Мы запускаем третий еженедельный спринт по определению приоритетов соединений для COVID Moonshot! Этот спринт посвящен нашей серии бензотриазолов. Эти соединения произошли из предыдущей серии мощных ингибиторов, разработанных для SARS-CoV-1 (вируса, вызывающего SARS) Mpro, которые, к сожалению, неактивны в отношении SARS-CoV-2. Однако эти соединения по-прежнему связываются - хотя и слабо - и, вероятно, могут быть оптимизированы для адаптации их к модифицированному активному участку SARS-CoV-2 Mpro. Такие соединения, как ALP-POS-c59291d4-2, являются примерами этой многообещающей ведущей серии. Некоторые данные, отображающие текущую серию бензотриазола COVID Moonshot, которая позволяет нам одновременно оптимизировать заместители, которые получают доступ к карманам P1' и P2/P4.
Используя синтетический путь, который позволяет устанавливать заместители в двух разных участках путем выбора среди доступных исходных материалов, мы можем создать большое количество различных заместителей, которые получают доступ к карманам P1' и P2/P4. Синтетический путь, который позволяет нам устанавливать различные заместители для доступа к карманам P1'и P2/P4 SARS-CoV-2 Mpro.
Третий спринт по определению приоритетов соединений, начинающийся сегодня (вс, 22 августа), исследует набор из 504 потенциальных соединений, которые мы могли бы синтезировать, чтобы настроить взаимодействие карманов P1' и P2/P4 для этой серии потенциальных клиентов, поскольку мы пытаемся адаптировать этот мощный SARS-CoV-1 ингибитор измененных функций в SARS-CoV-2 Mpro. Мы используем две отдельные рентгеновские структуры в качестве эталонных, удваивая количество вычислений, но с вашей помощью мы можем завершить этот спринт к пятнице, чтобы быстро получить новые соединения для синтеза. Виртуальная библиотека соединений бензотриазола оценивается для третьего спринта COVID Moonshot.
Обновление Sprint 2
Второй еженедельный спринт по определению приоритетов соединений для COVID Moonshot - открытого научного проекта по открытию лекарств от COVID-19 - завершается всего через несколько часов. По состоянию на полдень воскресенья более 300 000 замечательных добровольцев Folding@home выполнили в общей сложности 1,5 миллиона рабочих юнитов по оценке новых малых молекул, связанных с основной вирусной протеазой SARS-CoV-2 (Mpro). Это составляет более 6 миллисекунд данных моделирования молекулярной динамики, сгенерированных только за последнюю неделю, только для этого спринта! Я не могу выразить, насколько это невероятно, и как я взволнован предстоящими значительными улучшениями производительности, которые еще больше ускорят наш прогресс. Подробнее об этом скоро! Хотя мы прошли только половину текущего спринта по приоритизации соединений, это позволило нам оценить более 3500 потенциальных соединений, чтобы увидеть, какие из них мы должны отправить нашим партнерам из Enamine для синтеза, у которых есть несколько химиков, которые уже усердно работают над созданием соединений. из предыдущих спринтов. Как и в первом спринте, мы были удивлены тем, как мало соединений демонстрируют значительное повышение эффективности - вы можете видеть небольшую долю соединений, имеющих относительную свободную энергию слева от нуля - только 51/800 (6%) в быстром анализе, который был проведен. проведенное ранее на этой неделе, показало потенциал улучшения по сравнению с эталонным лидирующим соединением 3-аминопиридина, а 17/800 (2,8%) показали улучшение> 1 ккал/моль. Мы все еще обрабатываем статистику по окончанию спринта и скоро обновим вас.
Суперзвезда вычислительной химии Ханна Брюс Макдональд и ниндзя-специалист по обработке данных Мэтт Уиттман (который помогает нам в течение нескольких месяцев благодаря щедрой экстренной добавке от NSF) за последнюю неделю автоматизировали огромное количество нашего конвейера анализа, что позволит нам, чтобы начать продвигать публичные отчеты о проделанной работе, в отношении того, какие соединения лидируют в ближайшие пару недель.
Обновление результатов первого спринта Дизайн-победитель первого спринта COVID Moonshot.
Мы с нетерпением ждем результатов этих предыдущих спринтов, которые ожидаются через 2-3 недели, когда синтезированные соединения поступят в Diamond Light Source для рентгеновской кристаллографии и в лондонскую лабораторию Института Вейцмана для измерений аффинности. Наборы соединений, выбранных для синтеза, были представлены в виде отдельных записей на сайте Moonshot на основе используемых в них химических реакций синтеза:
COVID Moonshot - это открытое научное и свободное от патентов сотрудничество по разработке недорогого лекарственного средства от COVID-19. Мы и другие лаборатории в основном финансируем синтез новых соединений из собственного бюджета лаборатории и небольшого гранта Национального научного фонда (NSF CHE 2033426, который предоставляет ~ 60 000 долларов на синтез). Пока мы активно работаем над привлечением дополнительного федерального финансирования, вы можете помочь нам ускорить продвижение к новому лечению COVID-19, поддержав наш сбор средств, чтобы помочь финансировать синтез новых соединений: https://www.gofundme.com/f/covidmoonshot
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunching
