![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
thundersnatch.livejournal.com posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingАвтор: Исследовательская группа OpenZika
3 ноября 2016
Кратко:
Исследователи OpenZika готовы начать лабораторные испытания для пяти химических соединений, которые могут привести к потенциальным лекарствам. В этой новости исследовательская группа обсуждает почему поиски анти-Зика настолько важны, описывает процесс выбора лекарственных соединений для тестирования и обобщает работу, которую они и IBM сделали (пока что), чтобы опубликовать данное исследование.
история проекта
Лидеры OpenZika (слева направо) д-р Каролина Horta Andrade,
Д-р Александр Перриман и д-р Шон Ekins. Алекс одет в рубашку поло OpenZika, доступную для покупки на Zazzle.
Проект OpenZika ищет лекарственные кандидаты для лечения вируса Зика у людей, которые были инфицированы. Проект ориентирован на ключевые белки, которые вирус Зика вероятно, использует чтобы выжить и распространяться в организме. Для того, чтобы разработать анти-Zika препарат, исследователи должны определить, какие из миллионов химических соединений могут быть эффективными при вмешательстве с этими ключевыми белками. Эффективность каждого соединения испытывается в виртуальных экспериментах, называемых "расчитываемая стыковка", выполняющихся на компьютерах добровольцев World Community Grid и устройствах на Android. Эти расчеты помогают исследовательской команде сфокусироваться на наиболее вероятных соединениях, которые могут в конечном итоге привести к противовирусной терапии.
Важность поиска противовирусного препарата
Несмотря на то, что несколько лабораторий делают экраны на основе клеток с лекарствами уже утвержденными агентством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), нет почти никакого шанса у "хитовых" соединений, которые были определены до сих пор, быть одновременно достаточно мощнымии против вируса Зика и также безопасными для беременных женщин. Эти другие лаборатории выполняют "высокопродуктивный скрининг" (HTS) в условиях проведения экспериментов на практике; быстрая природа этих анализов может вызвать много "ложных отрицательных результатов" (то есть, активные соединения могут быть ошибочно приняты за липу).
В некоторых экспериментах мы также стыкуем утвержденные FDA лекарства, но кроме того, мы стыкуем препараты, одобренные в Европейском Союзе и множество "клинических кандидатов "Национального центра исследования здоровья"» (что дает нашему набору данных размер в 7600 перспективных, в отличие от только тестирования около 800 до 1500 утвержденных FDA лекарств). Кроме того, другие наши эксперименты предполагают стыковки с гораздо большим набором 6-ти миллионов различных коммерчески доступных (не так перспективных или оптимизированных) "хитовых и похожих-на-лидеров" соединений, которые могли бы заложить основу для будущих исследований по разработке лекарственных средств.
Наши виртуальные экраны также могут дать ложные отрицательные и ложные положительные результаты, но когда мы идентифицируем небольшое количество соединений-кандидатов для наших сотрудников, чтобы проверить в мокрой лаборатории клеточных анализов, их анализы могут быть выполнены с меньшим количеством материала более точным образом.
Насколько нам известно, все лаборатории все еще на долгом пути от открытия новых лекарств против Зика и все мы должны работать вместе и преследуем различные и взаимодополняющие подходы. Кроме того, основываясь на нашем опыте с тем, как другие вирусы, в конечном итоге, приобретают лекарственную устойчивость, чтобы уклониться от лекарства, миру, вероятно, нужно будет обнаружить несколько различных типов лекарств против Зика, которые могут быть использованы в комбинированной терапии, для того, чтобы замедлить развитие версии "супербактерии".
В настоящее время совершается целый ряд усилий по созданию вакцины против вируса Зика. Тем не менее, вакцины не помогают людям, которые уже имеют инфекцию. Хотя прогресс разработки вакцины был достигнут, это займет несколько лет, прежде чем они окажутся эффективными и безопасными и прежде, чем достаточно доз сможет быть массово произведено и распространено. Даже после того как одобренные вакцины станут доступными и распространены среди общественности, не все люди будут вакцинированы. Следовательно, в настоящее время и в будущем, необходимы лекарства для инфекции Зика.
