paroh: (Default)
[personal profile] paroh
автор: Исследовательская группа FightAIDS@Home
15 июня 2017 г.

Кратко
Исследователи FightAIDS@Home возобновили первый этап проекта в конце 2016 года и всего за несколько месяцев они завершили примерно 46 процентов своей проектной работы в World Community Grid. Читайте об их прогрессе в поиске соединений, которые могут остановить распространение ВИЧ.

Базовая проблематика

FightAIDS@Home ищет возможные соединения для нацеливания на белковую оболочку ВИЧ (так называемый капсид), которая защищает вирус. В настоящее время нет одобренных препаратов, которые нацелены на эту белковую оболочку.

Практические методы стыковки, используемые в фазе 1, являются приближением потенциальной эффективности перспективных соединений. Фаза 2 FightAIDS@Home использует другой метод моделирования для двойной проверки и дальнейшего уточнения результатов виртуального скрининга, которые генерируются в Фазе 1.

Исследовательская группа изучает библиотеку около 1,6 миллиона коммерчески доступных соединений, чтобы найти перспективные перспективы лечения. По оценкам команды, им необходимо будет выполнить примерно 621 миллион стыковочных вычислений в World Community Grid для тщательного тестирования каждого потенциального соединения. С помощью многих добровольцев, которые поддерживают этот проект, они уже завершили 46 процентов своей цели.

Вы можете не отставать от результатов исследовательской группы на их веб-сайте, который включает частые обновления своих экспериментов и прогресса.

Пожалуйста, прочтите ниже подробный обзор технических аспектов их недавней работы.

Поиск новых лекарств insilico (в кремнии (лат.) ), нацеленных на зрелый капсидный белок ВИЧ-1



Важность капсидного белка

Капсидный белок (СА) играет решающую роль в цикле репликации ВИЧ. После слияния клеток вируса и хозяина клетка капсида высвобождается в цитоплазму. Это ядро, которое представляет собой скопление ~ 1200 капсидных белков, содержит и защищает вирусную РНК и белки от деградации. Обратная транскрипция происходит в ядре в процессе, который плотно связан с разборкой сердечника капсида. Это приводит к ввозу вирусного генома кДНК в ядро ​​клетки-хозяина, где оно интегрируется в ДНК-хозяина для завершения заражения.

На сегодняшний день ни один препарат, нацеленный на CA, не одобрен для клинического применения. С целью выявления новых активных молекул, которые дестабилизируют ядро ​​капсида, мы создали кампанию виртуального скрининга с высокой пропускной способностью (VS) в сотрудничестве с World Community Grid в рамках проекта FightAIDS@Home (FA@H).

(Нажмите на картинку ниже для увеличенной версии.)

Рисунок 1: PDB 4xfx, гексамерная структура нативного зрелого капсидного белка ВИЧ-1.

Намеченные структуры

Основной целью расчетов стыковки была недавно решена структура гексамерной сборки СА. На поверхности гексамера были выбраны четыре области интереса, чтобы выполнять фокусированные стыковки, главным образом на интерфейсах димеров CA-CA. Структурная изменчивость, окружающая эти области, была проанализирована путем сравнения этой рентгеновской структуры с PDB (4xfx, см. Рис. 1) и двух полных моделей капсидных ядер, собранных лабораторией Schulten (3j3q и 3j3y, см. Рис. 2). Исходя из этого, 36 различных конформаций были выбраны в качестве целей для VS, включая рентгеновскую структуру и структуры из моделей. Каждая цель была установлена ​​как полная жесткая, а также с определенной комбинацией остаточных цепей, определенных как гибкие.

(Нажмите на картинку ниже для увеличенной версии.)

Рисунок 2: 2 модели сборки капсидного сердечника.

Для скрининга использовалась расширенная библиотека из 1,6 млн. коммерчески доступных соединений. Для оценки согласованности результатов выполнялись репликационные вычисления для каждого эксперимента по стыковке. Всего на World Community Grid будет проведено ~ 621 млн. стыковочных вычислений. В настоящее время завершено ~ 46% вычислений с конечной датой, оцененной в конце 2017 года, если вычисление не увеличиваются в скорости. Тем не менее, через месяц мы сможем предложить нашим сотрудникам Центрального Улья выбор соединений (сфокусированных на одной из четырех областей) для экспериментальных тестов на связывание и инфекционность.

Дополнительная информация

Выделенные веб-страницы (см. Http://fightaidsathome.scripps.edu/Capsid/index.html) были разработаны для информирования общественности и добровольцев World Community Grid по мере продвижения проекта. Страницы содержат обзор проекта, подробные сведения о целевых задачах и процессе выбора, описание составной библиотеки, ежечасный обновленный статус вычислений и раздел «люди», в котором добровольцы могут отображаться на странице, чтобы быть полностью частью проекта.

Был разработан автоматический конвейер, позволяющий постоянно обрабатывать результаты стыковки, полученные от World Community Grid. Эти пост-вычисления включают кластер высокопроизводительных вычислений (HPC) из Научно-исследовательского института Scripps и в основном связаны с идентификацией взаимодействий между кандидатами на лекарства и белком СА. Конвейер заканчивается заполнением базы данных MySQL, которая будет опубликована, как только она будет стабильной. Подробно, по оценкам, 3,3 ТБ сжатых данных поступает из World Community Grid и 1 ТБ, которые будут созданы после постобработки.

Наша команда из Научно-исследовательского института Scripps в Сан-Диего, в которую входят д-р Пьеррик Крейвер, доктор Стефано Форли и профессор Артур Олсон, действительно высоко оценивает ту важную поддержку, которую этот проект получает от волонтеров World Community Grid по всему миру.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: исследовательская группа FightAIDS@Home
1 декабря 2016

Кратко:
Мы рады сообщить, что мы возобновляем первую фазу проекта FightAIDS@Home. В сотрудничестве с World Community Grid и благодаря входящим в их состав добровольцам по всему земному шару, виртуальный скрининг с высокой пропускной способностью будет осуществляться путем воздействия на белок капсида ВИЧ-1 с целью обнаружения новых химических соединений, чтобы победить вирус СПИДа (ВИЧ). Подробнее в этой новости.

