![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingИсследование биомаркеров рака легких, проведенное командой MCM, выявило 26 генов, которые имеют наивысшие оценки по всем рассмотренным размерам сигнатур. Эта новость посвящена потенциальному гену биомаркера под названием FARP1, который связан с метастазированием рака легких.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 28 апр 2023 г.
Предистория
Проект Mapping Cancer Markers направлен на определение маркеров, связанных с различными типами рака, с целью определения биомаркеров для раннего выявления рака, выявления пациентов с высоким риском и индивидуального лечения для отдельных пациентов. На сегодняшний день волонтеры WCG со всего мира пожертвовали проекту более 818 200 лет ЦП. Спасибо всем за вашу поддержку.
В нашем предыдущей новости проекта MCM мы начали вводить предполагаемые биомаркеры рака легких, которые имеют наивысшие оценки по всем рассмотренным размерам сигнатур. Первое обновление касалось VAMP1, гена, связанного с выживанием пациентов и по-разному экспрессируемого в нормальном легком по сравнению с раком легкого. В этом обновлении подчеркивается потенциальный ген биомаркера под названием FARP1, который связан с метастатическим развитием.
Новые разработки
Белок, кодируемый FARP1, представляет собой фактор обмена гуаниновых нуклеотидов, который играет роль в формировании и росте дендритов. FARP1 можно обнаружить в клеточных мембранах, цитоплазме, синапсах и дендритах (Uniprot). Поскольку и VAMP1, и FARP1 связаны с синапсами, мы исследовали, взаимодействуют ли эти два белка вместе. Хотя они не взаимодействуют напрямую (IID; интегрированная база данных взаимодействий), у них есть два взаимодействующих партнера, RAB6A и APBA1. RAB6A играет роль в развитии проекций нейронов, в то время как APBA1 регулирует APP (белок-предшественник амилоида при болезни Альцгеймера) и, как полагают, играет роль в секреции синаптических пузырьков.
Ни RAB6A, ни APBA1 не присутствуют в верхнем 99-м процентиле, но они предполагают, что действительно существует нейронный сигнал, связанный с двумя интересующими нас белками — VAMP1 и FARP1. Важность этого открытия связана с трудной для изучения связью между раком легкого и одним из наиболее частых мест его метастазирования: головным мозгом [1]. Более того, было показано, что FARP1 является одним из ключевых факторов миграции и инвазии при раке легкого [2].
Поэтому мы решили дополнительно исследовать важность этого гена, используя внешние наборы данных. FARP1 является потенциальным диагностическим биомаркером, подобным VAMP1, как показано на рисунке 1. Кроме того, FARP1 по-разному экспрессируется в метастатических образцах, что усиливает связь между молекулярной функцией этого белка и фенотипом, которой он может помочь развить.
Рисунок 1. Экспрессия FARP1 в нормальных образцах, раке легкого и метастатических образцах.
cBioPortal показывает, что FARP1 в значительной степени связан со статусом курения пациентов, и, согласно mirDIP, на него нацелены hsa-mir-105 (микроРНК, специфичная для бывших курильщиков, аналогично VAMP1) и hsa-mir-150 (микроРНК, специфичная никогда не куривших)[3]. Связь между курением и развитием рака легких хорошо известна, но молекулярный ландшафт, лежащий в основе такого развития, до сих пор полностью не изучен. Наши сигнатуры, полученные из набора данных пациентов с историей курения, могут пролить свет на молекулярные механизмы и поддержать исследователей, изучающих связь.
Пока мы продолжаем проверять наши результаты, мы рады тому влиянию, которое наши результаты могут оказать на жизнь пациентов и исследования, рассчитанные тысячами добровольцев. Спасибо за вклад в это исследование.
Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу поддержку, терпение и понимание.
команда WCG
на англ.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 28 апр 2023 г.
Предистория
Проект Mapping Cancer Markers направлен на определение маркеров, связанных с различными типами рака, с целью определения биомаркеров для раннего выявления рака, выявления пациентов с высоким риском и индивидуального лечения для отдельных пациентов. На сегодняшний день волонтеры WCG со всего мира пожертвовали проекту более 818 200 лет ЦП. Спасибо всем за вашу поддержку.
В нашем предыдущей новости проекта MCM мы начали вводить предполагаемые биомаркеры рака легких, которые имеют наивысшие оценки по всем рассмотренным размерам сигнатур. Первое обновление касалось VAMP1, гена, связанного с выживанием пациентов и по-разному экспрессируемого в нормальном легком по сравнению с раком легкого. В этом обновлении подчеркивается потенциальный ген биомаркера под названием FARP1, который связан с метастатическим развитием.
Новые разработки
Белок, кодируемый FARP1, представляет собой фактор обмена гуаниновых нуклеотидов, который играет роль в формировании и росте дендритов. FARP1 можно обнаружить в клеточных мембранах, цитоплазме, синапсах и дендритах (Uniprot). Поскольку и VAMP1, и FARP1 связаны с синапсами, мы исследовали, взаимодействуют ли эти два белка вместе. Хотя они не взаимодействуют напрямую (IID; интегрированная база данных взаимодействий), у них есть два взаимодействующих партнера, RAB6A и APBA1. RAB6A играет роль в развитии проекций нейронов, в то время как APBA1 регулирует APP (белок-предшественник амилоида при болезни Альцгеймера) и, как полагают, играет роль в секреции синаптических пузырьков.
Ни RAB6A, ни APBA1 не присутствуют в верхнем 99-м процентиле, но они предполагают, что действительно существует нейронный сигнал, связанный с двумя интересующими нас белками — VAMP1 и FARP1. Важность этого открытия связана с трудной для изучения связью между раком легкого и одним из наиболее частых мест его метастазирования: головным мозгом [1]. Более того, было показано, что FARP1 является одним из ключевых факторов миграции и инвазии при раке легкого [2].
Поэтому мы решили дополнительно исследовать важность этого гена, используя внешние наборы данных. FARP1 является потенциальным диагностическим биомаркером, подобным VAMP1, как показано на рисунке 1. Кроме того, FARP1 по-разному экспрессируется в метастатических образцах, что усиливает связь между молекулярной функцией этого белка и фенотипом, которой он может помочь развить.
Рисунок 1. Экспрессия FARP1 в нормальных образцах, раке легкого и метастатических образцах.
cBioPortal показывает, что FARP1 в значительной степени связан со статусом курения пациентов, и, согласно mirDIP, на него нацелены hsa-mir-105 (микроРНК, специфичная для бывших курильщиков, аналогично VAMP1) и hsa-mir-150 (микроРНК, специфичная никогда не куривших)[3]. Связь между курением и развитием рака легких хорошо известна, но молекулярный ландшафт, лежащий в основе такого развития, до сих пор полностью не изучен. Наши сигнатуры, полученные из набора данных пациентов с историей курения, могут пролить свет на молекулярные механизмы и поддержать исследователей, изучающих связь.
Пока мы продолжаем проверять наши результаты, мы рады тому влиянию, которое наши результаты могут оказать на жизнь пациентов и исследования, рассчитанные тысячами добровольцев. Спасибо за вклад в это исследование.
Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу поддержку, терпение и понимание.
команда WCG
на англ.
