![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh posting in ![[community profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/community.png){kind=small}
ru_crunchingМы продолжаем изучать молекулярные сигнатуры, связанные с раком легких, с текущим фокусом на GCM1, факторе транскрипции, участвующем в развитии плаценты и потенциально значимом в биологии рака легких. Ген GCM1 кодирует белок с gcm-motif, играющий центральную роль в связывании ДНК и регуляции генов, специфичных для плаценты. Хотя его основная функция связана с биологией плаценты, появляющиеся данные свидетельствуют о том, что мутации GCM1 связаны с различными видами рака, включая аденокарциному легких (ADC).
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 21 января 2025 г.
Предыстория
Проект картирования маркеров рака легких (MCM) направлен на выявление наборов генов (сигнатур), которые могут распознавать рак легких. По состоянию на 15 января 2025 г. добровольцы пожертвовали более 962 тысяч лет работы и 2,5 миллиарда результатов. Это составляет в среднем более 235 лет работы в день. Большое спасибо за вашу постоянную поддержку.
Анализ данных WCG из проекта MCM выявил 26 генов с наивысшей оценкой по сигнатурам при раке легких. Мы уже представили данные для VAMP1, FARP1, GSDMB, AHD6, IL13RA1, PCSK5, TLE3, HSD17B11 и KLF5 и ASTN2. Теперь мы обсудим GCM1.
Терминология
Транскрипционный фактор: белок, который связывается с определенными последовательностями ДНК для регулирования экспрессии генов.
Плацентарный фактор роста (PGF): белок, критически важный для развития плаценты и ангиогенеза.
Клетки трофобласта: клетки, образующие внешний слой бластоцисты, который позже развивается в часть плаценты.
Исследования GCM1
GCM1 (Glial Cells Missing Transcription Factor 1) экспрессируется преимущественно в плаценте, но также проявляет активность при некоторых видах рака, таких как аденокарцинома легких (ADC). Этот фактор транскрипции регулирует плацентарный фактор роста (PGF) и влияет на дифференциацию клеток трофобласта по нескольким путям. Исследования показывают, что биологические процессы, управляемые GCM1 в развитии, такие как клеточная инвазия и дифференциация, могут иметь параллели в прогрессировании рака.
Как показано на рисунке 1, GCM1 гораздо больше экспрессируется на ранних стадиях развития в различных органах, включая легкие (PMID: 26076956).
Рисунок 1. Тканеспецифическая экспрессия GCM1 на стадиях развития плода человека.
Аберрантная экспрессия GCM1 в легких взрослого человека связана с плохой выживаемостью при ADC легких (рисунок 2A), однако она является защитной при плоскоклеточной карциноме легких (SQC) (см. рисунок 2B).
Рисунок 2. Сверхэкспрессия GCM1 в ADC легких приводит к плохому прогнозу (A), тогда как в SQC легких она показывает защитный эффект (B). Данные получены с помощью KM Plotter.
Тенденции панрака
GCM1 обогащается при раке яичек (рисунок 3), что приводит к плохому прогнозу (рисунок 4).
Рисунок 3. GCM1 особенно обогащен при раке яичек (Human Protein Atlas).
Рисунок 4. Рак яичек в целом имеет хорошую выживаемость, но у пациентов с высокой экспрессией GCM1 выживаемость существенно ниже при раке зародышевых клеток яичек (HR=6,3).
Аналогичный отрицательный прогноз при высокой экспрессии GCM1 для карциномы SQC шейки матки (Рисунок 5A), почечноклеточной карциномы почки (Рисунок 5B), гепатоцеллюлярной карциномы печени (Рисунок 5C), ADC протоков поджелудочной железы (Рисунок 5D), ADC прямой кишки (Рисунок 5E). Мутации GCM1 в ADC желудка приводят к плохому прогнозу (Рисунок 5F) и показывают отрицательную тенденцию к выживанию при карциноме SQC шейки матки (Рисунок 5G).
Рисунок 5. Неблагоприятный прогноз при раке с высокой экспрессией GCM1: карцинома SQC шейки матки (A), почечноклеточная карцинома почки (B), гепатоцеллюлярная карцинома печени (C), ADC протоков поджелудочной железы (D), ADC прямой кишки (E). Мутации GCM1 в ADC желудка приводят к неблагоприятному прогнозу (F) и показывают отрицательную тенденцию к выживанию при карциноме SQC шейки матки (G).