История вопроса

Во время созревания вируса ВИЧ, ВИЧ-1 белок капсида (CA) компонуется с тысячами копий к формам ядра капсида ​​[ссылка 1] с характерной конической формой (смотри рисунок 1C). Это ядро ​​охватывает вирусный геном РНК. После входа ВИЧ в клетки-хозяева, ядро ​​капсида высвобождается в цитоплазму и она диссоциирует в связи с обратной транскрипцией не выясненным полностью способом. Это приводит к импорту ДНК вирусного генома в ядра клетки-хозяина, где он встраивается в ДНК хозяина, завершая инфекцию.

Решающая роль белка СА в ранних и поздних стадиях вирусной репликации жизненного цикла привела к недавним усилиям по разработке лекарственных средств, нацеленных на зрелую форму белка. В настоящее время ни одна из этих молекул не используется в клинике, а некоторые сталкиваются с естественным полиморфизмом и устойчивыми мутациями [ссылка 2]. Таким образом, дальнейшее развитие препаратов, ориентированных на белок СА, по-прежнему необходимо.

Различные уровни структуры белка капсида

Белок CA состоит из последовательности 231-х аминокислот, которые складываются в 3 различные области (рис 1А): N-концевой домен (N-тер), компоновщик и домен С-концевой (С-тер). Этот белковая цепь комплексно соединяется с другими цепями для образования гексамеров (рис 1B) или пентамеров; которые компонуются вместе, чтобы сформировать поверхность конуса фуллерена ядра капсида (рис 1C). Есть несколько моделей компоновки ядра, но все они состоят из ~ 200 гексамеров и ровно из 12 пентамеров.

Рисунок 1: Белковая структура капсида ВИЧ-1

Виртуальный скрининг с высокой пропускной способностью

Команда FightAIDS@Home работает с World Community Grid, чтобы найти активные соединения, которые могут прикрепляться к CA белкам и медиируют сборку ядра капсида. Этот вычислительный эксперимент будет осуществлен с использованием программного обеспечения AutoDock Vina [ссылка 3].

Благодаря волонтерам, около 2 миллионов молекул будет отскринено через ~ 50 конформаций белка капсида, и мы надеемся, приведет к уменьшению отбора молекул. Это станет отправной точкой процесса обнаружения лекарств, нацеленных на белок капсида ВИЧ-1.

При поддержке наших сотрудников "Взаимодействия с ВИЧ и вирусной эволюции" (HIVE, экспериментальные биологические анализы и анализы в отношении инфекционности будут проводиться для определения, действительно ли выбранные соединения могут быть оптимизированы в качестве перспективного лекарственного кандидата.

Четыре исследуемых кармана

На основе рентгеновских структур белка CA, модели ядра и компьютерных анализов их гибкости, четыре исследуемых кармана были отобраны на поверхности компоновки гексамера (см рисунок 2).

Рисунок 2: Четыре исследуемых кармана

Эти карманы включают либо один мономер (как карман 2 вдоль домена линкера), на границе раздела двух мономеров (карманы 1 и 4), или шестикратный интерфейс (карман 3).

Мутагенез экспериментов показал, что стабильность ядро ​​точно настроена, чтобы обеспечить упорядоченную декомпоновку во время ранней стадии цикла репликации вируса [ссылка 4]. Именно поэтому выбор соединений будет сделан либо для молекул, которые могли бы стабилизировать или дестабилизировать гексамер; при условии, что оба действия могут оказать влияние на равновесие ядра.

Наша команда из научно-исследовательского института Скриппса в Сан-Диего, включающая в себя д-ра Pierrick Craveur, д-ра Стефано Форли и профессора Артура Олсона, действительно ценит поддержку этот проекта, получаемую от добровольцев World Community Grid по всему земному шару.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
овании
Автор: исследовательская группа FightAIDS@Home
30 сентября 2016

кратко:
Команда FightAIDS@Home работает с технической командой World Community Grid, чтобы создать новый протокол отбора сэмплов, который будет более тесно прогнозировать силу связывания потенциальных лекарственных препаратов по отношению к их белковым мишеням ВИЧ, как определено в реальных экспериментах. Читайте об этой работе, а также других новостях в этом обширном обновлении.

(Слева направо) руководитель программы World Community Grid Juan Hindo с некоторыми из членов группы Рон Леви в университете Темпл: Рон Леви, Билл Флинн, Junchao Ся, Пэн Он, Nanjie Дэн

Создание нового протокола отбора сэмплов

коротко о сути проблемы

Моделирование, работающее в FightAIDS@Home - Фаза 2 использовало два новых метода моделирования (независимые выборки и лямбда-планирование), что мы специально предназначили для уникальной вычислительной среды World Community Grid. В то время как добровольцы кранчили, мы усердно анализировали результаты возвращающиеся к нам, чтобы определить, являются ли эти новые протоколы достаточными для удовлетворения наших научных целей и эффективного обеспечения добровольцев вычислительными задачами. Результаты для первых 106 партий показывают качественное согласие с предыдущими бенчмарками, запущенными на высокопроизводительных вычислительных кластерах, но некоторые результаты показывают, что новые протоколы моделирования не являются удовлетворительными для всех видов анализа.

При поддержке наших сотрудников в HIV Interaction and Viral Evolution Center (HIVE) (Центр взаимодействия ВИЧ и вирусной эволюции ("Улей") ) и команды World Community Grid, мы тесно сотрудничаем с разработчиками программного обеспечения World Community Grid для реализации более строгой схемы моделирования, которая точно имитирует более алгоритмически эффективное моделирование работы на не-сетевых вычислительных ресурсах. Этот новый протокол выборки называется асинхронным обменом точной копией.

Как работает обмен асинхронными репликами

Наш текущий процесс: в настоящее время несколько копий белок-лиганда (структура, состоящая из потенциального лекарственного соединения состыкованная с рецептором белка) направляются ко многим добровольцам и моделируются без взаимодействия друг с другом. Коллективная информация от всех этих имитаций объединяются во время анализа в самом конце.

Новый процесс: асинхронный обмен репликами позволяет использовать информацию из различных копий совместно и обмениваться среди всех копий динамически после коротких периодов моделирования и этот процесс вырабатывает правильную сбалансированную статистическую физику, необходимую для нашего анализа.

Преимущества нового процесса: обмен репликами резко повышает эффективность вычислений. Это означает, что в дополнение к тому, что данные стали более ценным с точки зрения анализа , (а) будущие рабочие блоки будут иметь более короткое время выполнения, что делает 2-й фазу вычислений доступной для большего числа добровольцев; (б) может быть увеличено число батчей, работающих одновременно; и (в) каждый батч будет иметь более короткое общее время моделирования.

