Августовские новости: картирование маркеров рака

[paroh]

18 августа 2021 г.

Краткое содержание

World Community Grid быстрее обрабатывает работу для этого проекта благодаря усилившейся волонтерской поддержке.

---

Предистория

Картирование маркеров рака направлено на выявление маркеров, связанных с различными типами рака. Проект анализирует миллионы результатов наблючдения, собранных из тысяч образцов тканей здоровых и злокачественных, у пациентов. К ним относятся ткани с раком легких, раком яичников и саркомой.

На данный момент проект завершил сбор данных по раку легких и маркерам рака яичников в World Community Grid. Благодаря продолжающемуся пожертвованию вычислительного времени добровольцами исследователи теперь изучают маркеры саркомы, группы рака, которая начинается в костях, мышцах или других тканях. Вы можете узнать больше о текущих результатах исследовательской группы здесь.

Скорость работы увеличивается

Спасибо волонтерам, которые ответили на наш недавний запрос о дополнительном выделенном вычислительном времени для картирования онкологических маркеров! Проект продолжает набирать обороты; согласно нашей технической команде, сейчас он работает примерно на 30 процентов быстрее, чем месяц назад (который и так был быстрее, чем обычно).

Как волонтер, вы всегда можете здесь проверить и изменить проекты, которые вы поддерживаете.

Текущее состояние рабочих единиц

• Доступно для скачивания: 709 пакетов данных


• В процессе: 1251 пакетов данных


• Выполнено: 78 424 пакетов данных
  1288 пакетов данных за последние 30 дней
  В среднем 42,9 пакетов данных в день


• Предполагаемый запас работы: 16,5 дней

Щелкните здесь, чтобы узнать больше о ежемесячных обновлениях проекта World Community Grid.

на англ.

Моделирование вариантов apoE для понимания их роли в болезни Альцгеймера

[paroh]

18 августа 2021 г.

Анджела Боуман

Предоставлено Джастином Миллером, Bowman Lab

Болезнь Альцгеймера (БА), деменция, характеризующаяся потерей памяти и когнитивных способностей, причиняет страдание более 44-м миллионам человек во всем мире. Хотя недавние клинические испытания были захватывающими и предполагают, что замедление прогрессирования болезни Альцгеймера возможно, в настоящее время нет одобренных FDA средств профилактики или лечения болезни Альцгеймера. Учитывая отсутствие вариантов лечения и стареющее население мира, ожидается, что число людей, страдающих болезнью Альцгеймера, будет только расти.

Самым сильным известным фактором риска болезни Альцгеймера является белок-переносчик липидов, аполипопротеин E или apoЕ. В мировой популяции широко распространены три варианта apoE, каждый из которых несет различный риск БА. apoE3 является наиболее распространенным и несет нейтральный риск, тогда как у носителей варианта apoE4 вероятность развития БА в 12-15 раз выше. У носителей последнего варианта, apoE2, примерно вдвое меньше вероятности развития БА, чем у носителей apoE3, но у этих людей часто развивается другое заболевание - гиперлипопротеинемия. Недавно было сообщено о четвертом варианте apoE (apoE3 Крайстчерч), в котором описанный пациент сохранял высокую когнитивную функцию, несмотря на многочисленные клинические маркеры прогрессирования болезни Альцгеймера. Примечательно, что каждый вариант apoE состоит только из одной аминокислоты, отличной от apoE3. Как именно мутации в apoE способствуют развитию БА, а также как мутации в apoE влияют на естественную функцию apoE, остается неясным. Однако очевидно, что изоформы apoE могут влиять на БА, что позволяет предположить, что методы лечения, модулирующие тип apoE у человека, могут быть средством предотвращения или обращения вспять прогрессирования БА. Наша цель - понять различные движения, которые совершают изоформы apoE, и различные структуры, которые они предпочитают, с конечной целью лучшего понимания того, как apoE вносит вклад в БА. Имея в виду эту информацию, мы можем разработать лекарства, которые исправляют тенденции apoE4 и заставляют его имитировать менее опасный apoE3 или даже защищающий apoE2.

Аполипопротеин E (PDB: 2L7B). Остатки, связанные с повышенными шансами на болезнь Альцгеймера, окрашены в красный цвет, а остатки, связанные с защитой от болезни Альцгеймера, окрашены в синий цвет.

apoE было трудно изучить в лаборатории. Традиционные экспериментальные методы, используемые для изучения белковых структур, требуют высоких концентраций белка, при этом ароЕ может вести себя иначе, чем в организме. Кроме того, у apoE есть несколько участков белка, которые принимают более неупорядоченную конформацию, что еще больше усложняет анализ с помощью классических экспериментальных методов. Таким образом, моделирование молекулярной динамики, например, используемое в Folding@home, идеально подходит для изучения apoE. Компьютерное моделирование надежно анализирует неупорядоченные белки, и мы можем настроить модели таким образом, чтобы моделировалось одно ароЕ одновременно. Поскольку apoE является очень гибким белком, нам необходимо моделировать apoE в течение длительного времени, прежде чем мы сможем заявить о предпочтениях каждой изоформы apoE. Мы моделируем каждую из изоформ apoE, упомянутых выше, с помощью моделирования на графическом процессоре в проектах 18201 и 18202 и моделирования на основе процессора в проектах 18206 и 18210-18212. После завершения моделирования мы накопим более 65 Тб данных моделирования за общее время моделирования 63 миллисекунды. В настоящее время мы завершили сбор данных для этого проекта на 15%. Мы уже видим подсказки из наших данных, что apoE посещает больше состояний, чем ожидалось ранее.

Мы искренне благодарим вас за ваш вклад и с нетерпением ждем, что эти данные могут сделать для сообщества, занимающегося болезнью Альцгеймера.

на англ.