COVID Moonshot Sprint 10
Jul. 29th, 2021 07:50 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunching29 июля 2021 г.
Джон Ходера
Sprint 10 направлен на то, чтобы помочь оптимизировать заменитель кармана P1 для решения проблем метаболизма с нашими лучшими в настоящее время ведущими соединениями.
COVID Moonshot: международные усилия по открытию противовирусного препарата COVID
В последнее время мы молчим, но это потому, что мы работали без перерыва, чтобы помочь команде COVID Moonshot продолжить быстрые циклы итераций в направлении создания мощного и безопасного перорального противовирусного препарата, который будет дополнять вакцины и терапевтические препараты на основе антител, чтобы довести пандемию COVID-19 до завершения. Мы добились большого прогресса - подробнее об этом чуть позже, - но все еще стремимся к финишу, чтобы производить доклинические препараты-кандидаты, которые пройдут весь путь через доклинические исследования, которые позволят им войти в клинические испытания на людях. Возможно, вы заметили, что наша таблица лидеров по активности соединений полна сильнодействующих соединений. Мы изготовили и протестировали около 1500 соединений и решили сотни структур.
Сегодня мы запустили COVID Moonshot Sprint 10, цель которого - помочь определить соединения, которые продлят период полужизни соединений в крови после перорального приема. В то время как наши текущие рекомендации кажутся мощными и безопасными и эффективными даже против появляющихся вариантов, нам необходимо определить альтернативные заместители в участке P1, которые будут дольше сохраняться в кровотоке, чтобы обеспечить пероральное дозирование только 2–3 раза в день. Этот спринт начинается с ADA-UCB-6c2cb422-1 (с рентгеновской структурой x10959) и ищет возможности заменить хинолиновое кольцо, которое находится в кармане протеазы P1. Мы оцениваем около 800 представленных альтернативных дизайнов, а также оцениваем, помогает ли удерживание каркаса в кармане для привязки ретроспективной точности.
ADA-UCB-6c2cb422-1 (с рентгеновской структурой x109) в главном активном участке вирусной протеазы. Хинолиновое кольцо, которое мы стремимся заменить альтернативным фрагментом, находится справа, в кармане P1.
За прошедшие 6–9 спринты мы внесли ряд обновлений. Мы улучшили наши алгоритмы сопоставления атомов в рамках выпуска исправлений 0.9.1 с открытым исходным кодом, которые исправляют проблемы с ошибочными сопоставлениями, ведущими к неверным прогнозам. Мы думаем, что это значительно улучшит качество наших прогнозов.
Пример атомного картирования между двумя разными составными конструкциями, которые разделяют некоторые общие части молекулы. Здесь атомы с номерами указывают на то, что атом слева преобразован в соответствующий атом справа, в то время как цветные атомы удаляются или создаются во время преобразования.
В новом ядре core22 0.0.14 теперь используется последняя и самая быстрая версия нашего пакета молекулярного моделирования с открытым исходным кодом OpenMM 7.5.1 с GPU-ускорением. Это также позволяет нам вернуться к использованию временных шагов 4 фс, что действительно проносятся с криком на графических процессорах последнего поколения, позволяя нам выполнять эти вычисления почти вдвое быстрее, чем раньше.
Теперь, когда мы немного справились с задолженностью по инфраструктуре и на борту появилось больше людей, способных помочь нашим усилиям, в ближайшие несколько недель у нас будет много дополнительных улучшений, а также более важные дела в будущем! Следите за обновлениями через несколько дней.
Вы можете следить за прогрессом на страницах панели мониторинга COVID Moonshot Science, которые все еще развиваются:
Sprint 10 Science Dashboard – restrained calculations
Sprint 10 Science Dashboard – unrestrained calculations
на англ.
Джон Ходера
Sprint 10 направлен на то, чтобы помочь оптимизировать заменитель кармана P1 для решения проблем метаболизма с нашими лучшими в настоящее время ведущими соединениями.
COVID Moonshot: международные усилия по открытию противовирусного препарата COVID
В последнее время мы молчим, но это потому, что мы работали без перерыва, чтобы помочь команде COVID Moonshot продолжить быстрые циклы итераций в направлении создания мощного и безопасного перорального противовирусного препарата, который будет дополнять вакцины и терапевтические препараты на основе антител, чтобы довести пандемию COVID-19 до завершения. Мы добились большого прогресса - подробнее об этом чуть позже, - но все еще стремимся к финишу, чтобы производить доклинические препараты-кандидаты, которые пройдут весь путь через доклинические исследования, которые позволят им войти в клинические испытания на людях. Возможно, вы заметили, что наша таблица лидеров по активности соединений полна сильнодействующих соединений. Мы изготовили и протестировали около 1500 соединений и решили сотни структур.
Сегодня мы запустили COVID Moonshot Sprint 10, цель которого - помочь определить соединения, которые продлят период полужизни соединений в крови после перорального приема. В то время как наши текущие рекомендации кажутся мощными и безопасными и эффективными даже против появляющихся вариантов, нам необходимо определить альтернативные заместители в участке P1, которые будут дольше сохраняться в кровотоке, чтобы обеспечить пероральное дозирование только 2–3 раза в день. Этот спринт начинается с ADA-UCB-6c2cb422-1 (с рентгеновской структурой x10959) и ищет возможности заменить хинолиновое кольцо, которое находится в кармане протеазы P1. Мы оцениваем около 800 представленных альтернативных дизайнов, а также оцениваем, помогает ли удерживание каркаса в кармане для привязки ретроспективной точности.
ADA-UCB-6c2cb422-1 (с рентгеновской структурой x109) в главном активном участке вирусной протеазы. Хинолиновое кольцо, которое мы стремимся заменить альтернативным фрагментом, находится справа, в кармане P1.
За прошедшие 6–9 спринты мы внесли ряд обновлений. Мы улучшили наши алгоритмы сопоставления атомов в рамках выпуска исправлений 0.9.1 с открытым исходным кодом, которые исправляют проблемы с ошибочными сопоставлениями, ведущими к неверным прогнозам. Мы думаем, что это значительно улучшит качество наших прогнозов.
Пример атомного картирования между двумя разными составными конструкциями, которые разделяют некоторые общие части молекулы. Здесь атомы с номерами указывают на то, что атом слева преобразован в соответствующий атом справа, в то время как цветные атомы удаляются или создаются во время преобразования.
В новом ядре core22 0.0.14 теперь используется последняя и самая быстрая версия нашего пакета молекулярного моделирования с открытым исходным кодом OpenMM 7.5.1 с GPU-ускорением. Это также позволяет нам вернуться к использованию временных шагов 4 фс, что действительно проносятся с криком на графических процессорах последнего поколения, позволяя нам выполнять эти вычисления почти вдвое быстрее, чем раньше.
Теперь, когда мы немного справились с задолженностью по инфраструктуре и на борту появилось больше людей, способных помочь нашим усилиям, в ближайшие несколько недель у нас будет много дополнительных улучшений, а также более важные дела в будущем! Следите за обновлениями через несколько дней.
Вы можете следить за прогрессом на страницах панели мониторинга COVID Moonshot Science, которые все еще развиваются:
Sprint 10 Science Dashboard – restrained calculations
Sprint 10 Science Dashboard – unrestrained calculations
на англ.