Прототип этого нового метода был впервые разработан, а затем протестирован на нашей локальной BOINC-сетке в Университете Темпл. Теперь разработчики программного обеспечения World Community Grid прилагают все усилия, чтобы реализовать ту же технику на платформе World Community Grid. Эти усилия сделают возможными большие моделирования обмена точной копией (на два порядка) из когда-либо выполненных и мы ожидаем, что тестирование начнется в ближайшие несколько недель. В то же время, мы будем продолжать работать и извлекать ценную информацию из моделирования с использованием наших текущих алгоритмов.

Для получения дополнительной информации об этой работе, смотрите эти две статьи:

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23996/abstract

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465515002556

отсеивание результатов FightAIDS@Home - Phase 1

Мы уходим от бенчмаркинга моделирования и мы работаем в тесном контакте с нашими сотрудниками и давними FightAIDS@Home - Phase 1 исследователями учеными научно-исследовательского института Скриппса, чтобы собрать лучшие хиты от многих виртуальных экранов, выполненных за последнее десятилетие. Мы находимся в процессе подготовки файлов входных данных для топ-кандидатов из более чем 35 миллионов соединений отскриненных в фазе 1 из библиотеки ZINC, свободной базе коммерчески доступных соединений для виртуального скрининга. В течение следующего набора партий, волонтеры могут ожидать увидеть исследовательские задачи, направленные к отсеиванию результатов первой фазы.

Новое исследование по вычислительному моделированию ВИЧ

Рисунок: (слева) ALLINI KF116 (зеленый) свывается на стыке двух основных каталитических доменов (CCD) субъединиц ВИЧ-интегразы. (Справа) ALLINI-2 (зеленый) облегчает взаимодействия между димером CCD и С-концевым доменом (CTD) другой молекулы интегразы ВИЧ. Из-за присутствия ALLINI, взаимодействие между СТД одним димером интегразы и интерфейсом ПЗС-CCD другого димера интегразы стабилизируется; цепи этих меж-субъединичных взаимодействий приводят к агрегации.

Захватывающее исследование относительно компьютерного моделирования ВИЧ пришло из сотрудничества с нашей лаборатории и экспериментаторов в центре "Улей".

ВИЧ-интеграза представляет собой вирусный белок, который играет важную роль в репликации вируса ВИЧ. Класс соединений, называемых аллостерическими ингибиторами интегразы, или ALLINIs, обладают уникальным механизмом ингибирования ВИЧ-интегразы. ALLINIs действуют как клей, который заставляет множество молекул интегразы запутываться вместе и сделать трудным для них выполнение своей нормальной работы, которая должна включать ВИЧ вирусной ДНК в собственную ДНК клетки.

Научный сотрудник Nanjie Дэнг, доцент исследования с участием группы Рона Леви в Университете Темпл, продемонстрировал симуляцию с молекулярной динамикой ВИЧ-интегразы димеров, как этот процесс, который называется мультимеризацией, стимулируется с помощью ALLINIs. Прогнозы Дэна по всей видимости, подтвердятся кристаллической структурой с высокой разрешающей способностью, которая будет доступна позже в этом году. Специализированную публикацию его работы можно найти здесь.

Мы ценим поддержку этого проекта полученную от добровольцев World Community Grid по всему земному шару.

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Д-р Erica Ollmann Saphire, кандидат технических наук
Научно-исследовательский институт Скриппса
9 июля 2016

Кратко
В этой краткой новости д-р Erica Saphire говорит о сохраняющейся необходимости исследования вируса Эбола и поиске финансирования, чтобы помочь проанализировать данные, полученные добровольцами World Community Grid.


По состоянию на июнь 2016 года, Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) сообщает, что было более 28000 случаев вируса Эбола в Гвинее, Либерии и Сьерра-Леоне, с более чем 11000 смертей. В то время как ВОЗ заявила, что самая последняя вспышка закончилась, большинство исследователей и экспертов в области общественного здравоохранения считают, что это лишь вопрос времени, прежде чем произойдет другая вспышка вируса Эбола. Вирус Судан и вирус Марбург, два заболевания, которые связаны с вирусом Эбола, также могут привести к серьезным кровоизлияниям и имеют высокий потенциал для вспышек. Вирус Ласса также вызывает сходные симптомы и носит эндемический характер, вызывая тысячи случаев каждый год в Западной Африке.

По этим причинам наше исследование имеет решающее значение, чтобы помочь сдержать будущие вспышки заболеваний. Для того, чтобы двигаться быстрее в направлении лабораторного тестирования наиболее перспективных соединений скрининга на World Community Grid, мы ищем финансирование, чтобы нанять дополнительного члена лаборатории, который будет участвовать в нашей лаборатории и в лаборатории Olson здесь, в научно-исследовательском институте Скриппса. Этот человек помог бы с анализом данных для перехитрить Эбола Вместе и борьбы со СПИДом@Дома, а также поможет подготовить будущие цели для Эболы и связанных с ним заболеваний для нас, чтобы исследовать с помощью World Community Grid.

Финансирование всегда является проблемой в научных исследованиях, и ресурсы становятся все более дефицитными для науки по всему миру. Но Перехитрите Эбола Вместе остается главным приоритетом для моей лаборатории, и наша работа будет продолжена. Мы очень благодарны многим добровольцам, которые продолжают вносить свой вклад в этот проект. Мы с нетерпением ожидаем возможности объявить о получении финансирования для новой позиции в будущем!

новость на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com

Кратко:

Исследовательская группа второй фазы FightAIDS@Home разрабатывает и тестирует новые способы использования огромных вычислительных мощностей World Community Grid. Их цель состоит в том, чтобы использовать в качестве основы результаты первой фазы, задействовав ресурсы добровольцев как можно более эффективно.


Эта молекула, известная как AVX101124, была идентифицирована в фазе 1 FightAIDS@Home как важная для нашего продолжающегося исследования.

Обзор

Наша команда FightAIDS@Home - Phase 2потихоньку акклиматизируется к управлению исследовательским ПО на этом очень мощном, но нетрадиционном вычислительном ресурсе. Мы анализируем предварительные результаты первых партий исследовательских задач, которые были использованы для тестирования различных приближений моделирования и доводились наиболее эффективным способом использования огромного количества донорского вычислительного времени. Мы также составляем большой набор новых рабочих юнитов, пока переоснащаем нашу подготовку данных и анализируем конвеерную обработку, чтобы идти в ногу с массовым притоком результатов.