С другой стороны, высокая экспрессия GCM1 играет значительную защитную роль при раке яичников (Рисунок 6A), раке мочевого пузыря (Рисунок 6B), карциноме SQC головы и шеи (Рисунок 6C), почечно-почечной папиллярной карциноме (Рисунок 6D), феохромоцитоме и параганглиоме (Рисунок 6E), тиоме (Рисунок 6F) и раке щитовидной железы (Рисунок 6G). Мутации в GCM1 приводят к благоприятному прогнозу при раке мочевого пузыря (Рисунок 6H)
Рисунок 6. Хороший прогноз при раке с высокой экспрессией GCM1: рак яичников (A), рак мочевого пузыря (B), карцинома головы и шеи SQC (C), почечно-почечный папиллярный рак (D), феохромоцитома и параганглиома (E), тимома (F) и рак щитовидной железы (G). Мутации в GCM1 показывают хорошую тенденцию к прогнозу при раке мочевого пузыря (не показано) и эндометриальной карциноме тела матки (I).
Связь развития и рака
Роль GCM1 в биологии плаценты связана с ключевыми процессами, связанными с раком, такими как ангиогенез и клеточная инвазия. Развитие и рак имеют общие пути, которые включают регуляцию роста, дифференциацию и миграцию — все процессы, на которые влияет GCM1. Например, инвазия трофобласта во время развития плаценты параллельна инвазии опухолевых клеток во время метастазирования.
Исследования показывают, что мутации в GCM1 влияют на функцию митохондрий, метилирование ДНК и дифференцировку трофобласта. Кроме того, его роль в нераковых заболеваниях, таких как болезнь Паркинсона и карцинома носоглотки, еще больше подчеркивает универсальность гена в регуляции клеточных процессов.
Движение вперед
Проект MCM продолжит предоставлять информацию по оставшимся генам с наивысшими показателями, связанным с раком легких. Хотя на данном этапе мы не проводим экспериментальные исследования этих генов, полученные результаты служат основой для будущих исследований, изучающих их потенциал в качестве биомаркеров или терапевтических целей.
Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, не стесняйтесь обсуждать их здесь.
Спасибо за поддержку нашего исследования!
Команда MCM
на англ.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 21 января 2025 г.
Предыстория
Проект картирования маркеров рака легких (MCM) направлен на выявление наборов генов (сигнатур), которые могут распознавать рак легких. По состоянию на 15 января 2025 г. добровольцы пожертвовали более 962 тысяч лет работы и 2,5 миллиарда результатов. Это составляет в среднем более 235 лет работы в день. Большое спасибо за вашу постоянную поддержку.
Анализ данных WCG из проекта MCM выявил 26 генов с наивысшей оценкой по сигнатурам при раке легких. Мы уже представили данные для VAMP1, FARP1, GSDMB, AHD6, IL13RA1, PCSK5, TLE3, HSD17B11 и KLF5 и ASTN2. Теперь мы обсудим GCM1.
Терминология
Транскрипционный фактор: белок, который связывается с определенными последовательностями ДНК для регулирования экспрессии генов.
Плацентарный фактор роста (PGF): белок, критически важный для развития плаценты и ангиогенеза.
Клетки трофобласта: клетки, образующие внешний слой бластоцисты, который позже развивается в часть плаценты.
Исследования GCM1
GCM1 (Glial Cells Missing Transcription Factor 1) экспрессируется преимущественно в плаценте, но также проявляет активность при некоторых видах рака, таких как аденокарцинома легких (ADC). Этот фактор транскрипции регулирует плацентарный фактор роста (PGF) и влияет на дифференциацию клеток трофобласта по нескольким путям. Исследования показывают, что биологические процессы, управляемые GCM1 в развитии, такие как клеточная инвазия и дифференциация, могут иметь параллели в прогрессировании рака.
Как показано на рисунке 1, GCM1 гораздо больше экспрессируется на ранних стадиях развития в различных органах, включая легкие (PMID: 26076956).
