![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingВ этой новости, приуроченной к 17-й годовщине WCG, исследовательская группа суммирует вклад всех добровольцев в каждый тип опухоли и размер сигнатуры, изученные при картировании маркеров рака на текущий момент.
Проект: Картирование онкологических маркеров
Опубликовано: 16 ноя 2021
Предистория
Картирование раковых маркеров (MCM) направлено на выявление маркеров (иногда называемых сигнатурами), связанных с различными типами рака. Проект анализирует миллионы результатов наблюдения, собранных из тысяч образцов тканей, здоровых и злокачественных, взятых у пациентов. До сих пор это были ткани с раком легких, раком яичников и саркомой.
Глядя на огромный вклад волонтеров
Каждая рабочая единица Mapping Cancer Markers тестирует несколько групп биомаркеров в сравнении с набором данных рака для использования в качестве диагностических или прогностических сигнатур. В настоящее время этот набор данных является нашим набором данных о саркоме. На данный момент MCM изучил три набора данных: рак легких, рак яичников и саркома. Для рака легких и яичников MCM исследовал разную длину сигнатуры ( т.е. разное количество генов, включенных в сигнатуру ), в то время как для саркомы сигнатуры имеют одинаковую длину, но разный состав ( т.е. они включают маркеры, измеренные разными методами, c переменными процентами ). На момент написания этого отчета волонтеры проанализировали около 800 миллионов рабочих юнитов.
Рисунок 1. Количество выполненных рабочих единиц по типу рака и размеру сигнатуры.
Рабочий юнит будет проверять сигнатуры определенного размера (количество биомаркеров) по своему набору данных. В сумме участники World Community Grid протестировали около 15 триллионов подписей, число, которое было бы невозможно протестировать без вашей поддержки.
Рисунок 2. Оцененные сигнатуры по набору данных (и размеру) для всех опухолей (A) и только для рака яичников (B).
Время вычисления, необходимое для каждой сигнатуры в любой заданной рабочей единице зависит от размера сигнатуры и набора данных. Поскольку мы стараемся поддерживать постоянный общий объем вычислений на рабочий юнит, количество сигнатур на рабочий юнит также будет зависеть от размера сигнатуры и набора данных.
В большинстве наборов данных более крупные сигнатуры требуют больше времени вычислений, чем более короткие сигнатуры. Наш набор данных о легких обычно следует этой схеме, в то время как для нашего набора данных об яичниках верно обратное. Для набора данных о раке яичников MCM проверила прогностические признаки, которые предсказывали короткое или долгое время выживания. Эта задача была по своей сути более сложной, чем задачи диагностики легкого (рак/отсутствие рака) или саркомы (различение подтипов саркомы). Из-за этой трудности MCM не мог вычислить почти столько же сигнатур на рабочий юнит яичников, сколько для других наборов данных, независимо от размера сигнатуры.
Рисунок 3. Сигнатуры, оцененные на рабочий юнит, по набору данных (и размеру) для всех опухолей (A) и в частности (B) для рака яичников.
Нашим следующим шагом будет оценка того, как различный состав сигнатур саркомы влияет на их прогностическую способность.
Мы благодарны всем, кто поддерживает Mapping Cancer Markers, и всем важным проектам World Community Grid.
Если мы празднуем 17-ю годовщину WCG, то это только благодаря вашей преданности делу.
Спасибо!
на англ.
Проект: Картирование онкологических маркеров
Опубликовано: 16 ноя 2021
Предистория
Картирование раковых маркеров (MCM) направлено на выявление маркеров (иногда называемых сигнатурами), связанных с различными типами рака. Проект анализирует миллионы результатов наблюдения, собранных из тысяч образцов тканей, здоровых и злокачественных, взятых у пациентов. До сих пор это были ткани с раком легких, раком яичников и саркомой.
Глядя на огромный вклад волонтеров
Каждая рабочая единица Mapping Cancer Markers тестирует несколько групп биомаркеров в сравнении с набором данных рака для использования в качестве диагностических или прогностических сигнатур. В настоящее время этот набор данных является нашим набором данных о саркоме. На данный момент MCM изучил три набора данных: рак легких, рак яичников и саркома. Для рака легких и яичников MCM исследовал разную длину сигнатуры ( т.е. разное количество генов, включенных в сигнатуру ), в то время как для саркомы сигнатуры имеют одинаковую длину, но разный состав ( т.е. они включают маркеры, измеренные разными методами, c переменными процентами ). На момент написания этого отчета волонтеры проанализировали около 800 миллионов рабочих юнитов.
Рисунок 1. Количество выполненных рабочих единиц по типу рака и размеру сигнатуры.
Рабочий юнит будет проверять сигнатуры определенного размера (количество биомаркеров) по своему набору данных. В сумме участники World Community Grid протестировали около 15 триллионов подписей, число, которое было бы невозможно протестировать без вашей поддержки.
Рисунок 2. Оцененные сигнатуры по набору данных (и размеру) для всех опухолей (A) и только для рака яичников (B).
Время вычисления, необходимое для каждой сигнатуры в любой заданной рабочей единице зависит от размера сигнатуры и набора данных. Поскольку мы стараемся поддерживать постоянный общий объем вычислений на рабочий юнит, количество сигнатур на рабочий юнит также будет зависеть от размера сигнатуры и набора данных.
В большинстве наборов данных более крупные сигнатуры требуют больше времени вычислений, чем более короткие сигнатуры. Наш набор данных о легких обычно следует этой схеме, в то время как для нашего набора данных об яичниках верно обратное. Для набора данных о раке яичников MCM проверила прогностические признаки, которые предсказывали короткое или долгое время выживания. Эта задача была по своей сути более сложной, чем задачи диагностики легкого (рак/отсутствие рака) или саркомы (различение подтипов саркомы). Из-за этой трудности MCM не мог вычислить почти столько же сигнатур на рабочий юнит яичников, сколько для других наборов данных, независимо от размера сигнатуры.
Рисунок 3. Сигнатуры, оцененные на рабочий юнит, по набору данных (и размеру) для всех опухолей (A) и в частности (B) для рака яичников.
Нашим следующим шагом будет оценка того, как различный состав сигнатур саркомы влияет на их прогностическую способность.
Мы благодарны всем, кто поддерживает Mapping Cancer Markers, и всем важным проектам World Community Grid.
Если мы празднуем 17-ю годовщину WCG, то это только благодаря вашей преданности делу.
Спасибо!
на англ.