Используя моделирование BEDAMдля FightAIDS@Home - Phase 2 представляет собой огромную возможность для уточнения и обогащения результатов первой фазы. Однако, прежде чем уточнять и хиты, выявленные в первой фазе, и новые соединения, изучаемые нашими сотрудниками HIVE Центра, нам необходимо разработать и протестировать новые способы, чтобы запустить нашу программу при ограничениях, налагаемых сеткой вычислительной инфраструктуры.

Детали

Текущий набор исследовательских задач ('рабочих юнитов') был разработан, чтобы служить трем целям. Во-первых, мы оцениваем, как наша новая схема моделирования, специально разработаная для свободных энергетических расчетов с использованием распределенных и гетерогенных ресурсов World Community Grid соотносится с результатами более традиционных однородных высокопроизводительных кластеров. Мы запустили два различных набора моделирования на World Community Grid, которые отличаются в том, как моделирующиеся параметры функции энергии варьируют на многих копиях каждого целевого лиганд-белкового комплекса. Во-вторых, моделирование позволяет пересмотреть вычисления связывания свободных энергий (связывающих баллов) и прогнозировать режимы (позы) связывания для хорошо изученного набора белка ВИЧ-интегразы, что мы изучали ранее в SAMPL4 соревновании предсказания связывания свободной энергии. Выполняя эти различные моделирования на этом тестовом наборе комплексов, мы можем конструировать и оптимизировать будущие партии моделирования, чтобы быть как можно более эффективными с точки зрения ресурсов добровольцев.

Первый набор результатов моделирования (эксперименты 0-52) почти завершен и был проанализирован. Мы ожидаем, что эта первая схема моделирования значительно превосходит вторую схему, тестируемую в экспериментах 53-105. Мы примерно на 60% с этими эти первыми 106-ю экспериментами и если предварительный анализ второй серии экспериментов доказывает наша гипотеза верна, то мы можем завершить второй набор моделирования до выполнения в целях перехода к новым партиям, с использованием лучшей схемы моделирования.

Кроме того, в то время как вы кранчили наши рабочие юниты без репликации (кворум 1), мы разработали партии, имеющие встроенную избыточность - это означает, что исследовательские задания назначаются более одного раза для того, чтобы сравнить результаты и подтвердить их достоверность - что, как мы заключаем теперь, - слишком консервативно. Из анализа первого набора партий очевидно, что нынешние протоколы моделирования могут быть сокращены для будущих партий, что позволяет нам моделировать больше комплексов одновременно на World Community Grid, продвигаясь вперед. Сейчас мы готовим следующий набор партий, используя результаты стыковки с большими комплексами из соревнования SAMPL4, которые мы недавно получили из лаборатории MGL Скриппса.

Мы ожидаем, что этот первый год FightAIDS@Home Phase 2 будет чрезвычайно полезным для нашей группы и сотрудников Центра HIVE и мы очень благодарны IBM за то, что дали эту возможность, и главное, волонтерам World Community Grid.

Это также был захватывающий месяц для лаборатории Леви. Это наше удовольствие сообщить, что январский выпуск Protein Science является специальный выпуском в знак признания вклада Рональда Леви в области вычислительной биофизики! Выпуск можно свободно читать онлайн. Профессор Рон Леви, который разработал инструмент BEDAM используемый в данной фазе проекта, проводит молекулярные симуляции в фазе 2, и мы очень рады помочь отпраздновать его достижения в этой области.

новость (на англ.)

[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: д-р Артур Олсон
Профессор исследовательского института Скриппса
8 декабря 2015

Краткое изложение

Мы были приглашены, чтобы написать главу для будущей книги:"будущее ВИЧ-1 терапии". Наша глава фокусируется на структурно-основанном дизайне лекарств и обсуждает преимущества моделирования "в кремнии" для резкого расширения масштабов и эффективности структурно-основанного исследования. Мы уделяем особое внимание преимуществам крупномасштабной вычислительной сети, которые мы нашли в World Community Grid.

Мы были приглашены, чтобы написать главу для книги о достижениях терапии ВИЧ, под названием: "будущее ВИЧ-1 терапии: сопротивление бесполезно?". Наша глава под названием: "Сложные вычислительные проблемы структурно-основанных приближений, применяемых к ВИЧ" открывает перспективу применения вычислительных методов в разработке новых лекарственных препаратов и обсуждает как World Community Grid важен для наших научно-исследовательских работ.

Аннотация для неспециалистов.

Структурно-основанный дизайн лекарств зависит от наличия кристаллографических структур белков-мишеней, которые используются для тестирования больших библиотек соединений (часто несколько миллионов) "в кремнии", чтобы выявить потенциальные новые лекарства. На самом деле, дизайн ингибиторов протеазы ВИЧ в середине 1990-х часто преподносится в качестве первого успешного примера преимуществ вычислительного структурно-основанного дизайна лекарств.

Стыковка такого огромного количества виртуальных соединений является сложной задачей самой по себе. Кроме того, большинство целей обнаруживают различную степень гибкости. Моделирование этого аспекта добавляет еще один уровень сложности, который может резко увеличить количество вычислений. Вместе с тем, при работе с вирусами, такими как ВИЧ-1, которые мутируют с очень высокой скоростью, все становится еще более проблематичным. На самом деле, многие белки, продуцируемые вирусом при заражении, могут являть собой мутации, которые делают известные мощные препараты неэффективными.

В специальном разделе главы ("Крупномасштабное моделирование"), мы подробно описываем как IBM и World Community Grid позволили справиться с таким невероятным количеством вычислений в FightAIDS@Home (FAAH). Компьютерное время, пожертвованное добровольцами (более 300000 лет вычислительных и все прибавляется!), и доступное через World Community Grid, позволило разработать и выполнить эксперименты, которые были бы невозможны с обычными вычислительными ресурсами.

Мы заканчиваем главу, обсуждая новые цели, становящиеся доступными и новые методы моделирования, строящие более крупные и более детальные модели всего вируса. Это представит новые возможности и еще больше сложных проблем для проектирования ВИЧ-1 лекарств. С помощью World Community Grid и всех FAAH добровольцев мы планируем решать эти проблемы и дальше расширять границы исследования.

Аннотация для специалистов.