Рисунок 1. Тканеспецифическая экспрессия GCM1 на стадиях развития плода человека.
Аберрантная экспрессия GCM1 в легких взрослого человека связана с плохой выживаемостью при ADC легких (рисунок 2A), однако она является защитной при плоскоклеточной карциноме легких (SQC) (см. рисунок 2B).
Рисунок 2. Сверхэкспрессия GCM1 в ADC легких приводит к плохому прогнозу (A), тогда как в SQC легких она показывает защитный эффект (B). Данные получены с помощью KM Plotter.
Тенденции панрака
GCM1 обогащается при раке яичек (рисунок 3), что приводит к плохому прогнозу (рисунок 4).
Рисунок 3. GCM1 особенно обогащен при раке яичек (Human Protein Atlas).
Рисунок 4. Рак яичек в целом имеет хорошую выживаемость, но у пациентов с высокой экспрессией GCM1 выживаемость существенно ниже при раке зародышевых клеток яичек (HR=6,3).
Аналогичный отрицательный прогноз при высокой экспрессии GCM1 для карциномы SQC шейки матки (Рисунок 5A), почечноклеточной карциномы почки (Рисунок 5B), гепатоцеллюлярной карциномы печени (Рисунок 5C), ADC протоков поджелудочной железы (Рисунок 5D), ADC прямой кишки (Рисунок 5E). Мутации GCM1 в ADC желудка приводят к плохому прогнозу (Рисунок 5F) и показывают отрицательную тенденцию к выживанию при карциноме SQC шейки матки (Рисунок 5G).
Рисунок 5. Неблагоприятный прогноз при раке с высокой экспрессией GCM1: карцинома SQC шейки матки (A), почечноклеточная карцинома почки (B), гепатоцеллюлярная карцинома печени (C), ADC протоков поджелудочной железы (D), ADC прямой кишки (E). Мутации GCM1 в ADC желудка приводят к неблагоприятному прогнозу (F) и показывают отрицательную тенденцию к выживанию при карциноме SQC шейки матки (G).
С другой стороны, высокая экспрессия GCM1 играет значительную защитную роль при раке яичников (Рисунок 6A), раке мочевого пузыря (Рисунок 6B), карциноме SQC головы и шеи (Рисунок 6C), почечно-почечной папиллярной карциноме (Рисунок 6D), феохромоцитоме и параганглиоме (Рисунок 6E), тиоме (Рисунок 6F) и раке щитовидной железы (Рисунок 6G). Мутации в GCM1 приводят к благоприятному прогнозу при раке мочевого пузыря (Рисунок 6H)
Рисунок 6. Хороший прогноз при раке с высокой экспрессией GCM1: рак яичников (A), рак мочевого пузыря (B), карцинома головы и шеи SQC (C), почечно-почечный папиллярный рак (D), феохромоцитома и параганглиома (E), тимома (F) и рак щитовидной железы (G). Мутации в GCM1 показывают хорошую тенденцию к прогнозу при раке мочевого пузыря (не показано) и эндометриальной карциноме тела матки (I).
Связь развития и рака
Роль GCM1 в биологии плаценты связана с ключевыми процессами, связанными с раком, такими как ангиогенез и клеточная инвазия. Развитие и рак имеют общие пути, которые включают регуляцию роста, дифференциацию и миграцию — все процессы, на которые влияет GCM1. Например, инвазия трофобласта во время развития плаценты параллельна инвазии опухолевых клеток во время метастазирования.
Исследования показывают, что мутации в GCM1 влияют на функцию митохондрий, метилирование ДНК и дифференцировку трофобласта. Кроме того, его роль в нераковых заболеваниях, таких как болезнь Паркинсона и карцинома носоглотки, еще больше подчеркивает универсальность гена в регуляции клеточных процессов.
Движение вперед
Проект MCM продолжит предоставлять информацию по оставшимся генам с наивысшими показателями, связанным с раком легких. Хотя на данном этапе мы не проводим экспериментальные исследования этих генов, полученные результаты служат основой для будущих исследований, изучающих их потенциал в качестве биомаркеров или терапевтических целей.
Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, не стесняйтесь обсуждать их здесь.
Спасибо за поддержку нашего исследования!
Команда MCM
на англ.
