![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
Августовское обновление: FightAIDS@Home
Aug. 18th, 2020 03:05 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh17 августа 2020
Кратко
Фаза 2 в настоящее время приостановлена, пока исследователи планируют будущее и заканчивают две статьи.
На фото выше несколько членов команды FightAIDS@Home во время личной встречи перед началом пандемии COVID-19. Узнайте больше обо всей команде здесь.
История проекта
FightAIDS@Home присоединился к World Community Grid много лет назад с простой (но требующей особого подхода) целью поиска новых и более эффективных методов лечения СПИДа. В проекте использовалась вычислительная мощность, предоставленная добровольцами, для компьютерного моделирования того, как химические соединения (или лекарства) могут вписаться (или по-другому «пристыковываться») к части молекулы ВИЧ.
На этапе 1 этого проекта было проведено более 20 миллиардов сравнений лекарств и мишеней с использованием двух программ, которые были созданы учеными из Scripps Research, которые руководили этой частью FightAIDS@Home. Одна программа называется AutoDock, другая - AutoDock Vina. AutoDock - это набор инструментов, который предсказывает, как небольшие молекулы, такие как кандидаты в лекарства, могут связываться или «стыковаться» с рецептором известной трехмерной структуры.
На этапе 2 проекта используется другой метод моделирования для повторной проверки и дальнейшего уточнения результатов виртуального скрининга, которые были получены на этапе 1. Этот другой метод называется BEDAM (метод анализа распределения энергии связывания). BEDAM требует большого количества времени обработки, что обеспечивается огромной мощностью World Community Grid. Это помогает ученым более тщательно оценивать лучших кандидатов на основе обширных результатов, полученных на этапе 1.
Работа над этапом 2
В настоящее время проект приостановлен и команда этапа 2 получила обратно все рабочие единицы, которые выполнялись в World Community Grid.
Исследователи обеих этапов проекта недавно провели виртуальную встречу и планируют провести еще одну в ближайшие несколько недель. Они решают, на каких именно химических соединениях они будут концентрироваться, чтобы возобновить этап 2. Они также могут провести дальнейший анализ соединений, которым не нужны огромные вычислительные мощности World Community Grid.
AutoDock на графическом процессоре
Исследовательская группа этапа 1 недавно завершила работу над версией AutoDock для GPU. В ближайшее время они планируют представить его для потенциальной публикации; мы опубликуем статью, если и когда она будет опубликована.
30 лет AutoDock
Этап 1 недавно завершил работу над заказанной статьей о программе AutoDock, которую они создали 30 лет назад в Scripps Research. Этот документ был принят к публикации, и World Community Grid сообщит всем, как только он станет доступен.
Текущее состояние рабочих единиц
Приостановлено
на англ.
Кратко
Фаза 2 в настоящее время приостановлена, пока исследователи планируют будущее и заканчивают две статьи.
На фото выше несколько членов команды FightAIDS@Home во время личной встречи перед началом пандемии COVID-19. Узнайте больше обо всей команде здесь.
История проекта
FightAIDS@Home присоединился к World Community Grid много лет назад с простой (но требующей особого подхода) целью поиска новых и более эффективных методов лечения СПИДа. В проекте использовалась вычислительная мощность, предоставленная добровольцами, для компьютерного моделирования того, как химические соединения (или лекарства) могут вписаться (или по-другому «пристыковываться») к части молекулы ВИЧ.
На этапе 1 этого проекта было проведено более 20 миллиардов сравнений лекарств и мишеней с использованием двух программ, которые были созданы учеными из Scripps Research, которые руководили этой частью FightAIDS@Home. Одна программа называется AutoDock, другая - AutoDock Vina. AutoDock - это набор инструментов, который предсказывает, как небольшие молекулы, такие как кандидаты в лекарства, могут связываться или «стыковаться» с рецептором известной трехмерной структуры.
На этапе 2 проекта используется другой метод моделирования для повторной проверки и дальнейшего уточнения результатов виртуального скрининга, которые были получены на этапе 1. Этот другой метод называется BEDAM (метод анализа распределения энергии связывания). BEDAM требует большого количества времени обработки, что обеспечивается огромной мощностью World Community Grid. Это помогает ученым более тщательно оценивать лучших кандидатов на основе обширных результатов, полученных на этапе 1.
Работа над этапом 2
В настоящее время проект приостановлен и команда этапа 2 получила обратно все рабочие единицы, которые выполнялись в World Community Grid.
Исследователи обеих этапов проекта недавно провели виртуальную встречу и планируют провести еще одну в ближайшие несколько недель. Они решают, на каких именно химических соединениях они будут концентрироваться, чтобы возобновить этап 2. Они также могут провести дальнейший анализ соединений, которым не нужны огромные вычислительные мощности World Community Grid.
AutoDock на графическом процессоре
Исследовательская группа этапа 1 недавно завершила работу над версией AutoDock для GPU. В ближайшее время они планируют представить его для потенциальной публикации; мы опубликуем статью, если и когда она будет опубликована.
30 лет AutoDock
Этап 1 недавно завершил работу над заказанной статьей о программе AutoDock, которую они создали 30 лет назад в Scripps Research. Этот документ был принят к публикации, и World Community Grid сообщит всем, как только он станет доступен.
Текущее состояние рабочих единиц
Приостановлено
на англ.
