Августовское обновление: OpenPandemics - COVID-19

[paroh]

13 августа 2020

Кратко
OpenPandemics - COVID-19 запущен в мае, и работа только началась. Узнайте больше о прогрессе ученых на данный момент, а также о сотрудничестве, которое поможет продвинуть исследования в ближайшие недели и месяцы.

Исследовательская группа OpenPandemics
Вверху: Стефано Форли, Паоло Говерна, Андреас Тиллак, Жером Эберхардт
В центре: Джулия Бьянко, Батууджин Бурендей, Диого Сантос-Мартинс, Мартина Маритан
Внизу: Мэтью Холкомб, Кристина Гарза
Щелкните здесь, чтобы узнать больше о команде.

История проекта

OpenPandemics - COVID-19 был создан, чтобы помочь ускорить поиск методов лечения COVID-19. Подробнее о деталях работы можно узнать на сайте исследовательской группы.

Анализ данных

С момента запуска OpenPandemics - COVID-19 в мае в рамках проекта были проверены миллионы химических соединений, которые могут быть потенциальными средствами лечения болезни. Скрининг все еще продолжается, тем не менее, исследовательская группа проанализировала полученные к настоящему времени результаты (45,7 миллиона запусков и 2,3 миллиарда поз) и сузила начальную группу примерно до 1500 соединений (0,00003% от общего количества стыкованных лигандов! ), которые были отобраны из-за их взаимодействия с белками-мишенями и требуют дальнейшего анализа.

Из текущей группы из 1500 соединений исследователи проведут ручной анализ, чтобы определить около 100 наиболее многообещающих, которые затем отправят своим сотрудникам для дальнейшего лабораторного тестирования. (Вы можете увидеть список соавторов внизу страницы участников исследования.)

Пока продолжается это тестирование, они будут продолжать анализировать полученные от нас данные и присылать нам новые работы.

Дополнительное сотрудничество

Главный исследователь находится в контакте с командой европейских ученых из Структурной группы по коронавирусу, чтобы помочь улучшить качество результатов всех фундаментальных исследований SARS-CoV-2. Команда собирает и обрабатывает данные о структуре белков вирусов SARS-CoV и SARS-CoV2, которые постоянно производятся исследователями по всему миру. Они уточняют опубликованные данные и выполняют статистическую проверку и диагностику структур для исправления экспериментальных ошибок или флуктуаций.

Грантовая премия

Лаборатория Форли недавно получила награду Фонда Бакстера для молодых исследователей за определение новых химических соединений в качестве перспективных кандидатов на разработку лекарств.

GPU-версия

Команда разработчиков World Community Grid начинает создавать рабочие блоки для первоначального альфа-тестирования. Их текущая проблема заключается в создании рабочих единиц, которые могут работать как на CPU, так и на GPU, вместо того, чтобы создавать две разные версии, что усложняет проект. Следующим шагом в рамках IBM будет проверка безопасности новой версии. Работа продолжается и пока нет оценок, когда она будет завершена.

Возможные публикации

Исследователи работают над несколькими статьями. Один из них - это статья об истории AutoDock (программное обеспечение, на котором работает OpenPandemics, созданное в Scripps Research). Если статья будет принята, она будет опубликована в начале 2021 года.

Они также представили статью, описывающую разработку и применение протоколов для исследования ковалентных ингибиторов (включая протокол реактивной стыковки, используемый в OpenPandemics).

Был представлена еще одна статья, в котором описывается их совместная работа с командой Национальной лаборатории Ок-Ридж и NVIDIA по запуску моделирования для выявления новых молекул против вируса SARS-CoV2.

Текущее состояние рабочих юнитов

Доступно для скачивания: 4882 пакетов данных
В процессе: 2052 пакетов данных (16 101 394 рабочих юнитов)
Выполнено: 5 459 пакетов данных (2587 пакетов данных за последние 30 дней,
в среднем 86 пакетов данных в день)
Предполагаемый задел работы: 56 дней

на англ.