Мы рассмотрим некоторые из возможностей и проблем с которыми мы сталкиваемся в вычислительном моделировании ВИЧ терапевтических мишеней и структурной биологии, и с точки зрения развития методологии и структурно-основанного дизайна лекарств (SBDD). Вычислительные методы обеспечили фундаментальную поддержку исследований ВИЧ со времени первоначальных структурных исследований, помогая раскрыть детали биологии ВИЧ. Вычислительные модели оказались мощным инструментом для анализа и понимания воздействия мутаций и преодоления их структурного и функционального влияния в резистентности. При наличии данных о структуре эксперименты в кремнии служат орудием разработки и улучшения взаимодействия между лекарствами и вирусными мишенями, такими как ВИЧ-протеаза, обратная транскриптаза и интеграза. Такие вопросы как вирусные динамические характеристики и мутационная изменчивость, а также роль воды и оценки связывания свободной энергии в характеристиках лиганд-взаимодействий, являются областями активных вычислительных исследований. Постоянно возрастающие вычислительные ресурсы и теоретические и алгоритмические преимущества сыграли важную роль в прогрессе на сегодняшний день и мы предвидим постоянно возрастающую роль для вычислительных методов в нашем понимании биологии ВИЧ и SBDD в будущем.

Текст новости на англ.
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
Автор: Др. Артур Олсон, профессор, Исследовательский институт Скриппса

краткое изложение

В этом обширном обновлении лидер команды FightAIDS@Home, профессор Артур Олсон вкратце перечисляет без малого десятилетие прогресса в борьбе против СПИДа: новые вычислительные методы, новое понимание ключевых белков ВИЧ и огромные объемы вычислительных результатов, которые только начали изучаться. Несмотря на сворачивание Фазы 1, Фаза 2 этого громадного проекта будет продолжать продвигать жизненно важное исследование в самый смертельный вирус в мире.

Проект FightAIDS@Home (FAAH) присоединился к World Community Grid почти 10 лет назад и является самым его длинным непрерывно работающим проектом. Фаза 1 в настоящее время свертывается, так что это хороший момент, чтобы дать World Community Grid добровольцам резюме кто мы, какими были наши цели, какие вычислительные приближения были включены в вами предоставленные ресурсы и то, чего мы достигли к этому моменту. Мы постоянно осознаем, что это исследование возможно только из-за вашей невероятной щедрости, и мы надеемся, что вы все останетесь участниками Фазы 2 нашей работы.

Кто стоит за FightAIDS @ Home?

FAAH, которая использует вычислительные исследования, чтобы помочь продвинуть поиск новых методов лечения против ВИЧ/СПИДа, начался с Entropia (ныне прекратившей свое существование платформы распределенных вычислений) в 2000 году, как сотрудничество между Скоттом Куровски, Тим Cusac, доктор Гаррет Моррис и мной. 21 ноября 2005 года FAAH присоединился к World Community Grid. В течение последнего десятилетия постоянно растущая вычислительная мощность, обеспечиваемая добровольцами World Community Grid, позволила нам расширить масштабы нашего исследования ВИЧ на много порядков значительности. В качестве дополнительного бонуса, эти огромные ресурсы также вдохновили нас на создание новых инструментов и стратегий, чтобы использовать потенциал, предоставляемый World Community Grid. Эти инструменты не только повышают эффективность и точность наших вычислений, управляемых исследований против ВИЧ, но также помогают развивать исследования, которые остальная часть научного сообщества продолжает в отношении других заболеваний.

Проект FightAIDS@Home работал в лаборатории Олсон по выделенной преемственности Postdoctoral Research Associates в течение последних 10 лет. Гаррет Моррис, Уильям "Линди" Линдстром, Алекс Перриман и Даниэль Сантьяго, по очереди брали на себя лидерство в проведении наших вычислительных экспериментов на World Community Grid. Им ассистировали на протяжении многих лет несколько членов лаборатории, включая Майкла Пике, Рут Huey, Стефано Форли, Саргиса Даллакяна Алекса Жилле и Макса Чанга. Как и в большинстве академических лабораторий, постдоки остаются на срок от 2 до 4 лет, а затем переходят на более долговременные позиции. Даниэль Сантьяго только что покинул лабораторию и мы в настоящее время интервьюируем на нового постдока, научного сотрудника, чтобы тот занял его место.

FightAIDS@Home цели

Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), вирус, который вызывает синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД), заразил более 70 миллионов человек во всем мире с начала этой пандемии. В настоящее время более 35-ти миллионов человек инфицированы ВИЧ и более 2-х миллионов заражаются каждый год. Почти один миллион человек умирает от СПИДа каждый год, что делает ВИЧ самым смертоносным вирусом, который причиняет страдания человечеству.

Лаборатория Олсон заинтересована в понимании молекулярных механизмов, ответственных за развитие лекарственной устойчивости ВИЧ и в использовании этого понимания, чтобы помочь разработать новые терапевтические подходы для лечения ВИЧ-инфицированных лиц. Я руковожу центром, финансируемым NIH (National Institutes of Health), под названием HIVE (HIV Interaction and Viral Evolution) Center, который состоит из 14-ти отдельных лабораторий в 8-ми различных учреждениях по всей стране. Лаборатория Олсона, и кроме того проф. Рон Леви в Университете Темпл, участвуют в вычислительных аспектах задач Центра. Наш подход к проблеме лекарственной устойчивости в том, чтобы имитировать взаимодействие синтетических органических молекул с вирусными белками, для предсказания того, какие из них могли бы связывать и влиять на активность этих белков. Чтобы сделать это моя лаборатория разработала и использует две вычислительных программы AutoDock и AutoDock Vina для скрининга больших библиотек химических соединений. Основная цель этих вычислений - обнаружить какие соединения могут потенциально взаимодействовать и подавлять деятельность так называемого "дикого типа" и резистентных к лекарственным средствам мутации белков, которые развивались у пациентов. Основными белковыми мишенями для этой работы были ВИЧ-протеаза (PR), интеграза (IN) и обратная транскриптаза (RT). Это те три белка, для которых FDA имеет утвержденные препараты для лечения ВИЧ-инфицированных пациентов. Они также являются теми тремя ферментами, производимых вирусом, чтобы довести до конца химические реакции, которые поддерживают жизненный цикл вируса. Используя обширные структурные данные на диком типе и мутантных белках, а также мутационных данных лечащихся ВИЧ-инфицированных пациентов, мы исследуем гипотезы и отношения между молекулярной структурой и развитием лекарственной устойчивости. Вычислительные ресурсы World Community Grid внесли неоценимый вклад в расширение наших вычислительных подходов в этой научно-исследовательской работе.

