Команда MCM изучает GSDMB
Jul. 15th, 2023 01:45 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingМы продолжаем работу по характеристике биомаркеров рака легких, выявленных в проекте MCM1. Эта информация посвящена GSDMB, гену, связанному с выживаемостью при раке легких и избирательно выраженному в различных типах рака по сравнению с нормальными тканями.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 12 июля 2023 г.
Предистория
Распознавание закономерностей у онкологических больных может иметь много преимуществ, например, позволяя обнаруживать признаки рака у других пациентов и персонализировать лечение каждого пациента в соответствии с его конкретным онкологическим профилем. С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 820 800 лет процессорного времени, помогая анализировать данные исследований рака и саркомы с невероятной скоростью. Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают жертвовать на этот проект и помогают нам ускорить поиск лучших биомаркеров.
Мы продолжаем анализ наиболее распространенных биомаркеров среди больных раком легкого. После обсуждения генов VAMP1 и FARP1, которые были описаны в наших новостях за март и апрель, здесь мы сосредоточимся на GSDMB.
Исследования GSDMB
Гасдермин B (GSDMB) представляет собой белок семейства GSDM, который имеет сходную структуру и обычно играет роль в клеточной пролиферации и дифференцировке [1]. Семейство GSDM известно своей ролью в запуске пироптоза, разновидности гибели клеток, сопровождающейся сильным воспалением, которого они достигают путем образования пор в клеточных мембранах [1]. Также было установлено, что GSDMB регулирует рост эпителиальных клеток независимо от его роли в пироптозе (Uniprot). GSDMB считается уникальным среди других членов своего семейства, и его роль в различных типах заболеваний и рака относительно мало изучена. Было показано, что генетические варианты в GSDMB связаны с повышенной восприимчивостью к таким заболеваниям, как астма и воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) [2].
Подобно генам VAMP1 и FARP1, мы исследовали роль GSDMB при раке легкого и обнаружили, что его присутствие играет защитную роль при раке легкого, как показано на рисунке 1 (данные KMplotter).
Рисунок 1. Кривые выживания для пациентов с высокой и низкой экспрессией GSDMB.
Расширяя наши наблюдения за пределами рака легких, поскольку это является целью нашего проекта WCG, мы обнаруживаем, что GSDMB ведет себя аналогичным образом в большинстве протестированных видов рака, как видно на рисунке 2. Это предполагает, что GSDMB играет важную роль в канцерогенезе. и может играть роль в признаках рака. Это было подтверждено в литературе, где была обнаружена связь между уровнями экспрессии GSDMB и раковыми заболеваниями, такими как рак желудка, рак молочной железы [3] и рак мочевого пузыря [4].
Рисунок 2. Экспрессия GSDMB в нормальных и раковых тканях при множественных типах рака.
Используя Атлас белков человека (HPA), мы также определили сильное прогностическое значение белка GSDMB, как показано на рисунке 3.
Рисунок 3. Прогностическое значение белка GSDMB при раке почки (неблагоприятное), уротелиальном раке и раке шейки матки (благоприятное).
Изучая экспрессию GSDMB с помощью портала GTEx (GTEx), мы определяем, какие клетки в легких ее экспрессируют, как показано на рисунке 4.
Рисунок 4. Данные по отдельным клеткам с портала GTEx показывают сильную экспрессию как в эпителиальных, так и в иммунных клетках.
Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу постоянную поддержку.
команда WCG
на англ.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 12 июля 2023 г.
Предистория
Распознавание закономерностей у онкологических больных может иметь много преимуществ, например, позволяя обнаруживать признаки рака у других пациентов и персонализировать лечение каждого пациента в соответствии с его конкретным онкологическим профилем. С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 820 800 лет процессорного времени, помогая анализировать данные исследований рака и саркомы с невероятной скоростью. Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают жертвовать на этот проект и помогают нам ускорить поиск лучших биомаркеров.
Мы продолжаем анализ наиболее распространенных биомаркеров среди больных раком легкого. После обсуждения генов VAMP1 и FARP1, которые были описаны в наших новостях за март и апрель, здесь мы сосредоточимся на GSDMB.
Исследования GSDMB
Гасдермин B (GSDMB) представляет собой белок семейства GSDM, который имеет сходную структуру и обычно играет роль в клеточной пролиферации и дифференцировке [1]. Семейство GSDM известно своей ролью в запуске пироптоза, разновидности гибели клеток, сопровождающейся сильным воспалением, которого они достигают путем образования пор в клеточных мембранах [1]. Также было установлено, что GSDMB регулирует рост эпителиальных клеток независимо от его роли в пироптозе (Uniprot). GSDMB считается уникальным среди других членов своего семейства, и его роль в различных типах заболеваний и рака относительно мало изучена. Было показано, что генетические варианты в GSDMB связаны с повышенной восприимчивостью к таким заболеваниям, как астма и воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) [2].
Подобно генам VAMP1 и FARP1, мы исследовали роль GSDMB при раке легкого и обнаружили, что его присутствие играет защитную роль при раке легкого, как показано на рисунке 1 (данные KMplotter).
Рисунок 1. Кривые выживания для пациентов с высокой и низкой экспрессией GSDMB.
Расширяя наши наблюдения за пределами рака легких, поскольку это является целью нашего проекта WCG, мы обнаруживаем, что GSDMB ведет себя аналогичным образом в большинстве протестированных видов рака, как видно на рисунке 2. Это предполагает, что GSDMB играет важную роль в канцерогенезе. и может играть роль в признаках рака. Это было подтверждено в литературе, где была обнаружена связь между уровнями экспрессии GSDMB и раковыми заболеваниями, такими как рак желудка, рак молочной железы [3] и рак мочевого пузыря [4].
Рисунок 2. Экспрессия GSDMB в нормальных и раковых тканях при множественных типах рака.
Используя Атлас белков человека (HPA), мы также определили сильное прогностическое значение белка GSDMB, как показано на рисунке 3.
Рисунок 3. Прогностическое значение белка GSDMB при раке почки (неблагоприятное), уротелиальном раке и раке шейки матки (благоприятное).
Изучая экспрессию GSDMB с помощью портала GTEx (GTEx), мы определяем, какие клетки в легких ее экспрессируют, как показано на рисунке 4.
Рисунок 4. Данные по отдельным клеткам с портала GTEx показывают сильную экспрессию как в эпителиальных, так и в иммунных клетках.
Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу постоянную поддержку.
команда WCG
на англ.