Прогресс по выбору соединений для лабораторных испытаний
ZIKV NS3 хеликаза с тремя ингибиторами кандидатов, отобранных виртуальным скринингом, показанные как поверхности, способные к растворению, с различными оттенками зеленого цвета. Идентификация этих кандидатов и видео были сделаны д-ром Александром Л. Перриманом.
Мы начали этап анализа проекта, сосредоточив внимание на результатах против хеликазы кристаллической структуры apo NS3 (apo означает, что белок не был связан ни с чем, например, как кофактор, ингибитор или нуклеиновая кислота). Эта хеликаза NS3 является составной частью вируса Зика, что позволяет ему реплицироваться. В первых результатах скрининга, рассмотренных нами, около 7600 соединений в композиционной библиотеке, состоящей из утвержденных препаратов Администрацией пищевых продуктов и медикаментов США + препараты, одобренные в Европейском Союзе + коллекция клинической библиотеки американского Национального института здравоохранения были пристыкованы против этой геликазы. Ниже приведены результаты этого скрининга:
- 150 соединений прошли энергетические и взаимодействия на основе док-фильтров, а также их предсказанные связывающие режимы были осмотрены и измерены в деталях.
- Из соединений, которые были обследованы в деталях, 16 соединения прошли этот этап визуального осмотра своих состыкованных режимов
- Из соединений, прошедших визуальный осмотр, 8 прошли последующию проверку на основе медицинской химии
- 6 из них могут быть заказаны (1 стоимостью свыше $ 100,00 за миллиграмм (и нам обычно требуется по крайней мере 10 миллиграммов для процесса контроля качества и анализов) и 1 было запрещено Агентством США по борьбе с наркотиками)
Впоследствии, пять из шести соединений, приобретенных нами, прошли исследования по контролю качества для проверки их идентичности и чистоты. Эти пять соединений недавно были отправлены в Калифорнийский университет в Сан-Диего для тестирования в пробирке против вируса Зика д-ром Jair L. Сикейра-Нето, одним из исследователей для OpenZika.
Для получения дополнительной информации об этих экспериментах, пожалуйста, посетите наш веб-сайт.
Кроме того, мы в настоящее время визуально инспектируем около 260 дополнительных соединений, которые прошли больший и более разнообразный набор док-фильтров против новой РНК-связанной NS3 хеликазы кристаллической структуры (используя одну и ту же композиционную библиотеку лекарственных средств, утвержденную в США и ЕС + клинические кандидаты Национального Центра Исследования Здоровья ). Дюжина новых кандидатов были определены с тех пор.
Поиск дополнительных сотрудников
Мы ищем новых сотрудников, которые могут предоставить дополнительные навыки. В частности, мы ищем лаборатории, которые могут помочь с различными типами клеточных анализов и, в частности, в основанном на ферментах анализе вирусных белков Зика. Доктор Сикейра-Нето выполняет пару типов анализов на основе клеток, но несколько различных подходов разрабатываются для испытаний соединений против Зика (и каждый тип анализа имеет свои сильные и слабые стороны). Иметь результаты различных типов анализов полезно для оценки наших соединений-кандидатов.
Наша опубликованная в Публичной Научной Библиотеке статья о забытых тропических болезнях: "OpenZika: Проект IBM World Community Grid для ускорения поиска лекарства от вируса Зика", была опубликована 20-го октября и ее уже просматривали более 2100 раз. Другой научный документ, названный "Иллюстрируя и гомологически моделируя белки вируса Зика", как мы надеемся близок к тому, чтобы быть наконец принятым. Возможно, эти статьи помогут привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.
Сбор средств
Недавно мы создали витрину на Zazzle с логотипом OpenZika на многих различных штуковинах, таких как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши и корпуса телефонов. Zazzle определили базовую цену деталей, и мы затем установили 10% от базовой цены, как нашу "прибыль", которая будет вся пожертвована на приобретение и тестирование соединений для проекта OpenZika. В то же время, ношение одежды, имеющую логотип OpenZika логотип помогает распространению. И весело носить искусство ботаников.
Команда OpenZika работает на грантах от Национального Института Здоровья, CNPq (бразильское агенство финансирования), а также других организацияй, чтобы попытаться собрать средства на покупку и тестирование соединений.