В первые годы FAAH, опыты, как правило, были вычислительно оценивающими несколько тысяч соединений против одного кармана одного типа вирусной структуры - с активным участком ВИЧ-протеазы. "Активный участок" является регионом, где химическая работа будет выполнена с помощью фермента. Протеаза ВИЧ рубит длинную, вирусную, мульти-белковую полипептидную цепь в нескольких различных, конкретных местах. Сокращение этой мульти-белковой цепь в различные кусочки, в дальнейшем позволяет этим различным индивидуальным белкам свернуться в их нормальные, зрелые формы, необходимые для их функционирования. Эти свернутые вирусные белки работают вместе, чтобы создать новые частицы ВИЧ, которые сбегут из инфицированной клетки, созреют, а затем заразят новые клетки, которые распространяют инфекцию внутри пациента и позволят инфекции распространиться к новым людям. Когда активность протеазы ВИЧ существенно нарушается, то эти мульти-белковые вирусные полипептидные цепи больше не разделены эффективным, хорошо упорядоченным образом. Это заставляет инфицированную клетку производить незрелые, нефункциональные частицы, неспособные инфицировать другие клетки. Очень важно, что когда ВИЧ препараты протеазы были объединены с ВИЧ препаратами обратной транскриптазы, смертность связанная с ВИЧ-инфекциями резко сократилась. До существования препаратов ВИЧ-протеазы, заражение ВИЧ было в основном быстрым и ужасным смертным приговором. Когда препараты ВИЧ-протеазы были объединены с другими классами анти-ВИЧ препаратов, чтобы сделать коктейли ВААРТ (Высокоактивная-антиретровирусная терапия), то многие ВИЧ-инфицированные пациенты смогли вести долгую и продуктивную жизнь с приемлемым качеством жизни. Тем не менее, поскольку ВИЧ продолжает развиваться в несколько разных форм, которые способны противостоять воздействию этих препаратов (то есть, новые мульти-лекарственно-устойчивые мутанты супербактерии продолжают появляться и распространяться), мы должны открыть для себя новые виды лекарственных препаратов и терапевтических вмешательств, которые смогут сделать эти мутанты непригодными.

World Community Grid позволяет беспрецедентные вычислительные подходы для FAAH

Вычислительная проблема стыковки это высокоразмерный поиск возможных взаимодействий между двумя молекулами, химического соединения и вирусного белка-мишени. Надо, как правило, генерировать миллионы поз двух взаимодействующих молекул и для каждой позы вычислить энергию взаимодействия между ними. Эта оценка энергии осуществляется путем суммирования энергий взаимодействия между всеми атомами в двух молекулах. Когда мы впервые разработали AutoDock в 1990 году, одна стыковка занимала 20 минут или больше на самых быстрых компьютерах того времени. Сегодня, благодаря закону Мура, такой расчет может занять от несколько секунд до минуты в зависимости от сложности участвующих молекул. Таким образом, возможность скринить много молекул против конкретного белка-мишени (т.е. виртуальный скрининг) стала вероятной. Однако найти хорошего кандидата молекулу (хит), которая хорошо связывается с функциональным участком на белке требует скрининга очень большого количества химических соединений. Чем больше библиотека соединений, тем лучше шансы, что хорошое хит соединение будет в этой библиотеке.

Имея наш FAAH проект World Community Grid позволило нам запустить вычисления, которые заняли бы буквально сотни лет на более традиционных компьютерных системах. Теперь мы можем запускать виртуальные экраны химических библиотек против не одиночного белка-цели, но против больших выборок лекарственно-устойчивых мутантных белков этого вируса-цели. Вычислительная мощность World Community Grid также позволила нам увеличить размер библиотеки, которые мы используем в наших виртуальных скринах. Ранее мы были только в состоянии скринить библиотеки из нескольких тысяч соединений. Сегодня мы, как правило, скриним комбинированные библиотеки, содержащих более 5 миллионов соединений против каждого белка-мишени ВИЧ. Это дает нам гораздо больше шансов найти хорошие хитовые молекулы.

Одним из важнейших аспектов вычислительной стыковки - как взаимодействующие молекулы представлены или смоделированы. AutoDock был первым кодом стыковки, который позволил модели химического соединения быть гибкой при стыковке с белком-мишенью. Каждая связь в соединении, способная вращаться или поворачиваться, добавляла еще одно измерение в пространство поиска, которое должно было быть изучено, и поэтому, к сложности вычислений. В те дни целевой белок должен был рассматриваться как жесткая молекула, так как сложность его гибкости было бы слишком тяжело вычислительно смоделировать. Используя силу World Community Grid, мы смогли преодолеть это ограничение и внедрили различные представления гибкости белка, давая нам более реалистичные модели белка-мишени. До этого момента волонтеры FAAH пожертвовали более 340000 лет машинного времени для наших научно-исследовательских работ.

Научные достижения

Путем скрининга библиотек соединений против и дикого типа, и многочисленных лекарственно-устойчивых мутировавших версий ВИЧ-протеазы, мы смогли охарактеризовать спектр мутантов, которые существуют и объединить их в характерные варианты. Это дало нам возможность сократить количество прототипичных мутантов ВИЧ PR, которые мы должны использовать в наших виртуальных скринах и позволило нам и другим сосредоточить наше внимание на видах вариаций, которые вирус способен сделать, чтобы остаться функциональным в присутствии лекарственной терапии.

По мере увеличения числа добровольцев World Community Grid и суммы пожертвованной ими компьютерной мощности на протяжении многих лет, мы смогли значительно увеличить размер и сложность типов экспериментов, которые мы могли бы выполнять. Теперь мы пристыковали миллионы низкомолекулярных соединений против нескольких различных регионов всех ферментов, которые производит ВИЧ - протеазы, обратной транскриптазы и интегразы. Обратная транскриптаза ВИЧ является частью вирусного механизма, делающего новые копии его генетического материала. Он принимает РНК ВИЧ от первоначальной вирусной частицы и делает более стабильной ее версию ДНК (так называемая кДНК, или комплементарная ДНК). Интеграза ВИЧ затем обрабатывает вирусную ДНК, закрепив часть каждого ее конца, чтобы сформировать более реагирующие "липкие концы". Интеграза затем окончательно прикрепляет липкие концы ДНК вируса к человеческой ДНК, чтобы создать постоянно инфицированные клетки, которые затем идут на производство новых копий вируса. Таким образом, World Community Grid позволил нам вычислительно оценить миллионы соединений в отношении многих различных регионов всего вирусного механизма - вместо только возможности оценить тысячи соединений против одного региона одного типа фермента. Это займет у нас много лет, чтобы проанализировать эти горы данных, выбрать наиболее перспективные соединения-кандидаты и экспериментально оценить эти кандидаты в «мокрых» лабораторных экспериментах, выполненных нашими сотрудниками. Но мы создали новые инструменты, чтобы помочь нам обрабатывать и более эффективно анализировать эти данные, и мы разрабатываем дополнительные подходы, чтобы помочь нам собрать более полезную и более точную информацию из результатов, что добровольцы как вы сделали.

