![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingМы продолжаем работу по характеристике биомаркеров рака легких, выявленных в рамках проекта MCM1. В этом обновлении основное внимание уделяется PCSK5, гену, связанному с выживаемостью при раке легких и который демонстрирует различную экспрессию при различных типах рака.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 16 января 2024 г.
Терминология
Предистория
Прецизионная медицина становится возможной благодаря использованию молекулярных маркеров (сигнатур), которые выявляют заболевание на ранней стадии и разделяют пациентов на подгруппы с различными паттернами прогрессирования заболевания, что приводит к потенциально различным стратегиям лечения. Проект Mapping Cancer Markers анализирует наборы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком и саркомой, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогнозируемые признаки.
С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 875 900 лет процессорного времени, помогая анализировать данные о раке и саркоме легких и яичников гораздо более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают делать пожертвования на этот проект.
Далее описывая 26 генов, наиболее результативных при раке легких, мы уже обсуждали VAMP1, FARP1, GSDMB, ADH6 и IL13RA1 (в наших новостях за март, апрель, июль и сентябрь и ноябрь 2023 г.). Здесь мы излагаем информацию о PCSK5.
PCSK5 Исследования
PCSK5 кодирует пропротеинконвертазу субтилизин/кексин типа 5, сериновую эндопротеиназу, которая обрабатывает различные пропротеины (Uniprot). PCSK5 участвует в различных биологических процессах. Исследования на мышах показали, что он участвует в раннем развитии сердца[1] и развитии фолликулов яичников[2]. Другое исследование показало, что это может способствовать проникновению SARS-CoV-2 в ткань миокарда. Было продемонстрировано, что генетическая вариация PCSK5 модулирует уровень холестерина липопротеинов высокой плотности (ЛПВП) [4]. Помимо связи с раком, были выявлены связи между PCSK5 и другими заболеваниями. Например, мутации в PCSK5 были выявлены у пациентов с ассоциацией VACTERL[5] и синдромом Херлина-Вернера-Вундерлиха[6]. PCSK5 также был идентифицирован как диагностический биомаркер эндометриоза[7] и воспалительных заболеваний кожи[8].
Как и в случае с другими генами, которые мы представили, мы обнаружили, что PCSK5 играет защитную роль при раке легких (рис. 1).
Рисунок 1. Кривые выживаемости пациентов с высокой и низкой экспрессией PCSK5 (KMplot).
Мы продолжили исследование, чтобы выяснить, наблюдается ли это открытие при других видах рака. Как показано на рисунке 2, PCSK5 по-разному экспрессируется в нормальной ткани по сравнению с раковой тканью при большинстве типов рака (красные метки). В большинстве случаев именно потеря экспрессии PCSK5 связана с раком, за исключением рака печени, почек, желудка и яичек. Литература также подтверждает это наблюдение, поскольку документально подтверждена связь между экспрессией PCSK5 и колоректальным раком[9], раком головного мозга[10], остеосаркомой[11] и раком почки[12].
Рисунок 2. Экспрессия PCSK5 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).
Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить. Спасибо за Вашу поддержку!
Команда WCG
на англ.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 16 января 2024 г.
Терминология
- - Пропротеин: неактивный белок, который можно модифицировать и превратить в активный белок.
- - Ассоциация VACTERL: сложное состояние, характеризующееся множественными врожденными анатомическими дефектами, включая дефекты позвонков, анальную атрезию, пороки сердца, трахеопищеводный свищ, почечные аномалии и аномалии конечностей (VACTERL).
- - Синдром Херлина-Вернера-Вундерлиха: редкое врожденное заболевание, характеризующееся анатомическими дефектами урогенитального тракта.
Предистория
Прецизионная медицина становится возможной благодаря использованию молекулярных маркеров (сигнатур), которые выявляют заболевание на ранней стадии и разделяют пациентов на подгруппы с различными паттернами прогрессирования заболевания, что приводит к потенциально различным стратегиям лечения. Проект Mapping Cancer Markers анализирует наборы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком и саркомой, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогнозируемые признаки.
С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 875 900 лет процессорного времени, помогая анализировать данные о раке и саркоме легких и яичников гораздо более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают делать пожертвования на этот проект.
Далее описывая 26 генов, наиболее результативных при раке легких, мы уже обсуждали VAMP1, FARP1, GSDMB, ADH6 и IL13RA1 (в наших новостях за март, апрель, июль и сентябрь и ноябрь 2023 г.). Здесь мы излагаем информацию о PCSK5.
PCSK5 Исследования
PCSK5 кодирует пропротеинконвертазу субтилизин/кексин типа 5, сериновую эндопротеиназу, которая обрабатывает различные пропротеины (Uniprot). PCSK5 участвует в различных биологических процессах. Исследования на мышах показали, что он участвует в раннем развитии сердца[1] и развитии фолликулов яичников[2]. Другое исследование показало, что это может способствовать проникновению SARS-CoV-2 в ткань миокарда. Было продемонстрировано, что генетическая вариация PCSK5 модулирует уровень холестерина липопротеинов высокой плотности (ЛПВП) [4]. Помимо связи с раком, были выявлены связи между PCSK5 и другими заболеваниями. Например, мутации в PCSK5 были выявлены у пациентов с ассоциацией VACTERL[5] и синдромом Херлина-Вернера-Вундерлиха[6]. PCSK5 также был идентифицирован как диагностический биомаркер эндометриоза[7] и воспалительных заболеваний кожи[8].
Как и в случае с другими генами, которые мы представили, мы обнаружили, что PCSK5 играет защитную роль при раке легких (рис. 1).
Рисунок 1. Кривые выживаемости пациентов с высокой и низкой экспрессией PCSK5 (KMplot).
Мы продолжили исследование, чтобы выяснить, наблюдается ли это открытие при других видах рака. Как показано на рисунке 2, PCSK5 по-разному экспрессируется в нормальной ткани по сравнению с раковой тканью при большинстве типов рака (красные метки). В большинстве случаев именно потеря экспрессии PCSK5 связана с раком, за исключением рака печени, почек, желудка и яичек. Литература также подтверждает это наблюдение, поскольку документально подтверждена связь между экспрессией PCSK5 и колоректальным раком[9], раком головного мозга[10], остеосаркомой[11] и раком почки[12].
Рисунок 2. Экспрессия PCSK5 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).
Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить. Спасибо за Вашу поддержку!
Команда WCG
на англ.