Далее идет информация о продвижении проекта и куева туча ссылок на текстовые, аудио и видео новости с упоминанием OpenZika
3 ноября 2016
Кратко:
Исследователи OpenZika готовы начать лабораторные испытания для пяти химических соединений, которые могут привести к потенциальным лекарствам. В этой новости исследовательская группа обсуждает почему поиски анти-Зика настолько важны, описывает процесс выбора лекарственных соединений для тестирования и обобщает работу, которую они и IBM сделали (пока что), чтобы опубликовать данное исследование.
история проекта
Лидеры OpenZika (слева направо) д-р Каролина Horta Andrade,
Д-р Александр Перриман и д-р Шон Ekins. Алекс одет в рубашку поло OpenZika, доступную для покупки на Zazzle.
Проект OpenZika ищет лекарственные кандидаты для лечения вируса Зика у людей, которые были инфицированы. Проект ориентирован на ключевые белки, которые вирус Зика вероятно, использует чтобы выжить и распространяться в организме. Для того, чтобы разработать анти-Zika препарат, исследователи должны определить, какие из миллионов химических соединений могут быть эффективными при вмешательстве с этими ключевыми белками. Эффективность каждого соединения испытывается в виртуальных экспериментах, называемых "расчитываемая стыковка", выполняющихся на компьютерах добровольцев World Community Grid и устройствах на Android. Эти расчеты помогают исследовательской команде сфокусироваться на наиболее вероятных соединениях, которые могут в конечном итоге привести к противовирусной терапии.
Важность поиска противовирусного препарата
Несмотря на то, что несколько лабораторий делают экраны на основе клеток с лекарствами уже утвержденными агентством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), нет почти никакого шанса у "хитовых" соединений, которые были определены до сих пор, быть одновременно достаточно мощнымии против вируса Зика и также безопасными для беременных женщин. Эти другие лаборатории выполняют "высокопродуктивный скрининг" (HTS) в условиях проведения экспериментов на практике; быстрая природа этих анализов может вызвать много "ложных отрицательных результатов" (то есть, активные соединения могут быть ошибочно приняты за липу).
В некоторых экспериментах мы также стыкуем утвержденные FDA лекарства, но кроме того, мы стыкуем препараты, одобренные в Европейском Союзе и множество "клинических кандидатов "Национального центра исследования здоровья"» (что дает нашему набору данных размер в 7600 перспективных, в отличие от только тестирования около 800 до 1500 утвержденных FDA лекарств). Кроме того, другие наши эксперименты предполагают стыковки с гораздо большим набором 6-ти миллионов различных коммерчески доступных (не так перспективных или оптимизированных) "хитовых и похожих-на-лидеров" соединений, которые могли бы заложить основу для будущих исследований по разработке лекарственных средств.
Наши виртуальные экраны также могут дать ложные отрицательные и ложные положительные результаты, но когда мы идентифицируем небольшое количество соединений-кандидатов для наших сотрудников, чтобы проверить в мокрой лаборатории клеточных анализов, их анализы могут быть выполнены с меньшим количеством материала более точным образом.
Насколько нам известно, все лаборатории все еще на долгом пути от открытия новых лекарств против Зика и все мы должны работать вместе и преследуем различные и взаимодополняющие подходы. Кроме того, основываясь на нашем опыте с тем, как другие вирусы, в конечном итоге, приобретают лекарственную устойчивость, чтобы уклониться от лекарства, миру, вероятно, нужно будет обнаружить несколько различных типов лекарств против Зика, которые могут быть использованы в комбинированной терапии, для того, чтобы замедлить развитие версии "супербактерии".
В настоящее время совершается целый ряд усилий по созданию вакцины против вируса Зика. Тем не менее, вакцины не помогают людям, которые уже имеют инфекцию. Хотя прогресс разработки вакцины был достигнут, это займет несколько лет, прежде чем они окажутся эффективными и безопасными и прежде, чем достаточно доз сможет быть массово произведено и распространено. Даже после того как одобренные вакцины станут доступными и распространены среди общественности, не все люди будут вакцинированы. Следовательно, в настоящее время и в будущем, необходимы лекарства для инфекции Зика.
Прогресс по выбору соединений для лабораторных испытаний
ZIKV NS3 хеликаза с тремя ингибиторами кандидатов, отобранных виртуальным скринингом, показанные как поверхности, способные к растворению, с различными оттенками зеленого цвета. Идентификация этих кандидатов и видео были сделаны д-ром Александром Л. Перриманом.