Совсем недавно, мы обратили внимание на концепцию синергетического ингибирования фермента ВИЧ функции. В дополнение к нацеливанию на активные участки этих ферментов, мы также смогли искать новые ингибиторы, которые связываются с "аллостерическими" участками на каждой из этих вирусных наномашин. Аллостерические ингибиторы были обнаружены и в интегразе ВИЧ и в обратной транскриптазе. Большинство ингибиторов отключает функцию фермента путем связывания непосредственно с "активным" (участок конкретного региона фермента, где происходит химическая работа) и блокирует его способность функционировать. 9 FDA-одобренных ВИЧ препаратов протеазы являются примером этих традиционных типов ингибиторов: они связываются с и блокируют активный участок в полом тоннеле в центре протеазы, который предотвращает возможность вирусного мульти-белкового полипептида связываться в пределах этого туннеля и расщепиться. Аллостерические ингибиторы работают в очень непохожей манере - они связываются с совершенно другим участком, регулируют конформационные предпочтения и/или гибкость всего целевого белка и тем самым отключают активный участок. Они связывают далеко от активного сайта и проецируют их влияние на остальную часть фермента. Аллостерические торможение, это как положить защелку на ручки ножниц для того, чтобы предотвратить лезвия от возможности открыться и закрыться и порезать что-то. Самое главное, различные эксперименты с ВИЧ, раком и малярией показали, что комбинации аллостерических ингибиторов и активных участков ингибиторов могут (а) сгенерировать комбинированную терапию, которая более эффективна против текущих супербактерий и что (б) на самом деле замедлит эволюцию новых лекарственно-устойчивых мутантов.

Нет известных аллостерических ингибиторов ВИЧ PR. Однако мы предположили, что могут существовать участки для аллостерического ингибирования HIV PR. Мы запускали FAAH виртуальные экраны против возможных участков и обнаружили, что есть химические соединения, которые могут связываться с этими участками. Эти наблюдения подкрепляются экспериментальными рентгеновских дифракционными экспериментами на PR в присутствии химического фрагмента библиотеки. Наблюдаемые в этих экспериментах 3 участка отдалены от активного участка ВИЧ PR, где химические фрагменты связываны. Мы теперь сосредоточились на поиске лучших связывающих соединений в этих участках, использующих наши виртуальные экраны FAAH. Некоторые из хитов из этих скринов были проверены рентгеновской кристаллографией и ЯМР-спектроскопией. Дальнейшее развитие и оптимизация этих хитов продолжается. Мы также тесно сотрудничаем с другими исследователями HIVE Центра, профессором Kvaskhelia в Университете штата Огайо и профессором Арнольдом в Университете Рутгерса по улучшению аллостерического ингибирования интегразы ВИЧ и обратной транскриптазы, соответственно.

Рафинированные результаты

Другой подход к этой проблеме, которая была разработана в сотрудничестве с Лабораторией Леви в Университете Темпл, включает отдельный вычислительный шаг, оценивающий не только в топ соединений из виртуального скрина, но многие из топ ранговых соединений. Это вычисление использует сложные молекулярные приближения, основанные на динамике оценки свободной энергии связывания, которые слишком трудно вычислительно выполнить при стыковке, но которое может различать истинные и ложные последующие срабатывания к стыковке. Этот подход, называемый BEDAM, осуществляется с молекулярным инструментом моделирования под названием Academic IMPACT, который работает в фазе 2 нашего FAAH проекта на World Community Grid.

В целом, волонтеры World Community Grid сделали возможным бесценный ресурс для нашей постоянной работы в понимании природы лекарственной устойчивости ВИЧ. Как и в большинстве научных проектов, наряду с новыми результатами, возникают новые вопросы. Хотя у нас есть достаточно, чтобы получить полную картину эволюции лекарственной устойчивости ВИЧ или создать новый препарат, который побеждает сопротивление ВИЧ, мы разработали новые вычислительные методологии и открыли ряд направлений исследований, которые могут привести к лучшим приближениям к лечению и, возможно, даже вылечить ВИЧ-инфекцию.

Искренняя благодарность всем добровольцам, которые не пожалели своего времени на этот проект. И в то время как начальная фаза проекта FightAIDS@Home пришла к концу, убедитесь, что вкладываете во вторую фазу проекта.

Оригинал статьи
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
"Автор: д-р Артур Олсон
Профессор исследовательского института Скриппса
9 октября 2015

Резюме
Мы недавно были приглашены, чтобы написать главу для будущей книги: будущее ВИЧ-1 терапии. Наша глава фокусируется на основанном на структуре дизайне лекарств и обсуждает преимущества моделирования "in silico" (в кремнии) для резкого расширения масштаба и эффективности исследований, основанных на структуре. Мы уделяем особое внимание на преимуществам крупномасштабной вычислительной сети, которые мы нашли в World Community Grid.

Недавно мы были приглашены, чтобы написать главу для книги о достижениях терапии ВИЧ, под названием: будущее ВИЧ-1 терапии: сопротивление бесполезно?. Наша глава, под названием «Вычислительные проблемы подходов, основанных на структуре, применяемых к ВИЧ" обеспечивает перспективу по применению вычислительных методов в разработке новых лекарственных препаратов и обсуждает как World Community Grid важна для наших научно-исследовательских работ.

Мирянский конспект.

Дизайн лекарств, основанный на структуре зависит от наличия кристаллографических структур белков-целей, которые используются для тестирования больших библиотек соединений (часто несколько миллионов) "в кремнии", чтобы выявить потенциальные новые лекарства. На самом деле, дизайн ингибиторов протеазы ВИЧ в середине 1990-х часто представляют в качестве первого успешного примера преимущества вычислительного дизайна лекарств, на основе структуры.

