белки представляют собой длинные цепочки из более мелких молекул, называемых аминокислотами. Ферменты - это особые виды белков, которые ускоряют биохимические реакции. Протеаза (произносится как «про-ти-эйс») представляет собой фермент, способный разрезать белки в некоторой точке вдоль аминокислотной цепи. Хотя только небольшой процент всех белков в организме являются протеазами, они очень важны для правильного функционирования его жизненных процессов.
Не все протеазы хороши. ВИЧ производит и использует особую протеазу, протеазу ВИЧ-1, которую он использует для производства различных белков вируса.
Это то, где лиганды играют важную роль. Лиганды - это маленькие молекулы, приходящие извне клетки, которые прикрепляются или «связываются» с карманами в белках. Вы можете думать о связывании лиганда с его рецептором как о ключе, вставленном в замок. Проект FightAIDS@Home специально искал лиганды (лекарства), которые могут присоединяться к рецептору протеазы ВИЧ-1 таким образом, чтобы блокировать его способность функционировать в качестве фермента. Это предотвращает дальнейшее распространение вируса в организме и развитие в СПИД. Молекулы, которые блокируют протеазу ВИЧ, называются «ингибиторами протеазы».
Потенциальные новые цели для противовирусных препаратов
Белок, называемый капсидом ВИЧ-1 (CA), является структурным белком, критическим для цикла репликации вируса, так как он охватывает вирусный геном. Его вовлечение как на ранней, так и на поздней стадии инфекции привело к усилиям по разработке противовирусных препаратов, направленных на CA.
Структура и сборка капсидного ядра ВИЧ-1. Капсидный белок складывается, образуя два домена, соединенных гибким линкером (A), и образует гексамеры (B) и пентамеры (красные) в зрелом ядре (C), которое охватывает вирусную РНК и в конечном итоге содержит обратную транскрипцию (D).
В недавней статье исследовательская группа FightAIDS@Home подробно изложила свои выводы о новых, интересных, потенциально пригодных для лекарств регионов на поверхности капсидного белка ВИЧ-1, которые затем были подвергнуты виртуальному скринингу в сети World Community Grid для поиска соединений, способных к связыванию в этих регионах.
Структурная характеристика, биохимические и вирусологические анализы, обсуждаемые в документе, показывают, что идентифицированный участок может быть подвержен противовирусному нацеливанию.
Топ 5 составов из виртуального экрана кармана NDI. Результаты стыковки представлены в виде суперпозиции пяти различных молекул (желтых палочек), связывающихся в кармане NDI с рентгенокристаллической структурой нативного CA (PDB ID: 4XFX).
В статье, которую вы можете прочитать здесь, представлен анализ данных и детали выводов исследователей.
Спасибо всем, кто поддержал этот проект.
на англ.
Автор: исследовательская группа FightAIDS@Home
1 июля 2020 г.
Аннотация
Белок под названием капсид ВИЧ-1 (CA), имеющий решающее значение для репликации ВИЧ, может иметь некоторые недавно обнаруженные уязвимости.
Общие сведения о FightAIDS@Home - Phase 1
Многие люди живут с вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) и не заболевают на протяжении множества лет. Однако, поскольку человеческое тело не может генерировать антитела, которые могут уничтожить ВИЧ, он может медленно заражать ключевые клетки иммунной системы и нарушать их функцию или даже разрушать их. В конце концов, ВИЧ-инфекция приводит к прогрессирующему истощению иммунной системы человека, что приводит к синдрому приобретенного иммунодефицита (СПИД). Говорят, что иммунная система является дефицитной, когда она больше не может выполнять свою роль в борьбе с инфекциями и раком.
ВИЧ трудно остановить, потому что, когда он размножается, он не делает это идеально и, следовательно, постоянно меняется. Ученые интенсивно изучают ВИЧ, чтобы найти способы остановить развитие СПИДа. Проект FightAIDS@Home был создан для поиска лекарств, которые могут отключить ключевой этап в жизненном цикле ВИЧ - в частности, путем блокировки протеазы ВИЧ-1.
Блокирование ВИЧ-протеазы
Белки являются основными строительными блоками во всех жизненных функциях. Белки представляют собой длинные цепочки из более мелких молекул, называемых аминокислотами. Ферменты - это особые виды белков, которые ускоряют биохимические реакции. Протеаза (произносится как «про-ти-эйс») представляет собой фермент, способный разрезать белки в некоторой точке вдоль аминокислотной цепи. Хотя только небольшой процент всех белков в организме являются протеазами, они очень важны для правильного функционирования его жизненных процессов.
Не все протеазы хороши. ВИЧ производит и использует особую протеазу, протеазу ВИЧ-1, которую он использует для производства различных белков вируса.
Это то, где лиганды играют важную роль. Лиганды - это маленькие молекулы, приходящие извне клетки, которые прикрепляются или «связываются» с карманами в белках. Вы можете думать о связывании лиганда с его рецептором как о ключе, вставленном в замок. Проект FightAIDS@Home специально искал лиганды (лекарства), которые могут присоединяться к рецептору протеазы ВИЧ-1 таким образом, чтобы блокировать его способность функционировать в качестве фермента. Это предотвращает дальнейшее распространение вируса в организме и развитие в СПИД. Молекулы, которые блокируют протеазу ВИЧ, называются «ингибиторами протеазы».
Потенциальные новые цели для противовирусных препаратов
Белок, называемый капсидом ВИЧ-1 (CA), является структурным белком, критическим для цикла репликации вируса, так как он охватывает вирусный геном. Его вовлечение как на ранней, так и на поздней стадии инфекции привело к усилиям по разработке противовирусных препаратов, направленных на CA.
Структура и сборка капсидного ядра ВИЧ-1. Капсидный белок складывается, образуя два домена, соединенных гибким линкером (A), и образует гексамеры (B) и пентамеры (красные) в зрелом ядре (C), которое охватывает вирусную РНК и в конечном итоге содержит обратную транскрипцию (D).
В недавней статье исследовательская группа FightAIDS@Home подробно изложила свои выводы о новых, интересных, потенциально пригодных для лекарств регионов на поверхности капсидного белка ВИЧ-1, которые затем были подвергнуты виртуальному скринингу в сети World Community Grid для поиска соединений, способных к связыванию в этих регионах.
Структурная характеристика, биохимические и вирусологические анализы, обсуждаемые в документе, показывают, что идентифицированный участок может быть подвержен противовирусному нацеливанию.
Топ 5 составов из виртуального экрана кармана NDI. Результаты стыковки представлены в виде суперпозиции пяти различных молекул (желтых палочек), связывающихся в кармане NDI с рентгенокристаллической структурой нативного CA (PDB ID: 4XFX).
В статье, которую вы можете прочитать здесь, представлен анализ данных и детали выводов исследователей.
Спасибо всем, кто поддержал этот проект.
на англ.
