![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingАвтор: Tomasz Kosciolek, PhD
UC Сан-Диего Центр инноваций в области микробиома
7 марта 2018 г.
Кратко:
Проект иммунитета микробиома ( Microbiome Immunity Project ) находится в отличном начале для прогнозирования структуры сотен тысяч бактериальных белков в кишечнике человека. Читайте об их прогрессе и их планах в первой новости проекта.
экскурс в историю
Проект иммунитета микробиома был создан для лучшего понимания роли микробиома в иммунной реакции кишечника и таких заболеваний как диабет типа 1 (T1D) и воспалительная болезнь кишечника (IBD). В этом проекте мы прогнозируем структуры бактериальных белков и используем эту информацию для толкования их функций и для понимания взаимодействия хозяина с микробиомом, которые отвечают за патологию IBD и T1D. Это массивная задача, так как микробиом кишечника человека имеет более 2-х миллионов уникальных белков, причем сотни тысяч белков потенциально взаимодействуют с клетками человека. Проект такого масштаба возможен только благодаря силе World Community Grid.
Наш прогресс до сих пор
С вашей помощью мы уже предсказали структуры более 50 000 приоритетных белков! В грандиозной схеме 2 миллионов уникальных бактериальных белков в нашей кишке это может показаться не очень большим, но имейте в виду, что экспериментальная работа на сегодняшний день охватывает только приблизительно 125 000 белков. Всего за 6 месяцев мы достигли огромного прогресса, расширив нашу вселенную из известных белковых структур почти на 28 процентов!
Возможно, вы уже поняли, что в этом темпе, предсказание всех бактериальных белковых структур займет годы. К счастью, нам не нужно прогнозировать каждую структуру, потому что белки могут быть сгруппированы в семьи. Эти семьи состоят из белков с похожими структурами и функциями, что позволяет всесторонне понимать функцию семьи только с одним представителем в каждой семье. Как только мы определим интересующие нас белковые семейства, мы рассмотрим их более подробно.
Тем временем мы скорректировали нашу стратегию относительно того, как определять приоритеты прогнозов. Вместо того, чтобы смотреть только на бактериальные геномы (гены отдельных видов бактерий), мы изучаем бактериальные пангеномы (гены всех бактериальных штаммов, принадлежащих к одному и тому же виду). Затем мы определяем приоритетность этих пангеномов в зависимости от их распространенности между людьми в когортных исследованиях, исследующих роль микробиома в IBD и T1D. Такой подход позволяет нам оказывать наибольшее влияние на раннем этапе проекта. Мы не только располагаем подробной информацией о микробах, участвующих в T1D и IBD, но мы также расширили наши знания о микробиоме в целом.
В настоящее время мы извлекаем информацию из ваших прогнозов, и в ходе проекта мы планируем сделать данные доступными для общественности для других интересных исследований. Мы также работаем над методами улучшения прогнозов функций белка, что позволяет нам найти важные семейства белков, участвующих в T1D и IBD, среди тысяч предсказаний, которые мы сделали до сих пор.
Все это стало возможным благодаря вашим щедрым взносам! Еще многое предстоит узнать о микробиоме, но при каждом подсчете, которое вы поддерживаете, мы приближаемся к более детальному представлению об этой важной экосистеме внутри каждого нашего тела и понимаем IBD и T1D. Итак, спасибо, и давайте продолжим совместную работу над разгадкой загадок микробиома!
новость на англ.
UC Сан-Диего Центр инноваций в области микробиома
7 марта 2018 г.
Кратко:
Проект иммунитета микробиома ( Microbiome Immunity Project ) находится в отличном начале для прогнозирования структуры сотен тысяч бактериальных белков в кишечнике человека. Читайте об их прогрессе и их планах в первой новости проекта.
экскурс в историю
Проект иммунитета микробиома был создан для лучшего понимания роли микробиома в иммунной реакции кишечника и таких заболеваний как диабет типа 1 (T1D) и воспалительная болезнь кишечника (IBD). В этом проекте мы прогнозируем структуры бактериальных белков и используем эту информацию для толкования их функций и для понимания взаимодействия хозяина с микробиомом, которые отвечают за патологию IBD и T1D. Это массивная задача, так как микробиом кишечника человека имеет более 2-х миллионов уникальных белков, причем сотни тысяч белков потенциально взаимодействуют с клетками человека. Проект такого масштаба возможен только благодаря силе World Community Grid.
Наш прогресс до сих пор
С вашей помощью мы уже предсказали структуры более 50 000 приоритетных белков! В грандиозной схеме 2 миллионов уникальных бактериальных белков в нашей кишке это может показаться не очень большим, но имейте в виду, что экспериментальная работа на сегодняшний день охватывает только приблизительно 125 000 белков. Всего за 6 месяцев мы достигли огромного прогресса, расширив нашу вселенную из известных белковых структур почти на 28 процентов!
Возможно, вы уже поняли, что в этом темпе, предсказание всех бактериальных белковых структур займет годы. К счастью, нам не нужно прогнозировать каждую структуру, потому что белки могут быть сгруппированы в семьи. Эти семьи состоят из белков с похожими структурами и функциями, что позволяет всесторонне понимать функцию семьи только с одним представителем в каждой семье. Как только мы определим интересующие нас белковые семейства, мы рассмотрим их более подробно.
Тем временем мы скорректировали нашу стратегию относительно того, как определять приоритеты прогнозов. Вместо того, чтобы смотреть только на бактериальные геномы (гены отдельных видов бактерий), мы изучаем бактериальные пангеномы (гены всех бактериальных штаммов, принадлежащих к одному и тому же виду). Затем мы определяем приоритетность этих пангеномов в зависимости от их распространенности между людьми в когортных исследованиях, исследующих роль микробиома в IBD и T1D. Такой подход позволяет нам оказывать наибольшее влияние на раннем этапе проекта. Мы не только располагаем подробной информацией о микробах, участвующих в T1D и IBD, но мы также расширили наши знания о микробиоме в целом.
В настоящее время мы извлекаем информацию из ваших прогнозов, и в ходе проекта мы планируем сделать данные доступными для общественности для других интересных исследований. Мы также работаем над методами улучшения прогнозов функций белка, что позволяет нам найти важные семейства белков, участвующих в T1D и IBD, среди тысяч предсказаний, которые мы сделали до сих пор.
Все это стало возможным благодаря вашим щедрым взносам! Еще многое предстоит узнать о микробиоме, но при каждом подсчете, которое вы поддерживаете, мы приближаемся к более детальному представлению об этой важной экосистеме внутри каждого нашего тела и понимаем IBD и T1D. Итак, спасибо, и давайте продолжим совместную работу над разгадкой загадок микробиома!
новость на англ.