Стыковка такого огромного количества виртуальных соединений является вызовом само по себе. Кроме того, большинство целей существуют различными степенями гибкости. Моделирование этого аспекта добавляет еще один уровень сложности, который может резко увеличить количество вычислений. Несмотря на это, при работе с вирусами, такими ВИЧ-1, которые мутируют с очень высокой скоростью, все становится еще более проблематичным. Фактически, многие белки, продуцируемые вирусом при заражении могут представить мутации, которые делают известные мощные препараты неэффективными.

В специальном разделе главы ("Крупномасштабная моделирования"), мы подробно описываем, как IBM и World Community Grid позволило справиться с таким невероятным количеством вычислений в FightAIDS@Home (FAAH). Компьютерное время, пожертвованное добровольцами (более 300000 вычислительных лет и растет!) и доступное через World Community Grid, позволило разработать и выполнить эксперименты, которые были бы чрезмерными с обычными вычислительными ресурсами.

Мы закрываем главу, обсуждая новые цели, которые становятся доступны и новые методы моделирования, которые строят более крупные и более детальные модели всего вируса. Это представит новые возможности и еще больших вызовов для проектирования ВИЧ-1 лекарств. С помощью World Community Grid и всех FAAH добровольцев, мы планируем решать эти проблемы и дальше расширять границы исследования.

Технический конспект.
Мы рассмотрим некоторые из возможностей и проблем, с которыми мы сталкиваемся при вычислительном моделировании ВИЧ терапевтических целей и структурной биологии, и с точки зрения развития методологии и с точки зрения дизайна, основанного на структуре. (SBDD). Вычислительные методы содержат фундаментальную поддержку исследований ВИЧ со времени первоначальных структурных исследований, помогая раскрыть детали биологии ВИЧ. Вычислительные модели оказались мощным инструментом для анализа и понимания воздействия мутаций и преодолевания их структурного и функционального влияния устойчивости к лекарственному средству. При наличии данных о структуре, эксперименты в кремнии играют важную роль в эксплуатации и улучшении взаимодействия между лекарствами и вирусными целями, такими как ВИЧ-протеаза, обратна транскриптаза, и интеграза. Такие вопросы как вирусная динамика цели и мутационная изменчивость, а также роль воды и оценки связывания свободной энергии в характеризующих лиганд взаимодействиях, являются районами активных вычислительных исследований. Постоянно возрастающие вычислительные ресурсы и теоретические и алгоритмические преимущества играют важную роль в прогрессе на сегодняшний день, и мы предвидим постоянно возрастающую роль для вычислительных методов в нашем понимании биологии ВИЧ и SBDD в будущем."

Оригинал. (англ.)
Кранчинг. Как присоединиться?
[identity profile] thundersnatch.livejournal.com
"Команда за FightAIDS@Home запускает 2-й этап проекта, используя более точный инструмент моделирования, чтобы помочь им определить, какие результаты из первого этапа заслуживают дальнейшего изучения. Этап 2 будет также применять этот метод анализа в беспрецедентных масштабах, что в случае успеха может принести пользу медицинских исследований не только в отношении ВИЧ, но и многих других заболеваний.

Были некоторые удивительные достижения в борьбе с вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ-инфекции), в том числе методов лечения, которые улучшили и удлинили миллионы жизней. Но борьба продолжается - ВИЧ постоянно мутирует, и, по мере того как это делает, развивает устойчивость к существующим методам лечения. С десятками миллионов людей в настоящее время живущих с ВИЧ, и миллионами ежегодно заражающихся, поиск более эффективных методов лечения ВИЧ-инфекции так же критичен, как всегда. Наша команда поэтому запускает новую фазу исследований ВИЧ, чтобы развить успех первого этапа и более точно проанализировать наиболее перспективные кандидаты на лекарства из найденных нами до сих пор.

В течение почти десяти лет, FightAIDS@Home способствовал этой борьбе, исследуя различные способы обезвреживания вируса. Участники World Community Grid предоставили моей команде беспрецедентное количество вычислительной мощности, что позволило нам исследовать огромное количество потенциальных лекарств. На сегодняшний день добровольцы осуществили более 20 миллиардов сравнений между химическим веществами-кандидатами и различными участками связывания на вирусе. Попутно, наша команда улучшила инструменты, используемые в борьбе, развивая - и проверяя - программные средства для моделирования химического связывания и открывая новые потенциальные участки связывания для лекарств, чтобы атаковать. Эти инструменты даже поддержали другие медицинские исследования, как на World Community Grid так и в других местах.

Массовый успех FightAIDS@Home также поставил новую задачу: тысячи потенциальных "хитов" (химических веществ, которые могли бы служить основой эффективных лекарств) - горсточку которых мы синтезировали для дополнительного тестирования. Но потому что их так много, синтезирование и лабораторное тестирование всех этих химических веществ слишком дорого и отнимает много времени. Теперь проект нуждается в новом вычислительном методе, чтобы перепроверить многообещающие результаты первого этапа и гарантировать, что только самые тщательно проверены и вероятные кандидаты соединения перейдут на доследование. Этап 2 FightAIDS@Home рассмотрит обе эти цели: уточнение результатов фазы 1 и проверки технологии, необходимой, для созданияь более точного моделирования.

В частности, второй этап использует новую технику анализа под названием BEDAM (Binding Energy Distribution Analysis Method), который реализуется с помощью программного обеспечения под названием "Academic IMPACT" разработанного нашими коллаборационистами в Университете Темпл. BEDAM доказал свою эффективность при проведении более точного моделирования в вычислительных конкурсах, но благодаря волонтерам World Community Grid, теперь у нас есть возможность применять его для анализа молекул в беспрецедентных масштабах. Это важно, поскольку в случае успеха эти методы могут быть применены к другим поискам новых лекарственных препаратов, помимо ВИЧ.

Второй этап более радикален, чем предполагает его название - волонтеры World Community Grid имеют возможность помочь нам проверить новую перспективную исследовательскую парадигму, которая может помочь в поиске лечения для многих заболеваний, а не только ВИЧ.
...
Доктор Артур Олсон
Профессор, исследовательского института Скриппса"

Статья полностью. (англ.)

Profile

Volunteer Computing ( добровольные вычисления )

July 2017

S M T W T F S
      1
2345678
9 101112131415
16171819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 20th, 2017 02:36 pm
Powered by Dreamwidth Studios