Мы начали этап анализа проекта, сосредоточив внимание на результатах против хеликазы кристаллической структуры apo NS3 (apo означает, что белок не был связан ни с чем, например, как кофактор, ингибитор или нуклеиновая кислота). Эта хеликаза NS3 является составной частью вируса Зика, что позволяет ему реплицироваться. В первых результатах скрининга, рассмотренных нами, около 7600 соединений в композиционной библиотеке, состоящей из утвержденных препаратов Администрацией пищевых продуктов и медикаментов США + препараты, одобренные в Европейском Союзе + коллекция клинической библиотеки американского Национального института здравоохранения были пристыкованы против этой геликазы. Ниже приведены результаты этого скрининга:
- 150 соединений прошли энергетические и взаимодействия на основе док-фильтров, а также их предсказанные связывающие режимы были осмотрены и измерены в деталях.
- Из соединений, которые были обследованы в деталях, 16 соединения прошли этот этап визуального осмотра своих состыкованных режимов
- Из соединений, прошедших визуальный осмотр, 8 прошли последующию проверку на основе медицинской химии
- 6 из них могут быть заказаны (1 стоимостью свыше $ 100,00 за миллиграмм (и нам обычно требуется по крайней мере 10 миллиграммов для процесса контроля качества и анализов) и 1 было запрещено Агентством США по борьбе с наркотиками)
Впоследствии, пять из шести соединений, приобретенных нами, прошли исследования по контролю качества для проверки их идентичности и чистоты. Эти пять соединений недавно были отправлены в Калифорнийский университет в Сан-Диего для тестирования в пробирке против вируса Зика д-ром Jair L. Сикейра-Нето, одним из исследователей для OpenZika.
Для получения дополнительной информации об этих экспериментах, пожалуйста, посетите наш веб-сайт.
Кроме того, мы в настоящее время визуально инспектируем около 260 дополнительных соединений, которые прошли больший и более разнообразный набор док-фильтров против новой РНК-связанной NS3 хеликазы кристаллической структуры (используя одну и ту же композиционную библиотеку лекарственных средств, утвержденную в США и ЕС + клинические кандидаты Национального Центра Исследования Здоровья ). Дюжина новых кандидатов были определены с тех пор.
Поиск дополнительных сотрудников
Мы ищем новых сотрудников, которые могут предоставить дополнительные навыки. В частности, мы ищем лаборатории, которые могут помочь с различными типами клеточных анализов и, в частности, в основанном на ферментах анализе вирусных белков Зика. Доктор Сикейра-Нето выполняет пару типов анализов на основе клеток, но несколько различных подходов разрабатываются для испытаний соединений против Зика (и каждый тип анализа имеет свои сильные и слабые стороны). Иметь результаты различных типов анализов полезно для оценки наших соединений-кандидатов.
Наша опубликованная в Публичной Научной Библиотеке статья о забытых тропических болезнях: "OpenZika: Проект IBM World Community Grid для ускорения поиска лекарства от вируса Зика", была опубликована 20-го октября и ее уже просматривали более 2100 раз. Другой научный документ, названный "Иллюстрируя и гомологически моделируя белки вируса Зика", как мы надеемся близок к тому, чтобы быть наконец принятым. Возможно, эти статьи помогут привлечь дополнительное внимание к проекту и способствовать формированию нового сотрудничества.
Сбор средств
Недавно мы создали витрину на Zazzle с логотипом OpenZika на многих различных штуковинах, таких как футболки, рубашки поло, кружки, пуговицы, коврики для мыши и корпуса телефонов. Zazzle определили базовую цену деталей, и мы затем установили 10% от базовой цены, как нашу "прибыль", которая будет вся пожертвована на приобретение и тестирование соединений для проекта OpenZika. В то же время, ношение одежды, имеющую логотип OpenZika логотип помогает распространению. И весело носить искусство ботаников.
Команда OpenZika работает на грантах от Национального Института Здоровья, CNPq (бразильское агенство финансирования), а также других организацияй, чтобы попытаться собрать средства на покупку и тестирование соединений.
Далее идет информация о продвижении проекта и куева туча ссылок на текстовые, аудио и видео новости с упоминанием OpenZika
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}